随着科学研究发展,人们发现单纯研究某一方向无法解释全部生物医学问题,科学家提出从整体的角度出发去研究人类组织的细胞结构、基因、蛋白及其分子间的相互作用,通过整体分析反映人体组织器官功能和代谢状态,为探索人类疾病的发病机制提供新的思路。生物信息学应用计算方法分析生物数据,如DNA,RNA,蛋白和代谢物。
生物信息学已经成为展开科研探索,开发新型诊断,治疗和生物产品的重要工具。在当前形势下,生信已经逐步成为科研人的必备技能。现在,不管是传统的湿实验科学家,还是掌握生信的临床科学家,在读硕士生、博士生和博士后,包括本科生,以及医生同道们,大家基本上形成了几点共识:①生信很有用,必须要学;②生信迭代快,必须要学好;③生信与湿实验结合,才是最好的归宿。
2023年5月,王凌华团队在Nature Medicine期刊发表题为 Pan-cancer T cell atlas links a cellular stress response state to immunotherapy resistance 的研究论文,非常经典。进入2024年,王凌华团队依然产出颇丰,在Nature、Cancer Discovery、Nat Biotechnol等期刊发表了一系列文章。
2024年3月,王凌华团队与合作者在Nature杂志发表题为An atlas of epithelial cell states and plasticity in lung adenocarcinoma的研究论文。该研究通过流式分选获得EPCAM-的细胞,并进行单细胞测序,获得了 16 例早期肺腺癌样本和 47 例正常肺样本的 246,102 个上皮细胞;发现上皮细胞具有不同的正常和癌细胞状态,癌细胞之间的多样性与LUAD特异性致癌驱动因子密切相关。
研究发现,KRAS突变的癌细胞有明显的转录特征,表现为分化减少。人肺腺癌样本周围的非恶性区域富集了肺泡中间细胞(KAC),表现为KRT8表达升高、分化减少和驱动KRAS突变。在暴露于烟草致癌物的小鼠中,作者发现KAC出现在肺部肿瘤之前。通过肺泡 2 型细胞(AT2)和KRT8+细胞谱系的追踪,KAC可能是AT2细胞至肿瘤细胞转化的中间产物。非常棒的工作。鉴定新的细胞类群,找到表型,并进行实验验证,干湿结合,有理有据。