《黄帝内经》对于疾病治疗的阐述多以针刺为主，而略于方药，全书共载１３首方剂，即“《内经》十三方”，是中医运用方药治疗疾病的最早记载，蕴含了《内经》的论治法则与组方用药理论，其中大部分方剂经后世不断传承发展，至今仍为临床所用。
半夏秫米汤
《灵枢·邪客篇第七十一》：“今厥气客于五脏六腑则卫气独卫其外，行于阳不得人于阴行于阳则阳气盛，阳气盛则阳跷陷，不得人于阴，阴虚故目不瞑。……饮以半夏汤一剂，阴阳已通，其卧立至。……其汤方：以流水千里已外者八升扬之万遍，取其清五升煮之炊以苇薪，火沸，置秫米一升治半夏五合，徐炊令竭为一升半，去其滓。饮汁一小杯，日三稍益，以知为度。故其病新发者覆杯则卧汗出则已矣，久者三饮而已也。”
本方中半夏、秫米、长流水均不是治疗失眠的常用药物。
卫气行于阳则寤行于阴则寐。如厥逆之气入侵脏腑，迫使卫气行于阳分不得行于阴分则阳盛于外、阴虚于内而不得眠。《礼记月令》说“五月半夏生”，即是秉火之气而生而其根成于八月，即是得金之气以成，其性味辛温，正说明合金火之气味。五月为阳入阴之时故凡阳不入阴者皆可借用，而失眠正是由于阳不入阴所致，故治之有效。
方中秫米即今之高粱，在五谷中结实最高主下垂由于五谷趋胃，最能和胃，中焦为阴阳交通之枢纽所以用高粱引阳气下行。临床可以薏苡仁代替秫米。
高粱与半夏都能熬出點的汤汁具有“滑”的性质。
流水千里以外者，其性主动，其性趋下，扬之万遍，则其水性更灵活，其流畅而无阻滞。
煎煮的燃料与药效也有关系。苇薪是管状空心的植物，具有“通”的性质所以用它煎药可加强药效。
生铁落饮
《素问病能论篇第四十六》：“帝曰：有病怒狂者，此病安生？岐伯曰：生于阳也。帝曰：阳何以使人狂？岐伯曰：阳气者，因暴折而难决故善怒也……帝曰：治之奈何？岐伯曰：夺其食即已。夫食入于阴，长气于阳，故夺其食即已。使之服以生铁洛为饮，夫生铁洛者下气疾也。“
生铁洛，即生铁落指煅铁时打下的铁屑。关于生铁落的作用，原文中“下气疾”三字，后世有两种解释：
一是将“疾”释为“病”如马府说“生铁落者属金，金能克木，则肝气可下而怒不至甚，以其性之能下气疾，故可为饮以服之也。”
二是将“疾”释为“速”如张志聪说：“夫所谓怒狂者，肝邪上乘于心，铁乃乌金，能伐肝木，故下肝气之疾速也。”
不管是哪种释义，均认为是以重镇之金以平肝木之逆。
李时珍《本草纲目》“铁落”条下解释生铁落饮的功用时说“阳气怫郁而不得疏越，少阳胆木挟三焦少阳相火、巨阳阴火上行，故使人易怒如狂……夺其食不使胃火复助其邪也。饮以生铁落金以制木也。木平则火降故曰下气疾速气即火也。”因肝木旺则克脾土，所以用生铁落治疗疾病可“借铁虎之气以制肝木，使不能克脾土土不受邪”，则不仅火可降，而且痰可消食可下所以怒狂得愈。质重之物具有潜降之性，金能平木，木平则土不受邪而能健，这些都是中医药理学的重要理论之一。
泽术麋衔散
《素问病能论第四十六》：“有病身热解堕，汗出如浴恶风少气，……病名曰酒风。帝曰：治之奈何？岐伯曰：以泽泻、术各十分，麋衔五分，合，以三指撮，为后饭。”
王冰指出，“酒风饮酒中风者也。”所以，酒风是饮酒后伤于风邪所出现的一种病证与《伤寒论》伤寒中风有相似之处，主要症状是全身发热，身体倦怠无力，大汗如浴恶风，少气。
这是因为酒为湿热之物。湿热酒毒伤筋，筋脉弛纵，则身体懈堕倦怠无力；湿热郁蒸，则汗出如浴汗多则卫气虚而恶风湿热伤气，故气衰而少气。酒风的治疗用方，后世冠名为“泽术麋衔散”。
