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文章标题：Single-cell insights: pioneering an integrated atlas of chromatin accessibility and transcriptomic landscapes in diabetic cardiomyopathy
中文标题：单细胞洞察：开创了糖尿病心肌病染色质可及性和转录组学景观的综合图谱
发表期刊：Cardiovascular diabetology
发表时间：2024年4月
影响因子：8.5/Q1
糖尿病心肌病 （DCM） 对健康构成的威胁越来越大，增加了糖尿病患者的心力衰竭风险。了解 DCM 至关重要，成纤维细胞和内皮细胞在驱动心肌纤维化和导致心功能障碍方面起着关键作用。多模式单细胞分析的进展，如 scRNA-seq 和 scATAC-seq，为靶向治疗干预提供了对 DCM 独特细胞状态和分子景观的更深入见解。
分析方法
使用 Cell Ranger ARC v2.0.1 处理来自 10x Multiome 文库的单细胞 RNA 和 ATAC 数据。基因表达和 ATAC 数据经过 Seurat 和 Signac 过滤。鉴定了差异基因表达和可接近的染色质区域。用 chromVAR 估计转录因子活性，并使用 Cicero 计算顺式共可达性网络。将协同可访问性连接与 GeneHancer 数据库进行了比较。进行基因本体分析、生物过程评分、细胞间通讯分析和基因-基序相关性，以揭示复杂的分子变化。免疫荧光染色利用石蜡包埋组织上的各种抗体来验证结果。
结果分析
1. DCM 进展过程中的细胞类型变化
通过比较 WT 和 DCM 小鼠模型之间的细胞类型比例，我们观察到 DCM 小鼠组内皮细胞和巨噬细胞的比例降低，而成纤维细胞和心肌细胞的丰度增加。
2. DCM 期间细胞类型特异性染色质可及区域和细胞周期变化
从 scATAC-seq 获得的染色质可及区域可分为启动子、第 1 外显子及其下游区域。通过比较各种细胞类型中不同类型的染色质可及区域的比例，我们观察到大多数细胞类型在启动子区域中表现出可接近区域。
3. DCM 期间心肌细胞和成纤维细胞的亚群变化
基于之前的分析，我们观察到心肌细胞和成纤维细胞在 WT 组和 DCM 组之间表现出最显着的变化。我们首先关注心肌细胞，并进行了额外的降维和聚类，产生了四个亚组：心肌细胞-0/1/2/3。
4. 内皮细胞的亚群分析
为了响应 DCM 组中内皮细胞比例的降低，我们同样提取并进行降维和聚类，以获得四个亚组：内皮细胞-0/1/2/3。 每个内皮细胞亚组的 WT 组和 DCM 组之间的进一步细胞比例比较。
5. 成纤维细胞活化和内皮增殖的候选调节因子
为了探索不同细胞类型中的关键调节因子，我们对通过 chromVAR 计算的平均基序活性与每种细胞类型中 JASPAR 数据库中转录因子的平均基因表达水平进行了相关性分析。
文章小结
我们的综合 scRNA-seq 和 scATAC-seq 分析揭示了糖尿病心肌病中复杂的细胞状态和分子改变。鉴定出的细胞类型特异性变化、转录因子和标记基因可提供有价值的见解。该研究阐明了 DCM 的潜在治疗靶点。今天为大家分享的文章纯公共数据挖掘+统计分析，就发到了一区！如果你也想在临床方向发高分文章，不妨试试这个省钱省事又省力的思路吧！
