腹痛为肠套叠出现最早且最主要的症状，而哭闹则为婴儿腹痛特有的表现，以突发、剧烈、节律性的哭闹为特征。
这种阵发性哭闹是由于肠蠕动将套入肠段向前推进，肠系膜被牵拉，肠套鞘部产生强烈收缩而引起的剧烈腹痛，当蠕动波过后，病儿即转为安静。随着缓解期逐渐缩短，患儿渐渐地精神萎靡，嗜睡，随后进入休克状态，而哭闹、腹痛反不明显。
肠套叠早期症状之一，腹痛发作后不久就发生呕吐，初为乳汁乳块或食物残渣，以后带有胆汁，晚期则吐粪便样液体。早期呕吐系因肠系膜被强烈牵拉，导致神经反射性呕吐，晚期则由肠梗阻引起。
便血为肠套叠特征性表现，便血多发生于疾病开始的8～12小时，典型的血便是红果酱样粘液血便，也可有鲜血便或脓血便，几小时后又可以重复排出几次。纵使家长忽视了婴儿的哭闹和呕吐，但在发生血便时一定会来医院求治。
一部分患儿来院就诊时尚未便血，肛门指检时可发现指套上染有果酱色粘液。出血是由于肠套叠时，肠系膜被牵入嵌闭于套入部的肠壁间，发生血液循环障碍而引起粘膜渗血，与肠粘液、粪便混合面形成暗红色胶冻样液体。
腹部触及肿物是有意义的诊断。肿物多位于右上腹或中上腹，实性、光滑、稍可移动，并有压痛。随病情进展，肿物变长，沿结肠框分布，呈腊肠状。
多数病儿由于回肠末端及盲肠套入结肠内，右下腹比较松软而有空虚感。严重者套入部达直肠，肛门直诊可触及子宫颈样物，偶见肿物从肛门脱出。一旦肠管有坏死倾向，腹胀加重，腹肌紧张，肿物常触诊不清。
病程早期，病儿一般情况良好，体温正常，仅表现为面色苍白，精神欠佳。晚期精神萎靡、表情呆钝、嗜睡、脱水、发热，甚至有休克、腹膜炎征象。
多为继发性，病程较缓慢，呈亚急性不全性肠梗阻。可有反复发作的病史，发生肠套叠后也可自行复位。主要表现为腹痛，偶有呕吐，少有血便，腹壁薄者可触及腹部肿物。