泽泻“味甘寒。主风寒湿痹，乳难，消水养五脏益气力，肥健”；
术“味苦温。主风寒湿痹死肌，痉疸，止汗，除热”；
麋衔“味苦平。主风湿痹历节痛惊痫吐舌，悸气，贼风．”
因此用上述药物治疗酒风十分精当。值得注意的是该方的服用方法，“合以三指撮，为后饭”，显然是将三药研末，每次三指撮，饭后服用。本方在服法方面提出了“为后饭”，这是我国对服药时间的最早记载。
马莳指出，“此证在表，先服药则入里，故后饭者药在饭后也。”本方为散服，取“散邪”之义；药量小取“轻扬”之义；饭后服，取力浮于上之义。
兰草汤
出自《素问·奇病论篇第四十七》说：“帝曰：有病口甘者病名为何？何以得之？岐伯曰：此五气之溢也，名曰脾瘅。夫五味人口，藏于胃，脾为之行其精气，津液在脾故令人口甘也。此肥美之所发也。此人必数食甘美而多肥也。肥者令人内热甘者令人中满，故其气上溢，转为消渴。治之以兰，除陈气也。”
瘅是热病。脾瘅，即脾胃湿热证。它主要的症状就是口中时有甜味，舌苔腻。其成因多由肥甘厚味太过，助热生湿，脾气滞而不能输布津液，上溢于口，而见口甘之症。治用一味兰草，煎汁内服可以清化湿热，消胀除满。
兰草是中国古人很早就应用于生活的植物。因其气味芳香古人常将它装入香囊佩带身边，具有芳香化浊辟秽的功效，故又名“佩兰”。战国末期楚国屈原《离骚》中即有“纽秋兰以为佩”的诗句。此外，将佩兰置于枕芯做成药枕可起到芳香行散、开窍提神之功效；将佩兰煎水沐浴，可起到开窍提神、祛风散邪等作用。佩兰气芳香故能入脾而行散，味微苦故性凉而能清，质燥故能燥湿化浊合而能醒脾化湿辟浊可治疗脾胃湿热引起的口中甜腻等证。原文中“除陈气也”，这是中医药理学理论中芳香化独、芳香除秽理论的直接体现。
四乌贼骨一芦茹丸
《素问·腹中论第四十》“帝曰：有病胸胁支满者妨于食病至则先闻腥臊臭，出清液，先唾血，四肢清，目眩时时前后血，病名为何？何以得之？岐伯曰：病名血枯，此得之年少时有所大脱血。若醉入房中气竭伤肝，故月事衰少不来也。帝曰：治之奈何？复以何术？岐伯曰：以四乌贼骨一芦茹，二物并合之丸以雀卵，大如小豆，以五丸为后饭，饮以鲍鱼汁，利肠中及伤肝也。“
“血枯”，其成因，或因年少时大脱血，或因醉后行房，导致肝肾精血耗伤。如果患者是育龄期女性，可有月经过少甚至停经。肝体阴而用阳，血枯则肝失所养，肝伤而失于疏泄，从而出现胸胁支满，妨于食；血枯则肠道失润，肠中不利从而胃肠之气不顺，浊气上逆，所以病至则先闻腥臊臭；肝虚则目眩，肝不藏血且肾气不固所以时时前后血。肾不藏精则出清液，虚阳上越故唾血而四肢清。
治疗用方后世称四乌贼骨一芦茹丸。
乌贼骨即海螵蛸为方中主药，是乌贼的内贝壳。乌贼水生、色乌且微咸，故人肾，能吐墨汁则补肾力更强；取其骨，骨为肾所主，则是取乌贼补肾之精华部分；其味涩而能固精止血。
芦茹即茜草，为多年生攀援草本植物之根及根茎，表面红棕色或暗棕色皮部紫红色，木部浅黄红色。茜草汁可染绛，可见其含红色液汁多，故可补血。茜草有多数散在的小孔，故有通利之用。合而言之，茜草能补能通。
雀卵，实为未发育的麻雀胚胎，内含先天生殖之精，故能补益精血。
鲍鱼是一种海洋贝类，常附于岩石之上，附着力惊人。任凭狂风巨浪袭击，都不能把它掀起，虽无筋骨，而定力倍强，故能补益“作强之官”—肾。
