研究开始前，仅一人粪便中检出过肺炎克雷伯氏菌，研究结束时大部分人粪便中均检出肺炎克雷伯氏菌。 肠内营养组的肺炎克雷伯氏菌丰度在菌群恢复期急剧增加，平均约占整个菌群含量的50%。其中有6人的肺炎克雷伯氏菌丰度超过20%。 杂食组的肺炎克雷伯氏菌略有增加，后一直保持在较低水平。 素食组的肺炎克雷伯氏菌经历短暂的增加后在第13天开始恢复到较低水平。
无论低纤维还是高纤维饮食，抗生素显著降低了菌群多样性。 菌群多样性的恢复依赖于饮食，高纤维饮食组的菌群多样性在在4周后恢复，而低纤维组则没有。 与高纤维饮食组相比，低纤维饮食组肺炎克雷伯氏菌的定植增加了1000倍，这种差别在灌胃后一周内就显现出来，与多样性的变化相对应。低纤维饮食组粪便中氨含量显著增加，与肺炎克雷伯氏菌的增加相对应。 进一步分析显示：高纤维饮食对肺炎克雷伯氏菌的抑制可能是通过增加它的竞争者的丰度（比如约氏乳杆菌和假长双歧杆菌）实现。低纤维饮食对肺炎克雷伯氏的促进可能与增加它的合作者（比如粪肠球菌）有关。
与低纤维饮食组相比，高纤维饮食组小鼠的肠道的症状更轻、结肠长度变化更小，验证评分更低。 与低纤维饮食组相比，高纤维饮食组小鼠的粪便、近端小肠、远端小肠、血液和肝脏中的肺炎克雷伯氏菌数量明显更低。
