文章标题：SOX11 as a potential prognostic biomarker in hepatocellular carcinoma linked to immune infiltration and ferroptosis
中文标题：SOX11 作为与免疫浸润和铁死亡相关的肝细胞癌的潜在预后生物标志物
发表期刊：Chin J Cancer Res
发表时间：20240830
影响因子：7.0/Q1
研究背景
肝癌往往是致命的。肝细胞癌 （HCC） 约占原发性肝癌的 90%，发病率和死亡率在世界排名第五 （1,2）。高死亡率水平部分归因于缺乏可靠的诊断生物标志物，尽管存在局限性，但甲胎蛋白 （AFP） 是目前唯一可用的血液检测 。在人类中，SOX11 存在于染色体 2p25.2 上。它与开放的染色质区域结合，从而促进核小体重塑和随后的转录。
研究方法
来自癌症基因组图谱 （TCGA） 和基因表达综合 （GEO） 的 SOX11 表达数据通过免疫组织化学 （IHC） 进行验证。共表达、差异表达和功能分析利用 TCGA-LIHC、Timer 2.0、Metascape、GTEx 和 LinkedOmics 数据库。评估与免疫浸润、铁死亡和免疫检查点基因的关联。通过 CBioPortal 探索遗传变化。Logistic 回归、受试者工作特征曲线 （ROC） 、 Kaplan-Meier 分析和列线图模型评估了与 HCC 临床病理特征的关联。在 HepG2 和 HuH7 细胞系中研究了 SOX11 对增殖和迁移的影响。
研究结果
1.肝细胞癌中 SOX11 水平显著升高
第一步是使用 TIMER2.0 检测肿瘤和对照样品中 SOX11 的水平。这表明相对于对照组，肿瘤组织中 SOX11 的水平显着升高。SOX11 在其他类型的癌症中表达升高。与 50 例对照相比，374 例 HCC 组织中的 SOX11 水平显著升高 （P<0.001).50 对 HCC 和正常组织的进一步比较证实了这些发现，显示肿瘤组织中 SOX11 升高 （P<0.001）。
2.SOX11 与 HCC 的临床特征和分子亚型相关
从 TCGA 获得 374 例 HCC 患者的临床信息和 SOX11 水平。通过单变量分析检查这些参数之间的关联，发现升高的 SOX11 水平和 T 与病理分期和肿瘤状态之间存在显着关联，以及组织学分级.与 T1-T2 相比，T3-T4 中的 SOX11 表达显著升高，与I-II期相比，病理分期III-IV的表达显著升高。数据集结果表明，与 SOX11 水平较高的病例相比，SOX11 上调的 HCC 病例发生晚期疾病的几率更高。与此一致，发现 SOX11 的水平在不同 HCC 分子亚型之间存在显著差异。
3.SOX11 作为 HCC 预后的预测因子
Kaplan-Meier 生存图显示，SOX11 上调的病例显著降低了 OS （HR=2.39，P<0.001）、疾病特异性生存期 （DSS）（HR=2.50，P<0.001）以及无进展间期 （PFI）（HR=1.77，P<0.001） 与 SOX11 下调的病例相比。
4.SOX11 的遗传变化与生存无关
使用 cBioPortal 在线资源评估 SOX11 中的突变频率。分析了所有五个数据集，即 AMC、MSK、RIKEN、INSERM 和 TCGA 泛癌图谱，包括 1,000 个样本 （23,24）。发现与 HCC 相关的 SOX11 体细胞突变的总体频率为 0.5%，每 1,000 个样本中只有 5 个突变，其中大部分是错义突变 .
5.HCC 中 SOX11 相关基因的功能注释和通路富集
为了探索 SOX11 在 HCC 中的可能功能，使用 LinkedOmics 进一步探索了在 TCGA 中发现与 SOX11 共表达的基因.结果显示 SOX11 与 2,277 个在 HCC 中共表达的基因之间存在显著相关性 [错误发现率 （FDR）<0.05，P<0.05，以及 |cor.|≥在这些基因中，发现 1,573 个基因与 SOX11 的表达呈正相关，而 704 个基因呈负相关。
6.SOX11 水平和免疫细胞浸润
使用 ssGSEA 检查来自 24 种免疫细胞类型的 HCC 肿瘤浸润，并通过 Spearman 相关系数评估它们与 SOX11 水平的相关性。SOX11 与辅助滤泡性 T 细胞 （TFH） （R=0.302，P<0.001） 、2 型辅助性 T 细胞 （R=0.274，P<0.001） 和巨噬细胞 （R=0.271，P<0.001） 呈正相关。
文章小结
文章研究发现，SOX11 在 HCC 组织样本中上调，这与患者生存率降低有关。功能分析表明，SOX11 可能通过调节细胞外膜的功能来介导 HCC 进展。这些发现意味着 SOX11 可能是 HCC 诊断和预后的生物标志物。（对这种思路感兴趣的老师，欢迎联系小编！）
