治疗泌尿系真菌感染的药物如下：
首选药物
5 - 氟胞嘧啶：其作用机制是抑制核酸合成。对光滑假丝酵母菌、白色假丝酵母菌和热带假丝酵母菌均敏感，无耐药情况。不过，临床上单独使用易诱导耐药，严重感染时通常与其他抗真菌药物联合应用。
氟康唑：是一种高效、低毒的三唑类抗真菌药，尿液中浓度是血液的 10 倍以上，对光滑假丝酵母菌、白色假丝酵母菌和热带假丝酵母菌有较好的敏感性。不过，随着其广泛且不规则使用，出现了耐氟康唑的白色假丝酵母菌菌种。
较好选择药物
两性霉素 B：对真菌尿路性感染敏感性较佳，但因其对肝肾毒性作用明显，临床上一般不优先推荐，常选择对肝肾毒性较轻的两性霉素 B 脂质体替代。
