第一代Visium空间转录组测序文库构建的每张载玻片上有四个捕获区域 (6.5x6.5mm)，每个捕获区域含有5000个被条形码标记的点 (barcoded spots)， 直径为55 μm (两点之间中心的距离为100 μm)，每个点都有一个独特的条形码序列。当RNA从组织切片的细胞中释放出来后，迁移到每个点的RNA会被标记上相应的条形码序列，然后进行文库构建和测序。接下来，根据数据的条形码信息对数据进行分配， 以确定哪些数据来自哪个位置。最终实现空间基因表达的可视化。
2024年7月，BioRxiv预印版发表题为Characterization of immune cell populations in the tumor microenvironmentof colorectal cancer using high definition spatial profiling的文章，提出Visium HD (high definition) 概念。Visium HD结合免疫荧光将空间转录组融入标准的组织切片和免疫荧光染色中。这个组合不仅简单易行，而且容易在现有实验室架构中采用，只需使用现有的免疫荧光抗体即可。通过整合流程从单个样本中获取多重信息，重新定义感兴趣的区域。
Visium HD在同一张组织切片上结合蛋白、总mRNA和组织学分析，充分利用宝贵样本，从而发现细胞类型特异性的新型组织标志物和药物靶点，在组织微环境中鉴定免疫细胞和改造 T 细胞及其活化状态；分析肿瘤“热区”和“冷区”的基因表达谱；鉴定分泌蛋白的细胞来源；从空间上定位神经元亚型并获得其基因表达谱。
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话说回来，Visium，这个单词是怎么来的呢？跟Seurat好像不太一样（因为新印象派有个著名画家，名叫Georges Seurat，是点彩画派的代表人物）。
