EPC合同约定了结算方式条款，财政审计推翻合同约定的结算条款，另行结算形成的结算结论是否合理？
这个问题要区分二种情形，第一种是合同条款明显背离了合法性和公平性原则，第二种是合规合法的有效合同及条款。
第一种合同条款明显背离了合法性和公平性原则：在EPC项目中，合同是双方约定的基础，规定了项目执行的各种细节，包括但不限于工程的设计、采购、施工等各个环节的责任和义务。当项目进入结算阶段，如果财政审计机构对合同约定的结算条款进行了审查和调整，这可能是因为财政审计机构认为原合同中的某些条款不符合相关法规、政策或者公共利益，需要进行调整以确保项目的合规性和公平性。财政审计机构以确保合同的合法性和有效性，可能会提出新的结算方式，这可能涉及到对原合同条款的修改或补充。
从财政评审具体实际操作来说，财政审计机构可能会采取以下措施来确保合同的完整性和合法性：
一是检查合同条款：审计人员会仔细审查合同中关于结算方式、期限、违约责任等关键条款，确保它们符合相关法律法规的要求。
二是提出修改建议：如果发现合同条款存在缺陷或不符合规定或与相关法律规定存在冲突，审计人员会向被审计单位提出修改建议，特别是涉及到结算方式的调整，以确保合同的合法性和双方的权益得到保障。
三是实施监督：审计机构还会监督被审计单位对修改建议的实施情况，确保新的结算方式得到正确执行。
因此，被审计单位负责人需要对提供的结算资料的真实性和完整性负责，这意味着在合同条款的修改或补充过程中，被审计单位需要提供真实、准确的资料，以确保修改后的合同条款能够真实反映双方的权益和责任。
财政审计推翻合同约定的结算条款的法律依据：
《财政投资评审管理规定》第二条规定：财政投资评审是财政职能的重要组成部分，财政部门通过对财政性资金投资项目预（概）算和竣工决（结）算进行评价与审查，对财政性资金投资项目资金使用情况，以及其他财政专项资金使用情况进行专项核查及追踪问效，是财政资金规范、安全、有效运行的基本保证。财政投资评审工作由财政部门委托财政投资评审机构进行。
《中华人民共和国审计法》第二十二条规定，审计机关对政府投资和以政府投资为主的建设项目的预算执行情况和决算进行审计监督。这意味着，当项目涉及政府投资或以政府投资为主时，审计机关有权对项目的预算执行情况和决算进行审计，这是其法定职责之一。
《中华人民共和国审计法实施条例》进一步明确了审计机关的职责和权限，包括对建设项目资金的真实性、合法性进行调查。这为审计机关在审查项目资金使用情况时提供了法律依据，确保了审计工作的合法性和有效性。
第二种是合规合法的有效合同及条款：
在政府投资项目或以国有资金投资的项目中，“以财政评审或以政府审计为准”条款较为常见。“财政评审”或“政府审计”作为监控财政拨款与使用的行政措施及手段，是国家对建设单位的一种行政监督，其目的是实现国家对建设单位基本建设资金的监督、管理。但是该自上而下的行政监督（内控）措施，作为民事主体之间工程价款结算的依据，虽能保证工程结算与预算、概算及项目审计等目标保持一致，但也导致了内部行政监督“外溢”到民事法律关系中。
财政审计是审计机关对政府财政资金的运用进行监督，是国家对建设单位基本建设资金的监督管理，属于纵向的行政管理关系，而发包人、承包人之间建设施工合同的履行是平等主体之间的民事关系，两者不属于同一法律关系，所以应遵循民事法律规范中的意思自治原则，按照双方当事人盖章认可的审核报告进行结算。
在具体案例中，如果审计报告的计价依据明显与合同约定不符，与相关法规也不存在冲突，法院允许通过另行审计或造价鉴定的方式对审计结论进行调整。例如，在黄某、A集团有限公司建设工程施工合同纠纷案中，由于审计报告的计价依据与合同约定不符，法院最终认定审计报告不应作为结算依据，从而保护了合同双方的权益。
《最高人民法院新建设工程施工合同司法解释（一）理解与适用》在对第三十三条的解析中，第344页“审判实践中应注意的问题”部分谈及“约定以政府审计为结算依据的案件，能否申请工程造价鉴定”这一问题时，最高人民法院民事审判第一庭认为：“在审核审计长期没有结果的情形下，应当区分情况，如果查明政府部门确实无法进行审核审计的，应当允许通过司法鉴定的方式确定工程造价，解决当事人的纠纷。在审核审计结果与工程实际情况或者合同约定不符的情况下，比如，审计结果存在漏项的，或者采用了与合同约定不符的计价依据的，应当允许当事人就不符部分另行通过司法鉴定确定造价，但申请鉴定的一方当事人应当举证证明不符情形的存在。”（《最高人民法院建设工程施工合同司法解释（二）理解与适用》第340页亦有相同表述）
（2021）最高法民申1739号案中，最高院认为，“一般而言，人民法院审理工程价款结算纠纷案件中，如果当事人明确约定“竣工结算以审计部门评审结果为准”，则应尊重当事人的意思自由，按照约定处理；这并不影响人民法院对审计机构出具报告的合法性、合理性负有审查义务及权力，实践中不宜不经审查就直接予以采纳。如经审查，确有证据证明审计意见（或结论）存在明显不真实、不客观、不合理之处，该审计意见则不应作为认定案涉工程价款结算的依据。”
《2015年全国民事审判工作会议纪要》第49条也明确“承包人提供证据证明审计机关的审计意见具有不真实、不客观情形，人民法院可以准许当事人补充鉴定、重新质证或者补充质证等方法纠正审计意见存在的缺陷。上述方法不能解决的，应当准许当事人申请对工程造价进行鉴定”。
实践中，使用财政资金项目，项目实施过程中签署变更、索赔以及业主方品质调差或图纸变更等原因导致工程决算超概算，且建设方因管理、领导免责等原因，工程施工过程中未及时申请调整概算，导致项目决算超概算，超概算部分资金未落实。为避免因此导致的工程款支付责任和管理责任，建设方往往会选择滥用财政评审约定，生搬硬套地不计增量、变更工程，更不予计量洽商索赔部分金额，反映到财政评审上，必然导致少计工程量、清单项目不匹配等，评审结论经不住施工方质疑、当事人主张法院司法审查，法院可对“财政评审”结论进行司法审查，调整错误的审计结论。