张志聪说：“乌贼骨，乌贼鱼之骨也，盖乌者肾之色，骨乃肾所生，主补益肾脏之精血者也。芦茹，一名茜草又名地血汁可染绛，其色紫赤，延蔓中空，乃生血通经之草也。夫鱼乃水中动物，属阴中之阳，血中之气……夫飞者主气，潜者主血，卵白主气卵黄主血故丸以雀卵者，因气竭肝虚，补血而补气也。……鲍鱼味咸气臭，主利下行，故饮以鲍鱼汁以利肠中，而后补肝之伤也。”
张锡纯《医学衷中参西录》列“海螵蛸、茜草解”专题，其言：“乌骨即海螵蛸，芦茹即茜草”，参阅诸家本草载此二药之主治，“皆谓其能治崩带”，是与《内经》“用二药之义相合”。“又皆谓其能消瘕”，则与《内经》用二药之义相反。“故认为能补益肾经，而助其闭藏之用”。又云：“茜草一名地血，可以染绛，《内经》名茹芦，即茹芦根也”。张锡纯深知二药止血之力，遂拟安冲汤、固冲汤，二方皆用此二药。如安冲汤用于妇女经水行时多且久，过期不止或不时漏下。其批评部分医家“但知茜草、螵蛸能通经血”，故于经血过多之证，则不敢用海螵蛸、茜草，明示“二药大能固涩下焦，为治崩之主药”。又如，固冲汤治血崩；清带汤治赤白带下，“用茜草、海螵蛸以化滞”，亦说明茹芦即茜草，张锡纯明言“是二药为开通之品，而实具收涩之力”。
四乌贼骨一藘茹丸既可治崩漏，又可治闭经，其病机之本在于肾之精气虚，而标为瘀血阻滞冲任胞宫，皆起于肾虚血瘀，而该方功效与肾虚血瘀病机吻合。
寒痹药熨
《灵枢·寿夭刚柔篇第六》：“寒痹之为病也，留而不去，时痛而皮不仁……用淳酒二十斤蜀椒一升，干姜一斤，桂心一斤。凡四种皆叹咀，渍酒中，用棉絮一斤，细白布四丈，并内酒中，置酒马矢煶中盖封涂，勿使泄，五日五夜，出布棉絮曝干之，干复渍以尽其汁，每渍必晬其日，乃出干，干并用滓与棉絮，复布为复巾，长六七尺，为六七尺巾，则用之生桑炭炙巾，以熨寒痹所刺之处，令热人至于病所。寒复炙巾以熨之，三十遍而止。汗出以巾拭身，亦三十遍而止。起步内中无见风，刺必熨，如此病已矣。”
酒为五谷所酿，五谷味甘，经酿制后甘味转淡而辛味增，辛甘‘淡合化为阳，所以酒性热。酒人于喉则灼热，其性热亦可知。寒冬水凝而酒不冻，也是酒性热的征象。酒性上浮。又酒轻于水而又溶于水，酒入体内，血液载酒气无处不到，尤善走头面及体表，所以风寒湿搏中常用之可以药酒口服，或以药酒外用，均可增加药物的疗效。寒痹熨法，酒的用量最大，借助酒性热而悍急，通行十二经循行肌肤，故以酒配药物外用，使营卫通，汗液出，则寒痹自愈。
方中蜀椒、干姜、桂心三味均为辛热之物又得酒力及炭火的热力装袋中，在针刺前后，贴患处久久施行，则营卫通，汗液出，寒痹自能痊愈。药熨法治病的关键是使内热，驱除风寒湿痹，主治寒痹，时痛而皮不仁等，“每刺必熨”，即药熨与针刺同用。
左角发酒
左角发酒《素问·缪刺论篇第六十三》治疗“尸厥”，是针、药结合治疗厥证的范例。原文提到，手足少阴、太阴和足阳明五络，皆会于耳，上络于左额角。若邪气侵犯，五络闭塞不通，导致昏厥不醒。因血脉并未闭塞，所以全身血脉仍在正常搏动。在治疗时，先针刺足太阴脾经的隐白穴井穴）再刺足少阴肾经的涌泉穴（井穴），再刺足阳明胃经之厉兑穴井穴）再刺手太阴肺经之少商穴井穴），再刺手少阴心包经之中冲穴井穴）、心经之神门穴俞穴。病应马上好。如经以上治疗还不苏醒，可以竹管吹其两耳剃其左角之发，约一方寸烧制为末，以美酒一杯同服，如口噤不能饮，则灌之。众所周知，发为血之余所以能治血病。而发细如络，故头发善走络脉。而头发经烧制为末，即为血余炭，为止血消瘀之良药。
