2024年12月，Nature Communications杂志上发表题为Spatially resolved gene expression profiling of tumor microenvironment reveals key steps of lung adenocarcinoma development的研究论文。该研究将空间转录组和空间蛋白组联用，深入探究肺腺癌发展过程中肿瘤细胞与其所处的微环境之间的复杂相互作用。
研究方法上，该研究采用了空间转录组测序（Visium）、单细胞空间蛋白组（CODEX）和原位 RNA 表达检测（Xenium）联合分析来探究肺腺癌中肿瘤细胞与周围细胞的互作。研究团队对30个肺腺癌患者（8个侵袭性+22个早期非侵袭性）进行空间组测序，初步描绘肿瘤微环境的特征；然后，使用空间蛋白组和原位 RNA 检测，观察在恶性（侵袭性）边界和较轻恶性区域之间代表性样品的病理事件，挖掘肿瘤发生、发展中的关键基因。
CODEX (CO-Detection by indEXing)是由斯坦福大学Garry Nolan教授开发的新一代组织微环境分析方案。其核心策略是将抗体偶联到特异性Barcode核酸分子上，再用互补的荧光分子进行检测，从而实现在组织切片样本上对多达40个以上靶蛋白进行染色操作、成像检测和空间分析（上图）。
CODEX现在已经更名为PhenoCycler
