明太祖朱元璋早年曾出家为僧，后跟随白莲教徒郭子兴，加入了农民起义。这种经历使朱元璋认识到佛教的巨大影响力。因此，他即位后对佛教采取了既利用又限制的政策。
朱元璋登基初年，召集南方著名僧人在南京举办为战死者超度亡灵和为明王朝祈福的法会。后又下诏免费发放度牒，三年发牒一次，须经过考试。各州府县只许保留大寺观一所，僧众集中居住，限各府不得超四十人。
命各地沙门讲习《心经》、《金刚经》、《楞伽经》三种经典，从思想上引导佛教的统一。为了进一步整顿佛教，防止僧人利用佛教滋事，明太祖又颁布了《申明佛教榜册》。其中内容是僧人不许与民间杂处，只能专心于宗教信仰，不得干涉世俗事务，尤其是政治。
明成祖朱棣能成为帝王，同僧人道衍的策划密不可分。他即位后对佛教给予极大支持。赐僧人道衍亦僧亦官，穿上官服，即上朝为官，穿上缁衣，即为庙中和尚。他还亲自为《法华经》作序，对佛教大加颂扬。明成祖亲自撰写了《神僧传》九卷，对历史上的神僧事迹进行了介绍。
对于喇嘛教，明太祖和明成祖的态度都十分明确。一方面废除喇嘛在内地的特权，另一方面不断封王赏赐。
明太祖曾封前元朝帝师喃迦巴藏卜为炽胜佛宝国师称号。明成祖即位之初，即遣使迎哈立麻至京，封号“大宝法王”。又邀宗喀巴来京，宗喀巴派弟子释迦智来朝，被封为“大慈法王”称号，任成祖、宣宗两代国师。
明代帝王之所以热衷于赐封藏族僧侣官员，除了对佛教的尊崇外，还有一个更重要的原因就是出于稳定边塞的需要。
此后，明王朝的佛教政策虽有变化，但基本上保持了明太祖和明成祖所确立的方针，故寺院僧人在明代比以前有增无减。
明代寺院拥有的田产也有相当规模，特别是一些著名的寺院。既有钦赐田地，又有常住田地，经济实力不可小觑。后来，政府规定各寺最多只能有六十亩田产，其他一律交给佃农耕种。
明代《方册藏》的雕刻对后世影响较大。该经又叫《径山藏》或《嘉兴藏》。《方舟大经藏》的发行改变了原来藏经不便携带、阅读的缺陷，使佛教大藏经的流传更为广泛。
明朝的士人对佛教也颇有研究。著名的有宋濂，撰有高僧塔铭三十九篇；李贽著有《文字禅》、《净土诀》、《华严合论简要》等著作；袁宏道著有《西方合论》。
佛教各宗派中以禅宗和净土信仰为最盛行，其他各派仅是维持。禅宗以临济和曹洞宗为主，其中临济宗最为盛行。
著名禅师明初有楚石梵琦，被称为“本朝第一流宗师”。明中叶后，临济宗人才辈出，著名禅师有笑岩德宝，其弟子幻有正传，正传再传密云园悟、天隐圆修、雪峤圆信、临济得以传播各地。曹洞宗著名禅师有无明慧经及其弟子无异元来和永觉元贤等都弘传一方。
神宗万历时期，佛教宗匠辈出，形成一个佛教复兴的新气象。其间，云栖祩宏、紫柏真可、憨山德清、藕益智旭四大高僧的出现，成为明末佛教的一个亮点。
