文章标题：Disulfidptosis-associated LncRNA signature predicts prognosis and immune response in kidney renal clear cell carcinoma
中文标题：二硫泪相关 LncRNA 特征可预测肾透明细胞癌的预后和免疫反应
发表期刊：Biol Direct
发表时间：20240822
影响因子：5.7/Q1
研究背景
肾细胞癌 （RCC） 是泌尿生殖系统的常见肿瘤。它具有高度侵袭性，死亡率高。肾透明细胞癌 （KIRC） 是 RCC 的主要病理类型，约占 RCC 病例的 75-80% 。KIRC具有异质性，转移率高，预后差。二硫线化是程序性细胞死亡 （PCD） 的一种新机制。双硫线折叠症是由高水平的半胱氨酸摄取加上 NADPH 供应不足介导的。NADPH 耗竭导致肌动蛋白细胞骨架蛋白中二硫键的异常形成，随后二硫键分子的过度积累导致二硫键应激，进一步影响肌动蛋白细胞骨架蛋白，导致肌动蛋白网络崩溃，最终导致细胞死亡。了解肿瘤中二硫线化的机制对于诱导癌细胞死亡很重要。
研究方法
从 TCGA 数据库中提取 KIRC 患者的 RNA-seq、临床和体细胞突变数据。通过多因素 Cox 分析确定 5 个 DRlncRNAs 为重要的预后因素，并构建预后模型。使用从模型推导出的公式确定每位 KIRC 患者的风险评分，随后根据中位风险评分将患者分为两个风险组。绘制 Kaplan-Meier （K-M） 曲线以评估风险模型的预测能力。进行基因本体论 （GO） 分析以检查 DEGs 的生物学功能。进行京都基因和基因组百科全书 （KEGG） 分析以研究与 DEGs 相关的信号通路。进行基因集富集分析 （GSEA） 以确定低风险组和高危组的信号通路。
研究结果
1.基于 DRlncRNAs 的风险模型预测 KIRC 预后
从文献中获得了10个二硫代蛋白酶死亡相关基因，然后采用Pearson相关系数法分析TCGA数据库中lncRNA与二硫代蛋白酶死亡相关mRNA的相关性，共鉴定出431个DRlncRNA，桑基图显示10个二硫代脫相关基因和431个DRlncRNA参与了共表达网络。
2.基于 DRlncRNA 的风险模型和 PCA 的验证
在测试集中验证了风险模型的可靠性，风险曲线和散点图显示低风险组患者的风险评分低于高风险组患者，生存时间较长，预后较好。此外，热图验证了SPINT1-AS1、AL161782.1和OVCH1-AS1是KIRC的保护因素，而AC131009.3和AC108673.3是KIRC的危险因素。
3.独立的预后分析和列线图
进行单因素和多因素 Cox 回归分析，以确定 5 个 DRlncRNAs 是否独立预测 KIRC 患者的 OS。单变量 Cox 回归分析的结果显示，年龄、年级、分期和风险评分与 OS 显著相关 （p < 0.05）独立预测 KIRC 患者的 OS。这些结果表明，基于 5 个 DRlncRNAs 构建的风险模型是 KIRC 的独立预后因素。
4.功能富集分析
进行 GO 和 KEGG 富集分析以检查 735 个 DEG 的功能。DEGs 富含免疫相关 BPs，包括体液免疫反应、对细菌的防御反应和有机阴离子转运。在 CCs 方面，DEGs 在顶细胞、含胶原的细胞外基质和免疫球蛋白复合物中显著富集。就 MF 而言，DEGs 参与受体-配体活性、抗原结合和免疫球蛋白-受体结合。
文章小结
这项研究在 KIRC 中建立了二硫泪相关 lncRNAs 与患者预后之间的牢固联系，强调了它们作为预后生物标志物和治疗靶点的潜力。这些 lncRNAs 在肿瘤组织中的差异表达与正常组织进一步突出了它们在 KIRC 发病机制中的相关性。该预测模型不仅增强了我们对 KIRC 生物学的理解，还为精准医学方法提供了一种新颖的分层工具，改善了 KIRC 患者的治疗个性化和预后。（对这种思路感兴趣的老师，欢迎联系小编！）
