2022-01-21
2023-12-11
2023-02-03
反式作用因子与特异的顺式作用元件结合，参与基因表达调控的因子。编码反式作用因子的基因与被反式作用因子调控的基因不在同一染色体上。反式作用因子有两个重要的功能结构域：DNA结合结构域和转录活化结构域，它们是其发挥转录调控功能的必需结构，此外还包含有连接区。反式作用因子可被诱导合成，其活性也受多种因素的调节。这里的反式作用因子本质上是蛋白。转录因子是反式作用因子的重要组成，可被诱导表达。
韦恩图网站——TF targets
目前，有多个转录因子及其靶基因预测的网站，例如TRANSFAC（转录因子的调控元件和靶基因数据库）、JASPAR（开放存取的转录因子结合位点模型数据库）、TRRUST（人类和小鼠转录因子及其靶基因的可信关系）、ENCODE（编码转录调控的项目数据库）等。王进老师开发了一个转录因子预测整合分析的网站——TF targets。
多个数据集交集得到的基因
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这是完全从数据库中筛选靶点的方法。然后，在用韦恩图展示兴趣基因上，大佬们玩出了新花样——自己构建数据集，然后韦恩图展示。当然，这种方式有一定的迷惑性，也就是说大佬们大概率不是通过这种方式来筛选靶点的，而只是以这种形式来展示，让前期工作趣味性，看起来更高大上。
2024年3月，复旦大学附属中山医院的许杰团队在Cell杂志发表了关于治疗多种肿瘤类型的靶点ITPRIPL1。综合使用CCLE癌细胞数据库，GEO中PD-1/PD-L1的治疗难的数据集（表明是另一种强大的免疫逃避途径），免疫特权器官比如睾丸高表达的基因，跨膜蛋白（表明潜在的与免疫细胞结合关键受体的能力）。
2022年，Christoph Hess教授在Cell杂志发表了题为Magnesium sensing via LFA-1 regulates CD8+ T cell effector function的研究论文。在探究镁离子与 T 细胞功能时，作者自定义了四个基因集，金属离子结合、免疫突触形成、白细胞黏附以及基因表达不同（EM CD8+T细胞＞naive CD8+T细胞），从而筛选到了IGTAL（CD11a）这个靶基因。研究表明，CD11a与CD18形成的白细胞功能相关抗原 1 (LFA-1)，是一种整合素，通过免疫突触形成参与 T 细胞活化以及白细胞运输和外渗，开启了这项顶刊研究。
参考链接：https://jingege2.shinyapps.io/TF_targets_predict/.
