5.7/Q1,南京大学医学院双向孟德尔随机化研究炎症因子与强直性脊柱炎之间的因果关系

文摘   2024-09-08 19:01   陕西  

今天小骨为大家分享的文章选择了3个GWAS进行MR分析,初次接触MR分析的小伙伴们不妨参考一下这篇文章的思路。
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文章标题:Exploring causal correlations between inflammatory cytokines and ankylosing spondylitis: a bidirectional mendelian-randomization study

中文标题:探索炎性细胞因子与强直性脊柱炎之间的因果关系:一项双向孟德尔随机化研究

发表期刊Front Immunol . 

发表时间2023年11月

影响因子5.7/Q1

研究背景

强直性脊柱炎 (AS) 是一种慢性进行性炎症性关节病,主要影响脊柱和骨盆。其特征是脊髓和盆腔关节的炎症、僵硬、疼痛和功能障碍。目前,AS 的确切机制仍然有些难以捉摸,但研究揭示了 AS 和炎症因子之间错综复杂的相互作用。

究方法

双向孟德尔随机化研究利用了来自 186 例 AS 病例和 456,162 例欧洲血统对照的全基因组关联研究 (GWAS) 的遗传数据。炎性细胞因子是从 8,293 名健康参与者的 GWAS 摘要中获得的。因果关系主要使用逆方差加权法进行研究,并辅以 MR Egger、加权中位数和加权模式分析。使用 Cochrane Q 检验评估结果的异质性。通过 MR-Egger 截距检验和 MR 多效性残差和异常值 (MR-PRESSO) 检验评估水平多向性。通过留一法分析进行敏感性分析

结果分析

1. 41 种炎性细胞因子对 AS 的影响

在可接近的炎症因子中,当全基因组显著性临界值设置为 5 时,41 个中有 9 个表现出 3 个或更多有效的 SNP× 10-8。对于炎症因子,P<5×10 的阈值较高-6用于确保为后续 MR 分析提供足够数量的 SNP。

2. 正向分析中“留一法”分析结果中 3 种炎症因子

此外,“留一法”分析证明了我们的 MR 分析的稳健性,因为它不受任何单个 SNP 的影响。

3. AS 对 41 种炎性细胞因子的影响

最初,当全基因组显著性临界值设置为 5 × 10 时-8,可用于 MR 分析的 SNP 不足。因此,我们将阈值调整为 5 × 10-6以确保有足够数量的 SNP 用于分析。此外,所有 F 统计量值都超过 10,表明工具偏倚较弱的可能性最小。

4. AS 与 12 种炎症因子 IL-12p70

Cochran Q 检验未检测到任何异质性证据,也没有观察到显著的截距,表明不存在多效性。此外,MR-PRESSO 的结果表明,该 MR 分析中没有水平多效性。

文章小结

这些发现表明 βNGF 、 IL-1β 和 TRAIL 可能在 AS 的发病机制中起关键作用。此外,AS 可能影响细胞因子的表达,如 IL-12p70、IL-17、IL-6、IL-4、SDF-1α、MIP1β、MCP-3、PDGFbb、GCSF、bFGF、TRAIL 和 IFN-γ。需要进一步调查以确定这些生物标志物是否可用于预防或治疗 AS。如果您对生信分析和公共数据库挖掘感兴趣,但时间和精力有限或者缺乏相关经验,小骨非常乐意为您提供如下服务:免费思路评估、付费方案设计生信分析等,有意向的老师欢迎联系小骨哦!

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