相对于较于成熟的施工总承包模式，工程总承包模式尚在发展中，相关的制度尚不健全。从审理的角度，需要注意二者的不同之处，主要包括：
（1）清单漏项风险由工程总承包人负担
工程总承包模式中，由业主提出项目建设目标和要求，承包人往往负责设计、施工等若干阶段，工程计价方式往往采用固定总价或成本加酬金。由于承包人对项目概算编制较为清楚，存在的清单漏项部分往往会被认为是承包人放弃，其价值隐含在整体工程造价中。故清单漏项的风险由承包人负担。
（2）承包人应当具有与工程项目匹配的设计资质或施工资质
工程总承包人既可以是设计单位，也可以是施工单位。1992年，原建设部颁布的《工程总承包资质管理暂行规定（试行）》曾将工程总承包企业资质单独作为一种建筑业企业资质加以确定。但2002年《国务院关于取消第一批行政审批项目的决定》取消了工程总承包资格核准的行政审批。《建筑业企业资质标准》规定了12项施工总承包资质、36项专业分包资质和1项施工劳务资质，并规定取得施工总承包资质的企业，可以从事资质证书许可范围内的相应工程总承包、工程项目管理等业务。现资质标准发生了变化（详见第十二章第三节）。《工程设计资质标准》规定，具有工程设计资质的企业，可从事资质证书许可范围内的相应工程总承包、工程项目管理和相关的技术、咨询与管理服务。根据工程项目的规模、分类、范围等,承包人需要具有相应的施工资质，如石油化工施工总承包特级资质或者设计资质等。
（3）工程总承包人成为工程的“第二发包人”
《建筑法》第29条规定，施工总承包单位不得将工程主体结构的施工进行分包。《建设工程勘察设计管理条例》第19条规定，设计承包方不得将工程主体部分的设计进行分包。结合《房屋建筑和市政基础设施项目工程总承包管理办法》的相关内容，可以得出以下结论：施工单位作为工程总承包人的，可以将全部的设计工作发包给具有相应设计资质的设计人，但不得将工程的主体部分施工进行分包；设计单位作为工程总承包人的，可以将全部的施工工作发包给具有相应施工资质的承包人，但不得将工程主体部分的设计工作另行分包。同时，分包以一次为准，再分包的仍然属于违法分包行为。
（4）工程总承包人的建设工程价款优先受偿权包含设计费、采购费及施工费在各种总承包模式中，合同中通常约定设计费甚至勘察费应属于工程款的范围，而且一般与施工价款同时结算、同时支付。因而，承包人可以就相关费用主张优先权。在传统的施工总承包模式下，设计、采购、施工的不同作业往往系不同的承包人（供方）与发包人独立签订合同，合同标的（成果）存在较为明显的交接。在工程总承包模式下，设计、采购、施工往往集成化、优化进行，施工作业存在相互的穿插、影响。更重要的是，虽然施工总承包合同的价款组成包含设计费、采购费及施工费，但施工过程中相互之间的界限并不清晰。而采用工程总承包模式，即为鼓劢承包人通过项目优化设计、采购、施工及其管理，提高整体的经济效益，承包人所赚取的更多的即为工程优化的价值，并为之持续性地贡献智力成果和管理要素。按建设工程价款优先受偿权包含设计费、采购费及施工费，该处与施工总承包模式下建设工程价款优先受偿权仅是针对施工造价部分、设计费不享有建设工程价款优先受偿权不同，应予注意。
案例：建设工程合同纠纷
原告：中化公司。第一被告：仲天公司。第二被告：辰度公司。第三人：海粤公司。
【案情】中化公司具有房屋建筑工程施工总承包一级、机电安装工程施工总承包一级等资质。仲天公司具有化工石油工程施工总承包二级、机电安装工程施工总承包二级等资质。辰度公司具有工程设计综合甲级资质、工程监理（房建、化工石油、市政公用工程、机电安装）甲级资质、工程造价咨询甲级资质。
2015年11月26日，海粤公司与辰度公司签订《丙烷与混合碳四利用项目气分异辛烷及甲乙酮装置工程总承包合同》，主要约定如下：
（1）工程名称：混合碳四利用项目气分异辛烷及甲乙酮装置；
（2）工程承包方式：工程设计、采购及施工总承包（EPC)；