《神农本草经》人发“味苦温。主五癃关格不通，利小便水道，疗小儿痫大：痙，仍自还神化。”张志聪指出，因为发为血之余，盖血者神气也，中焦之汁奉心神化赤而为血，故服之有仍归于神化之妙。”
为什么要取左额角的头发呢？因前文提到“五络皆会于耳中，上络左角”，五络有余之气血灌注于发根，从而长出左角的头发。所以左额角的头发与左额角的气血灌注有密切的联系这就是所谓的“同气相求”。如果五条正经已通过针刺疏通，而五络之气血仍不能交会灌注于清窍耳，这时，继以竹管吹其两耳以助五络使气复通，再用左额角头发所制的血余炭直趋左额角消瘀通络，用美酒引药力走行皮表络脉最终络脉得通气血得续，而人之神明得复。
豕膏
豕膏《灵枢痈疽篇第八十一》中说：“痈发于嗌中，名曰猛疽，猛疽不治，化为脓，脓不泻，塞咽，半日死。其化为脓者，泻则合豕膏冷食，三曰而已。……发于腋下赤坚者名曰米疽，治之以砭石，欲细而长，疏之，涂以豕膏六日已，勿裹之。”
豕膏，即猪油。根据《内经》五畜的五行属性，猪在五畜之中属水而气寒。又猪在五畜之中最惰而肥，猪油为猪的精微之佘气所生，故其性凉。猪油昧甘而能补虚，为油脂而有润燥之性，性凉而有解毒之功，可用治脏腑枯涩，大便不利，燥咳，皮肤皲裂等病证。
菱翘饮
出自《灵枢·痈疽篇第八十一》中说：“发于胁名曰败疵，败疵者，女子之病也。灸之，其病大痈脓。治之其中乃有生肉，大如赤小豆。到蔆翘草根各一升，以水一斗六升煮之，竭为取三升则强饮，厚衣坐于釜上，冷汗出至足，已。”
马莳认为蔆翘即连翘，“蔆翘草根各一升”是指用连翘及其草根各一升。
张志聪认为，蔆乃水草菱角，翘即连翘。
连翘，《神农本草经》谓其“味苦平。主寒热、鼠瘘、瘰疬、痈肿、恶创、癭瘤、结热、蛊毒。”后世有“疮家圣药”之誉。
马膏膏法
《灵枢·经筋篇第十三》“足阳明之筋……其病足中指支胫转筋，脚跳坚，伏兔转筋髀前肿，溃疝腹筋急引缺盆及颊，卒口僻急者目不合，热则筋纵目不开。颊筋有寒，则急引颊移口，有热则筋弛纵，缓不胜收故僻。治之以马膏膏其急者，以白酒和桂以涂其缓者以桑钩钩之，即以生桑炭置之坎中，高下以坐等，以膏熨急颊，且饮美酒，瞰美炙食不饮酒者自强也，为之三拊而已。“
张介宾说：“马膏，马脂也。其性味甘平柔润，能养筋治痹，故可以膏其急者。白酒、辣桂，性味辛温，能通经络，行血脉，故可以涂其缓者。桑之性平能利关节，除风寒湿痹诸痛，故以桑钩钩之者，钩正其口也。复以生桑火炭，置之地坎之中，高下以坐等者，欲其深浅适中，便于坐而得其缓也。然后以前膏熨其急颊，且饮之美酒瞰之美肉，皆助血舒筋之法也。虽不善饮，亦自强者。三拊而已，言再三拊摩其患处则病自已矣。”
李时珍《本草纲目》说“世多不知此方之妙。窃谓口颊喁僻，乃风中血脉也。手足阳明之筋络于口，手足太阳之筋络于目。寒则筋急而僻，热则筋缓而纵。故左中寒则逼热于右，右中寒则逼热于左，寒者急而热者缓也。急者皮肤顽痹，荣卫凝滞。治法急者缓之，缓者急之。故用马膏之甘平柔缓，以摩其急，以润其痹’以通其血脉。用桂酒之辛热急束，以涂其缓，以和其荣卫，以通其经络。桑能治风痹通节窍也。病在上者酒以行之甘以助之故饮美酒，啖炙肉云。”
按张介宾和李时珍的说法马脂肪性味甘平柔润，能养筋治痹此说诚对。但如果说动物的脂肪都有柔润之性而能濡养经筋那为什么偏要用马膏而不用更易得的猪膏、牛膏、鸡膏呢？实际上，根据《内经》五畜的五行属性，马为火畜其性主动。而良马能日行千里，全赖体内贮存的马膏在活动中源源不断地供给筋以能量，所以马膏最能养筋。
