一、关于招标文件合法性的问题
有招标文件明确载明，中标后，中标人可将设计工作全部分包给第三方实施。
该条涉嫌违反《建设工程勘察设计管理条例》第19条和第20条的规定。
《建设工程勘察设计管理条例》第19条：除建设工程主体部分的勘察、设计外，经发包方书面同意，承包方可以将建设工程其他部分的勘察、设计再分包给其他具有相应资质等级的建设工程勘察、设计单位。
《建设工程勘察设计管理条例》第20条：建设工程勘察、设计单位不得将所承揽的建设工程勘察、设计转包。
二、关于联合体的问题
1. 关于联合体成员的资质问题
EPC工程在招标文件中允许联合体投标，且允许仅具有施工资质的施工单位和仅具有设计资质的设计单位组成联合体参加投标。
该操作涉嫌违反《招标投标法》第31条第2款的规定。
《招标投标法》第31条第2款：联合体各方均应当具备承担招标项目的相应能力；国家有关规定或者招标文件对投标人资格条件有规定的，联合体各方均应当具备规定的相应资格条件。由同一专业的单位组成的联合体，按照资质等级较低的单位确定资质等级。
2. 关于联合体成员对下游单位的责任承担问题
在笔者代理和参与的两起案件(该二案均经二审判决，且在同一省)中，法院的裁判观点并不一致。其中，一家法院认为应当承担连带责任，另一家法院认为不应当承担连带责任。
关于该问题，笔者已在《<民法典>时代EPC项目联合体成员对外的连带责任问题》(点击阅读)一文中作出了分析。
不过，鉴于当下不同法院对该问题尚未达成共识，建议相关单位利用好见索即付之保函。
三、关于设计施工两张皮的问题
也许，这是被业内争论不休的真假EPC之争的根源之一，难以发挥EPC模式的特有优势。
但笔者认为，从争端解决的视角，真假EPC之争不存在丝毫价值，纠纷的解决仍需回到具体的合同文件。当然，从交易成本的视角，设计施工两层皮的现象，现实地加大了施工单位与设计院之间的沟通成本，是发承包双方不得不正视的且对双方核心利益都有重大影响的问题。
四、关于合同条款相互矛盾的问题
由于招标文件中附的合同条款一般都不可修改地被置于工程总承包合同中，对于该等合同条款应当在招标文件发布前进行严格审查，以避免工程实施过程中的不必要争议。
1. 关于承包范围的问题
有些EPC合同对于诸如水电和弱点末端、通讯工程等是否包含在合同价款之内的约定存在前后不一致，且也无法通过合同解释的技术予以有效解决。
2. 关于施工图预算编制主体约定矛盾的问题
在我们的调研中，发现合同中对施工图预算的编制主体存在前后矛盾的约定。某条款约定由招标代理机构编制，另外条款又约定由承包人编制；导致发承包双方对施工图预算的编制义务发生分歧。
3. 关于结算条款约定的矛盾问题
由于目前大部分EPC项目的结算价采取双控模式，因此为了保护此种双控模式，发包人在合同中不厌其烦地设置了施工图预算编制原则条款、结算条款等等，若招标文件起草人对交易本质认识偏差或者通稿不严格，很容易设置看起来前后矛盾的条款。
例如，总承包合同专用条款允许材料和人工的调差，并将其作为变更的范围。对此，双方约定，建安费以承包人中标投标报价及变更范围调整金额计入工程经竣工结算价。但在另一条款中又约定，最终结算的施工总承包费用不得超过投标报价，如审定结算价让利后超过此报价，超出部分将不予结算作为再次让利。
在结算过程中，双方建安费的结算产生重大分歧。发包人认为，最终的结算价(含价差调整款)不得超过投标报价，超过部分作为承包人的再次让利；承包人则认为，建安费应以中标价加价差调整款(即变更范围内的款项)作为结算价。
该等争议之所以发生，即在于合同条款的设置存在表面上的矛盾，导致结算时双方的沟通成本加大。
五、关于合同条款设置不合理的问题
1. 关于认质认价材料费确定的问题
虽然认质认价的工作原则上应在施工之前完成，但基于询价、议价、决策及工期等考量，事实上存在EPC项目对认质认价材料的边施工边定价，甚至到结算阶段，双方都未能完成认质认价，最终导致发承包双方的结算纠纷。
由于许多EPC项目要求结算时不超施工图预算亦不超投标报价，实践中，为了控制成本，尤其是因认质认价程序带来的成本不确定性，承包人实施了相对应的策略；但施工图预算编制过程中存在的认质认价问题，也许是当下推行EPC工程项目中遇到的需要大智慧方能解决的难题。
2. 关于奖项设置的问题
在一些EPC工程承包合同中，设置了诸如需要获得“中国钢结构金奖”等奖项，如若未能获得相应奖项的，承包人则承担一定比例或者金额的罚款。
但获得相应之奖项需要具备相应条件，如对“中国钢结构金奖”的评选，首先需要建筑物的钢结构工程量满足一定吨位，如果基于业主对结构形式之偏好，所实施之工程根本无法达到相应评奖基本要求的，在工程项目结算阶段，审计单位很难根据责任之区分而不从工程总价款中扣除相应的罚款。
另外，从决策风险计，建设单位又很难逾越所谓第三方审计单位之结果，继而造成结算争议。
3. 关于高额违约金的问题
违约金约定过高，虽是法定的可予调整情形，但在承包人通过司法途径解决EPC争端之意愿普遍不高的情况下，造价咨询企业或者审计单位等不得不依照合同条款扣减相应违约金，导致利益失衡。
六、关于概算的问题
1. 有些项目存在概算过低的情形，按照该概算，设计院无论如何都无法在《建设工程勘察设计管理条例》第5条第2款的规制范围内设计出概算内的图纸。
《建设工程勘察设计管理条例》第5条第2款：建设工程勘察、设计单位必须依法进行建设工程勘察、设计，严格执行工程建设强制性标准，并对建设工程勘察、设计的质量负责。
2. 有些项目在结算时，根据合同做出的结算值存在超概的情形。对于该问题，需要发承包双方予以正视并在法律的框架内共同寻求调概方案。
七、发票开具问题
个别EPC工程项目存在合同流、资金流、发票流不一致的情况。
