民办非企业单位出资设立公司并不存在法律或者实施障碍。《国家工商行政管理局关于企业登记管理若干问题的执行意见》（已于2006年废止）第六条规定：“社会团体(含工会)、事业单位及民办非企业单位，具备法人资格的，可以作为公司股东或投资开办企业法人，但依照中共中央、国务院的规定不得经商办企业的除外。”该文件虽已被废止，但其过往对市场主体登记机构的指导作用和影响依然在延续。
据了解，相关市场主体登记机构对于民办非企业单位作为股东并未限制，只要民办非企业单位具有法人资格，在民政局进行过主体登记，即可登记为公司的股东。
如平阳县人民政府网站上公布的《公司设立登记办事指南》即有以下说明：“股东为民办非企业单位的，提交民办非企业单位证书复印件。”
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