MD安德森癌症中心的王淩华团队，非常擅长利用大数据和预测分析来开展课题和研究。其兴趣点在于 ① 正常细胞如何癌变，其团队正在努力确定癌前病变肿瘤进展过程中的最早事件，从而发现新的癌症生物标志物和治疗靶点； ② 癌细胞如何产生耐药性，主要是关注细胞可塑性，即癌细胞如何适应微环境并免受自身免疫系统或来自癌症疗法的攻击。![]()
早前有幸聆听过王凌华教授的直播，她们团队非常注重，也非常擅长课题的前期准备的——分析驱动课题。一个项目，可能花半年甚至更长时间反复论证、推敲，但一旦开始，往往比较顺利，磨刀不误砍柴工，典型的“不打无准备之战”。今天分享的文献，虽然不是来自王凌华团队，但是也展现出类似的打法！这篇文章2024年10月发表在Science杂志，题为Epigenetic regulators of clonal hematopoiesis control CD8 T cell stemness during immunotherapy。这项研究揭示表观基因Asxl1在维持CD8+ T 细胞干性及抗肿瘤免疫应答中的关键作用（表型），并阐明其通过调控H2AK119泛素化影响 T 细胞分化的表观调控机制 (机制)，其中使用多种测序技术，包括scRNA-seq，bulk RNA-seq，WGBS，ATAC-seq，CUT&Tag和CUT&Run等。原文中有段话非常清晰地阐释了课题依据（RATIONALE）。We recently observed that the long-term survival of a small cohort of myelodysplastic syndrome (MDS) patients treated with anti–PD-L1 therapy was coupled to mutation of the ASXL1 gene among their T cells. Mutations in ASXL1 (基因), in addition to DNMT3A and TET2, are commonly associated with conferring a survival advantage (表型) among hematopoietic stem cells , resulting in subclonal outgrowth referred to as clonal hematopoiesis. Because of their general link to cellular stemness, we investigated the role of these regulators in the developmental transition of Tpex into Tex and the impact of deletion of these regulators on therapeutic durability during anti–PD-L1 treatment. 这段话很重要，是整个课题的依据，得益于前期精心准备。![]()
作者利用CRISPR/Cas9技术敲除小鼠P14 CD8 T 细胞（特异性识别LCMV gp33表位）中的Dnmt3a、Tet2、Asxl1或Rosa26基因（对照），并将这些基因编辑的 T 细胞过继转移到小鼠体内；然后进行慢性LCMV感染和PD-L1阻断治疗。结果显示，敲除Dnmt3a、Tet2或Asxl1的CD8 T 细胞在慢性LCMV感染及PD-L1阻断治疗后，其增殖能力更好，且在慢性抗原暴露超过一年后，仍能维持其数量和对ICB的应答状态。![]()
上述基因敲除的 T 细胞在脾和肺中表现出更强的持久性，并富集了干细胞样 T 细胞亚群（TCF1+）。尤其重要的是，长期抗原刺激并未导致这些基因敲除 T 细胞发生恶性转化。单细胞数据分析证实，与野生型T细胞相比，敲除Dnmt3a、Tet2或Asxl1的 T 细胞中Tpex细胞亚群比例更高，且Asxl1敲除的 T 细胞分化程度相对较低（分化轨迹分析）。锁定基因（Asxl1）和表型（干性/增殖/治疗响应）后，作者展开实验确证和机制探究。![]()
Asxl1缺失的CD8 T细胞具有更强的效应功能和自我更新能力（验证）。![]()
Asxl1通过调控染色质可及性和H2AK119泛素化影响 T 细胞分化（机制探究）。Asxl1缺失增强肿瘤模型的免疫治疗效果（肿瘤的治疗）。https://www.stjude.org/directory/z/caitlin-zebley.html这项研究的难点仍然在于基因和表型的确定。为什么选择Asxl1基因？为什么针对CD8 T 细胞干性表型？这篇论文给出了很好的示范。选表型，定基因，仍然是课题开展最初始，也是最重要的一步。
参考资料：
https://mp.weixin.qq.com/s/9Dui5eLDAOqx0jxLQkDr2A
