专用合同条款互相矛盾怎么处理以及确认效力的问题？首先要明确的是：合同条款互相矛盾的情形并不一定导致合同无效。
《民法典》第五百一十条规定：合同生效后，当事人就质量、价款或者报酬、行地点等内容没有约定或者约定不明确的，可以协议补充;不能达成补充协议的按照合同相关条款或者交易习惯确定。第五百四十三条规定:当事人协商一致，可以变更合同。
当合同中出现条款相互矛盾的情况时，合同当事人可以通过协商一致对相矛盾的合同条款进行更改，更改后的合同依然具备法律效力。根据《民法典》第五百一十条的规定表明，即使合同条款之间存在矛盾，只要双方能够通过协商解决这些矛盾，合同仍然可以继续有效执行。
对于合同中条款之间的矛盾，法院在处理时会根据《民法典》的相关规定，结合合同条款所使用的词句、相关条款、行为的性质和目的、习惯以及诚信原则来确定双方的真实意思表示。
例如：在某法院的一个案例中，法院认为买方负担运费的约定与合同总金额不含运费的描述相矛盾，但通过分析合同的其他部分和相关习惯，最终确定了双方的真实意图是买方负担运费。
在处理专用合同条款中互相矛盾的情况时，需要遵循一定的原则来解决争议。首先，根据特殊条款优先原则，在合同中存在矛盾或互相排斥的条款时，具有特殊性质或明确表述的条款应优先适用。这意味着如果一个特殊条款与其他一般性条款发生冲突，特殊条款将主导合同执行。
例如，在一份雇佣合同中，如果有一项特殊规定员工每月必须工作40小时，并且有额外加班费用，而另一项普通规定中提到员工每周工作时间为35小时。在这种情况下，根据特殊条款优先原则，特殊规定将优先适用，员工应按照每月工作40小时来计算工资和加班费。
其次，后签署条款优先原则也是解决合同条款冲突的重要原则。如果在合同中签署了多个版本并且存在前后冲突的情况，最新签署的版本将主导合同执行。
例如，在一份供应合同中，如果第一份版本规定供应商应在30天内交货，而第二份版本规定供应商应在15天内交货，那么根据后签署条款优先原则，供应商应在15天内交货。
最后，如果合同中没有特殊或明确规定的条款来解决冲突，那么一般性原则适用原则将适用。这意味着在没有特殊条款的情况下，将采用一般性质或普遍适用的原则来解决冲突。
例如，在一份销售合同中，如果没有特殊规定关于货物交付的时间，那么将采用一般性原则来解决。
综上所述，处理专用合同条款互相矛盾的情况时，应优先考虑特殊条款优先原则、后签署条款优先原则以及一般性原则适用原则。这些原则的应用有助于解决合同中的冲突，确保合同的顺利执行。