汤液醪醴
《素问·汤液醪醴论篇第十四》：“黄帝问曰：为五谷汤液及醪醴奈何？岐伯对曰：必以稻米，炊之稻薪。稻米者完稻薪者坚。帝曰：何以然？岐伯曰：此得天地之和，高下之宜，故能至完。伐取得时，故能至坚也。”
酒剂运用之先行《内经》最早记载酒类治病，如《素问·汤液醪醴论》之汤液醪醴，由五谷酿制的酒类，其清稀淡薄者为汤液，稠浊味厚者为醪醴。这是酒可入药治病的最早记载。
鸡矢醴
《素问腹中论篇第四十》：“黄帝问曰：有病心腹满旦食则不能暮食此为何病？岐伯对曰：名为鼓胀。帝曰：治之奈何？岐伯曰：治之以鸡矢醴，一剂知二剂已。帝曰其时有复发者何也？岐伯曰：此饮食不节故时有病也。虽然其病且已时，故当病气聚于腹也。”
鸡矢，即鸡屎。醴即甜酒。
关于鸡屎醴如何制作，原文中并未详述，《本草纲目》提到：“鸡矢醴……用腊月干鸡矢白半斤袋盛以酒醅一斗渍七日。温服三杯，日三。或为末，服二钱亦可。”
如果用现代医学的观点来看健康的鸡所排泄的粪便中含有大量益生菌用甜酒浸泡一段时间后可能杀死其中有害的细菌而有用的细菌得到更充分的生长，所以进食鸡矢醴能够调节人体肠道菌群失调，促进消化功能。因此，用鸡矢醴治疗肠胃疾病是有科学根据的。古人发现鸡为杂食类动物消化能力特强，肉食、草食甚至砂石均可消化，鸡屎是其消化吸收后排泄的残渣，含有化物的余气。所以鸡屎能助消化排积滞。而醴为五谷所化，其中含有使五谷化为糜烂之物的成分，所以能化五谷，而且醴味甘，故能健运脾胃，气辛，故能行气散滞。以上作用综合的结果，使鸡矢醴具有消积化滞的作用，能治疗因“饮食不节”而反复发作的腹满、鼓胀、消化不良。关于用鸡屎入药，后世因为鸡屎为臭秽之物而厌之所以药肆之间多有不备。但本品农村易得，市井间在菜市场屠鸡处也易得。临床观察到消化不良致腹部胀满者，实为食物积滞成秽浊之物而不下，患者常有嗳腐吞酸，嗳出气体中常夹杂腐浊的酒气，用鸡矢醴方来治疗取鸡屎消食通便取醴以消酒秽之气实为“以秽治秽”的代表方符合中医药理学的理念。
小金丹
《素问遗篇刺法论篇第七十二》介绍服药预防传染病的药方：“小金丹方：辰砂二两水磨雄黄一年第期两，叶子雌黄一两，紫金半两同人盒中，外固了，地一尺筑地实，不用炉，不须药制，用火二十斤煅之也。七日终候冷，七日取，次日出盒子埋药地中，七日取出顺日研之。三日，炼白沙蜜为丸，如梧桐子大每日望东吸日华气一口，冰水下一丸，和气咽之服十粒，无疫干也。”
小金丹的炼制和服食方法，大有古代道家炼丹和服食的风范。
方中四味药物，特别是朱砂、雄黄、雌黄是辟瘟防疫常用的药物。后世治疗温病的至宝丹、安宫牛黄丸实际上都是在小金丹的基础上发展出来的。吴鞠通在《温病条辨》中解释安宫牛黄丸时说：雄黄，是石中具有香味的药物，能使闭固之邪热温毒透达而出，具有消邪秽的作用。而“朱砂补心体，泻心用，合金箔坠痰而镇固……”芳香辟秽、重镇安神、土消火毒等中医药理学思想在本方史得到了完美的体现。如果不了解中医对药物的功用的认识特点，是无法理解本方用药及制作丹药、服食的深意的。
参考文献：
中医药理学观念在《黄帝内经》十三方中的体现与应用，赵正孝 吴桠娜
《黄帝内经》十三方的后世临床运用启示，钱会南
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