（3）合同工期：设计开工日期2015年12月10日，施工开工日期2015年12月20日，竣工日期2017年1月15日；
（4）合同价格：暂定总价81,780万元，最终结算价格计算方法：结算总价=实际发生工程费用+设计费+临时设施费+承包商管理费+承包商酬金+奖惩费。
2015年12月24日，辰度公司与仲天公司签订《海粤项目工程合作实施协议》，约定：
（1）就丙烷与混合碳四利用项目气分异辛烷及甲乙酮装置工程，辰度公司同意将承接的合同总价的35%所对应的EPC实际工程量（不低于2.46亿元）分包给仲天公司执行；
（2）项目实施时，双方对设计、采购、施工管理分别有分工；
（3）实际工程成本、酬金、管理费和奖罚费用、设计费用等原则上均按照65%：35%的比例予以负责或者分摊。
2016年7月，辰度公司拟将涉案工程部分分包给仲天公司，海粤公司予以同意。2016年6月，辰度公司与仲天公司签订《海粤丙烷与混合碳四利用项目气分异辛烷及甲乙酮装置工程建造合同》，辰度公司以发包人的身份将丙烷与混合碳四利用项目气分异辛烷及甲乙酮装置工程EPC工程（含设计、采购、施工）部分承包给仲天公司，合同暂定价格13400万元。
2016年8月11日，原告施工的甲乙酮装置安装工程开工。2016年9月19日，经过招投标程序，原告中标了丙烷与混合碳四利用项目气分异辛烷及甲乙酮装置工程的土建部分。其中，招标人为辰度公司，中标人为中化公司。
2016年10月8日，辰度公司作为见证人、仲天公司作为发包人、原告中化公司作为承包人共同签订《海粤丙烷与混合碳四利用项目甲乙酮装置安装工程合同文件》，约定：仲天公司将丙烷与混合碳四利用项目甲乙酮装置安装工程承包给原告，承包方式为安装施工总承包，开工日期为2016年8月15日，竣工日期为2016年12月30日；合同暂定价款为32545780元。该合同对承包范围、计价方式等作出约定。
2016年10月15日，海粤公司、辰度公司、中化公司及监理单位等连续召开了设计交底、图纸会审工作会议，对部分问题进行了澄清。
2017年7月14日，原告作为施工单位向辰度公司报送《中间交接证书》等，载明“甲乙酮装置管道安装工程施工完成，验收合格，满足联动试车要求，具备中交条件，请予验收”。工程接收时间为2017年7月14日，工程接收意见为“符合设计要求，达到国家规定质量标准”。辰度公司作为设计单位和总承包单位，与监理单位于同日确认。在审理中，各方一致确认2017年7月14日视为原告施工的涉案工程通过交工验收的时间。
【审理】本案的争议焦点是原告的合同相对人及合同效力。
原告认为，形式上其合同相对人是仲天公司，但实际上工程施工过程中都是作为工程总承包单位的辰度公司进行管理，且发出中标通知书的是辰度公司，故其合同相对人是辰度公司，合同效力是有效的。至于2016年10月8日,辰度公司作为见证人、仲天公司作为发包人、原告中化公司作为承包人共同签订的《海粤丙烷与混合碳四利用项目甲乙酮装置安装工程合同文件》，是三方为了让仲天公司冲业绩所签订的，并未实际履行。
被告辰度公司和被告仲天公司均认为，原告所领取的工程款均由仲天公司发放、报送的签证单有仲天公司所属工作人员签署意见，且在原告退场后，尚有部分工程甩项部分由其自行完成。故原告的合同相对人即为仲天公司。
法院经审理后认为，辰度公司与海粤公司之间的《丙烷与混合碳四利用项目气分异辛烷及甲乙酮装置工程总承包合同》系有关整个项目的EPC工程总承包合同。辰度公司与仲天公司签订《海粤丙烷与混合碳四利用项目气分异辛烷及甲乙酮装置工程建造合同》后，作为见证人与仲天公司、中化公司共同签订的《海粤丙烷与混合碳四利用项目甲乙酮装置安装工程合同文件》，属建设工程分包后的再分包，系违法分包而无效。原告的合同相对人为仲天公司，仲天公司也认可。原告以辰度公司实际履行合同进行组织、管理，故主张其承担责任没有法律和合同依据。
