《招标投标法》第46条和《招标投标法实施条例》第57条均规定，招标人和中标人不得再行订立背离合同实质性内容的其他协议。对该条款，《司解一》第2条则明确了上述实质性内容的范围，即施工合同中关于工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等。
但并非上述四个方面的内容一旦发生变化即构成实质性内容的变更进而发生《司解一》第2条所规定的法律后果，上述实质性内容的变更需要达到一定的程度。
对此，最高人民法院在其再审审查的一起案件中明确，确定是否对中标合同实质性内容进行变更，应考虑一下两个方面：第一，是否足以影响其他竞标人能够中标或者以何种条件中标。发包人与承包人的补充或变更协议的内容排除其他竞标人中标的可能或其他竞标人中标条件的，构成对中标合同实质性内容的变更。第二，是否对招标人与中标人的权利义务产生较大影响。发包人与承包人另行订立的补充或变更协议较大的改变了双方的权利义务关系，导致双方利益严重失衡的，则背离了中标合同的实质性内容。
在本案中，承包人通过招投标程序中标案涉工程，2010年11月1日至2019年3月31日，发承包双方先后签订了《建设工程施工合同》、《施工补充合同》、《补充协议书》即补充合同二至补充合同八等。但最高人民法院认为，上述补充合同、补充协议等不构成对《建设工程施工合同》的实质性变更，具体可从两个方面分析。
第一，《施工补充合同》系对《建设工程施工合同》的细化补充。该二份合同在页码上连续编码，《建设工程施工合同》第一部分“协议书”明确约定“六、组成合同的文件……双方有关工程的洽谈、变更等书面协议或文件为本合同的组成部分”，第三部分“专用条款”明确约定“2.合同文件及解释顺序详见《施工补充合同》。合同履行中，发包人和承包人有关工程的洽谈、变更等书面协议或文件以及上述内容以外的招标文件内容均视为本合同的组成部分”，《建设工程施工合同》第一部分“协议书”中的“承包范围”及第三部分“专用条款”中的“风险范围以外合同价款调整方法”“双方约定工期顺延的其他情况”等条款均载明“详见《施工补充合同》”。故，发承包双方在签订合同时已经将《施工补充合同》作为《建设工程施工合同》的组成部分，《施工补充合同》是对《建设工程施工合同》有关条款的进一步明确和具体细化，并非双方另行订立的实质性内容不一致的合同。
第二，在建设工程施工合同的履行过程中，无论该工程是否属于依法必须招标的工程，发包人与承包人可以根据客观情况的变化对工程款的数额及支付节点、停窝工损失、工期等通过补充协议的方式做出新的适当约定。本案中，发包人与承包人根据案涉工程施工情况发生的变化先后签订了一系列补充协议、补充合同，如2014年6月30日的《补充协议书》系双方对停窝工等损失及后续施工事宜达成协议，补充合同二至补充合同八及《工程结算协议》系双方对新增加的户型改造工程、已完工工程内容和结算价款、未施工部分工程造价的确定方式、工期、工程款支付、违约责任、竣工、工程结算等具体事宜作出进一步补充约定，上述约定均是双方在施工合同履行的过程中因客观情况发生变化所作的真实意思表示，未对招标投标时其他竞标人能否中标或以何种条件中标产生影响。上述协议的签订未违背招标投标制度，导致发包人与承包人之间的权利义务失衡，并不构成对《建设工程施工合同》的实质性变更。
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