5.8/Q1,中南大学湘雅儿童医院玩转双样本孟德尔随机化联系银屑病与特发性肺纤维化

文摘   科学   2024-07-16 18:40   陕西  

  • 题目:Psoriasis may increase the risk of idiopathicpulmonary fibrosis: a two-sample Mendelianrandomization study

  • 题目:银屑病可能增加特发性肺纤维化的风险:一项双样本孟德尔随机化研究

  • 期刊:J Dermatol.

  • 分数:5.8/Q1

  • 时间:202402

研究背景

尽管一些研究表明银屑病可能导致特发性肺纤维化 (IPF) 的风险,但没有研究报告它们之间存在明确的因果关系。我们的目的是使用孟德尔随机化 (MR) 设计探索银屑病与 IPF 之间的潜在关系。

研究方法

为了探索银屑病与IPF之间的因果关系,我们使用了来自欧洲血统的最大全基因组关联研究(GWAS)的遗传仪器,包括银屑病(5314例,457,619例对照)和IPF(1028例,196,986例对照)。我们的主要分析采用逆方差加权(IVW)方法和随机效应模型进行,其他四种分析互补:加权中位数法、加权模式、多变量MR法和MR-Egger法。

研究思路

结果分析

1. 银屑病相关SNP

基于 5314 例银屑病对照和 457,619 例病例的总样本。摘要样本几乎完全是欧洲血统。MR分析中使用的所有SNP均具有稳健性,F统计量大于10。

2.银屑病对IPF风险的影响

采用IVW、加权中位数法和MR-Egger回归来估计银屑病与IPF风险的因果关系。IVW分析显示,遗传预测的银屑病会增加IPF的风险。


3. 富集分析

使用从 MR 研究获得的 20 个 SNP 的 GO 和 KEGG 富集分析结果。BP生物过程、CC细胞成分分析、MF分子功能分析。

文章小结

本文针对间质性肺病中最普遍的特发性肺纤维化(IPF)进行了深入研究。该研究依托于公开可获取的大规模临床数据,并采用了当前生物信息学研究中广泛使用的孟德尔随机化方法,探讨了免疫性疾病银屑病与特发性肺纤维化之间的潜在因果联系。通过仅使用统计学方法,成功完成了一篇6分的高质量数据分析论文!

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