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空间组学！Xenium是个啥？

学术 2024-12-27 00:06 上海

目前空间组学+单细胞测序+多组学检测挺火的。因为绝大多数空间转录组做不到真实水平的单个细胞分辨率，所以多会和单细胞测序联合分析。单细胞用于异质性分析，并辅助对空间转录组spots/clusters进行细胞类型注释。空间转录组数据进行空间分析等。但是，两种技术在实验过程中均会破坏组织，不能在原片上进行后续验证实验。

https://www.10xgenomics.com/platforms/xenium

基于以上难题，10x Genomics 公司推出全新的空间原位分析 Xenium 平台。Xenium 专注于组织原位的单细胞乃至亚细胞分辨率的基因表达分析。该技术利用锁式探针与目标基因杂交后环化，通过滚环式扩增提高检测灵敏度。在Xenium分析仪上，通过多轮荧光探针杂交、成像及探针洗脱，实现对扩增产物的精确检测。

总体来说，空间技术大约分为两类，一类是基于测序（NGS-based）的空间技术，一类是基于成像（image-based）的空间技术。基于测序的空间技术，这一类技术典型的就是Visium，华大的Stereo-seq，以及像寻因、百迈客的空间平台等。基于呈现的空间技术，这一类技术典型的就是Xenium，对标技术还有CODEX等。但是，Visium HD与Xenium不是相互排斥的，而是相互补充，共同构建更加完整的生物学图像。研究人员可以先利用Visium HD技术建立组织空间图谱，识别出感兴趣的靶标基因或区域。随后，再通过Xenium技术进行精细单细胞或亚细胞分析，验证并深化对特定基因或细胞类型的理解。

绘制肺癌早期肿瘤与免疫组成图谱。

定义小鼠丘脑的细胞与分子组成。

探究乳腺癌的异质性。

参考资料

https://cloud.tencent.com/developer/article/2423135
https://www.10xgenomics.com/blog/two-platforms-one-powerful-spatial-biology-toolkit-when-and-how-researchers-are-using-visium-and-xenium

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