明治维新后，日本军队迅速现代化，作战方式已经完全不同于武士时代。当时的士兵大多不是职业军人，而是通过征兵从各地召集来的普通人，他们会在号令下进行齐射。
就在东海道本线全线贯通的那段时间，日本与清国因朝鲜半岛的主权问题关系紧张。为应对这种局势，人们认为铁路必须向西延伸，否则显得不够完善。然而，由于财政问题，山阳线很难由政府来修建，最终从神户往西的部分由民间出资成立的山阳铁道公司负责建设，政府的铁路局因此没有太多介入。
由于民间资本更注重盈利，铁路尽量避开施工困难的山区，沿着海岸线铺设。1891年，铁路延伸到了尾道，1894年6月10日延伸到了广岛。同年7月25日，日清战争爆发，士兵们通过铁路被运送到广岛，再从宇品港渡海前往朝鲜。为了满足战时需要，连接广岛和宇品港的铁路也紧急修建完成。
在主线方面，品川和横滨附近进行了一些改良工程。这两站原本都需要更换列车行驶方向，显得非常低效。为了提高效率，陆军修建了一条不经过品川站和横滨站，能直达西边的铁路。这些线路在战后都移交给了铁路局管理。
这幅描绘了日本军队胜利的锦绘展示了双方军队的军服和装备差异，还描绘了日本军队中的记者在战场上进行采访的场景。
另一方面，在政府的全力支持下，日本铁路公司于1884年8月20日开通了从上野到前桥的铁路，后来又在1891年9月1日开通了从上野到青森的铁路，这条线路大致就是今天的东北本线。因此，在日清战争爆发时，从青森到广岛的贯穿本州的铁路已经建成，极大地帮助了从东北地区运输士兵的任务。
九州地区虽然有许多私营铁路，但这些铁路主要负责将筑丰和大牟田的煤矿开采出来的煤炭运送到门司和博多等港口，后来也成为了运送出征士兵到港口的重要通道。
战争开始一个半月后，日本的大本营被转移到了广岛。明治天皇也乘坐火车前往广岛城遗址，亲临前线。
在日清战争爆发前，国内的铁路大动脉已经修建完成，这对战争的走向产生了重大影响。日本军队能够迅速移动，首先在陆地战中取得了优势，9月15日攻占平壤。9月17日的黄海海战中，日清双方均遭受了重创，但清国的北洋舰队受损更为严重，导致其在黄海的战力大幅下降。
在黄海海战中，防护巡洋舰“松岛”成为联合舰队的旗舰。这艘船是为了对抗清国海军的“定远”和“镇远”新式战舰而建造的，装备了口径32厘米的单装加农炮（卡内炮），这是其显著特点。
接着，10月24日，日本军队渡过鸭绿江，继续向清国境内进军。同时，第2军还发动了辽东半岛的登陆作战，1894年内，日本军队先后攻克了包括旅顺在内的清国多个据点。到了1895年，日本军队依然占据优势，3月20日，双方在下关开始了和谈，4月17日，签订了《马关条约》，战争以日本的完全胜利告终。
条约中有一项规定是“清国将辽东半岛割让给日本”。然而，4月23日，俄罗斯帝国、德国帝国和法国三国联合要求日本将辽东半岛归还清国，这就是所谓的“三国干涉”，其主导国是俄罗斯。当时，俄罗斯正谋划向远东扩张，急需一个不冻港。如果日本占领辽东半岛，俄罗斯就失去了南满洲的海上出口。此外，俄罗斯也担心日本会进一步进军满洲。
当时日本的国力还不足以对抗俄罗斯，不得不接受了这一要求。这一事件在日本国内引发了对政府软弱的强烈批评。政府则以“卧薪尝胆”为口号，将民众的不满引导为对俄罗斯的敌视。
这幅由法国插画家乔治·比戈描绘的讽刺画，展示了俄罗斯正试图从桥上抢夺日本和清国钓上的鱼（朝鲜）。这幅画也被解释为“渔翁得利”。
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