专注肿瘤三大方向!生信大牛王凌华的2024!关于肺腺癌上皮细胞图谱,尤其出彩!

学术   2024-12-30 00:06   上海  

随着科学研究发展,人们发现单纯研究某一方向无法解释全部生物医学问题,科学家提出从整体的角度出发去研究人类组织的细胞结构、基因、蛋白及其分子间的相互作用,通过整体分析反映人体组织器官功能和代谢状态,为探索人类疾病的发病机制提供新的思路。生物信息学应用计算方法分析生物数据,如DNA,RNA,蛋白和代谢物。

生物信息学已经成为展开科研探索,开发新型诊断,治疗和生物产品的重要工具。在当前形势下,生信已经逐步成为科研人的必备技能。现在,不管是传统的湿实验科学家,还是掌握生信的临床科学家,在读硕士生、博士生和博士后,包括本科生,以及医生同道们,大家基本上形成了几点共识:①生信很有用,必须要学;②生信迭代快,必须要学好;③生信与湿实验结合,才是最好的归宿

王凌华是美国德克萨斯大学MD安德森癌症中心基因组医学系的终身副教授。她们团队重点关注三大领域:① 从癌前病变到浸润性癌症的转变(肿瘤的发生):全面表征肿瘤发生和进展的细胞和分子轨迹,旨在开发分类器和风险预测模型,以便更好地对患者进行分层,并开发有效拦截策略的潜在靶点。② 局部肿瘤转移的进化(肿瘤的转移:探索肿瘤转移的细胞和分子基础,试图了解肿瘤细胞与TME的共同进化,以及肿瘤细胞与各种免疫和基质细胞在原发和转移微环境中的适应性相互作用。③ 抗癌治疗的动态反应和治疗耐药性的发展(肿瘤的治疗:查明癌细胞的内在因素和决定肿瘤对抗癌治疗反应的微环境因素,识别有效的生物标志物,并开发模型来预测治疗反应情况,以开发有效治疗的新靶点。

王凌华于2003年毕业于山东第一医科大学,2006年获中山大学医学院眼科学硕士学位,2011年获东京大学工程研究生院癌症基因组学博士学位。在博士研究期间,她参与了全球第一例肝癌基因组的分析,并承担了东京大学胰腺癌基因组分析的主要工作毕业后,她接受癌症基因组研究的领导者Dr. David Wheeler教授的邀请,前往美国贝勒医学院作为一名博士后研究员开始了新的科研生活。在此期间,她以第一作者的身份先后发表了多篇高影响力的学术论文。2014年晋升为讲师,2015晋升为助教授。2017年3月加入MD安德森癌症中心基因组医学系,并于2017年夏天成立了自己的计算肿瘤生物学实验室。

2023年5月,王凌华团队在Nature Medicine期刊发表题为 Pan-cancer T cell atlas links a cellular stress response state to immunotherapy resistance 的研究论文,非常经典。进入2024年,王凌华团队依然产出颇丰,在Nature、Cancer Discovery、Nat Biotechnol等期刊发表了一系列文章。

2024年3月,王凌华团队与合作者在Nature杂志发表题为An atlas of epithelial cell states and plasticity in lung adenocarcinoma的研究论文。该研究通过流式分选获得EPCAM-的细胞,并进行单细胞测序,获得了 16 例早期肺腺癌样本和 47 例正常肺样本的 246,102 个上皮细胞;发现上皮细胞具有不同的正常和癌细胞状态,癌细胞之间的多样性与LUAD特异性致癌驱动因子密切相关。

研究发现,KRAS突变的癌细胞有明显的转录特征,表现为分化减少。人肺腺癌样本周围的非恶性区域富集了肺泡中间细胞(KAC),表现为KRT8表达升高、分化减少和驱动KRAS突变。在暴露于烟草致癌物的小鼠中,作者发现KAC出现在肺部肿瘤之前。通过肺泡 2 型细胞(AT2)和KRT8+细胞谱系的追踪,KAC可能是AT2细胞至肿瘤细胞转化的中间产物。非常棒的工作。鉴定新的细胞类群,找到表型,并进行实验验证,干湿结合,有理有据。

2024年12月,王凌华团队在Gastroenterology杂志上发表题为Atlas of Metastatic Gastric Cancer Links Ferroptosis to Disease Progression and Immunotherapy Response的研究论文。该研究对 68 例转移性胃癌患者样本进行单细胞数据分析,发现肝和腹膜转移灶在癌细胞和肿瘤微环境表型上都存在差异;且两者会共同进化,不同部位的细胞相互作用模式也不同。此外,研究还发现,癌细胞通过上调GPX4逃避铁死亡,抑制铁死亡可减弱肿瘤生长和转移。

数据挖掘推着课题往前走,实验再去验证数据挖掘的结果,干湿结合,相得益彰。
参考资料:https://zhuanlan.zhihu.com/p/685946435

芒果师兄
1.生信技能和基因编辑。2.论文发表和基金写作。3. 健康管理和医学科研资讯。4.幸福之路,读书,音乐和娱乐。
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