结直肠癌是全球第三大最常见的恶性肿瘤，结直肠癌肝转移是结直肠癌治疗的重点和难点之一，约 21~26% 患者表现为同步转移，80%~90% 肝转移灶无法获得根治性切除。在结直肠癌肝转移的肿瘤微环境，对于理解关键机制和设计新的治疗策略至关重要。然而，免疫细胞如何协调结直肠癌肝转移，转移性细胞微环境是否与原发部位不同，尚不清楚。
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链接：Int. J. Mol. Sci. 2021, 22, 2067因为绝大多数空间转录组做不到真实水平的单个细胞分辨率，所以多会和单细胞测序联合分析。单细胞用于异质性分析，并辅助对空间转录组spots/clusters进行细胞类型注释。空间转录组数据进行免疫浸润等和位置相关分析。一般分析内容包括：①利用单细胞数据对空转进行细胞类型注释；②确定spot细胞类型后，结合HE染色的结果确定各类细胞空间位置和占比，推断不同细胞在疾病或表型发生中所起到的作用；③差异分析、富集分析和互作分析等功能探究。![]()
Science Advances杂志发表不少单细胞＋空转的文章。这些文章数据公开，代码开源，简直是最好的单细胞＋空转联合分析教程。2023年6月，广东省人民医院团队发表题为Single-cell and spatial transcriptome analysis reveals the cellular heterogeneity of liver metastatic colorectal cancer的研究论文，结合单细胞和空间转录组技术综合分析了肝转移性结直肠癌的细胞异质性，为未来的肿瘤治疗提供潜在的靶点。![]()
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第四步，肿瘤浸润 T 细胞重编程（转录组层面），加了实验验证。![]()
找到关键的细胞类群，CXCL13+ T 细胞。
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第五步，肿瘤相关成纤维细胞的鉴定。
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找到关键的细胞类群，F3+ 成纤维细胞。
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第六步，阐明关键信号通路（Notch通路）。
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细胞通讯，从细胞互作的角度阐释结直肠癌肝转移的异质性。
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在转移肿瘤微环境中，富集的MCAM+成纤维细胞可以通过Notch信号通路调节CD8_CXCL13细胞的生成，不同于CC中的肿瘤前体亚群F3+成纤维细胞，表明在不同的癌症环境下，基质细胞的细胞异质性。
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代码全部整理在补充文件了，大家可以自行下载。
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单细胞测序自 2013年 被Nature Methods评为年度技术以来，已广泛运用于科研领域。然而只有单细胞测序分析流程不能满足新的科研潮流，而单细胞测序＋联合空间转录组是一个很好的新科研方向。单纯的空间转录组测序中检测的转录本深度和覆盖度不够理想，通常表现为空间转录组数据中捕获的异质性低于单细胞RNA测序中的异质性。因此，两者结合起来，才能更好的解决科研问题。![]()
入门生信分析，可以看看生信猫的单细胞直播课。四个周末，从基本的 R 环境准备，数据预处理和数据可视化，到关键的细胞注释、拟时序分析和细胞通讯，再到空转原理解读，空转数据处理和高阶分析，以及空转与单细胞来拟合分析，内容系统全面。
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