1966年8月1日八届十一中全会在北京召开，林彪在大连休养未出席。8月5日毛泽东写了《炮打司令部——我的一张大字报》，8月6日，命空军司令员吴法宪接林彪回京，取代刘少奇的位置。林彪在人民大会堂见毛泽东就作揖，称身体有病，不愿接任新职。毛泽东说：“你想当明世宗！”。全会重新选举中央领导机构，林彪从此成为唯一的副主席。
文革初期，调动一个排以上的兵力，都要通过毛、林、周和中央文革。所有的人画了圈，才能实施。 1968年5月，毛批示：像这样的报告，只要写上三人（即毛、林、周）的名字就可以了。写上一连串的名字，既使行动迟缓，又容易泄密。这样，江青就得不到部队调动的报告了，她提出停止黄永胜、吴法宪参加中央文革碰头会议的资格，为此僵持了半个月。
九大选举中央委员会之前，叶群对吴法宪说：“林总讲，现在江青太猖狂了。张春桥、姚文元过去都是榜上无名的小卒，现在看来当选中央委员是没有问题的，但不能让他们得全票，杀一杀他们的锐气。”吴法宪按叶的意思，安排一些军队代表不投江青等人的票。江青丢了一些票，要求查票，周恩来认为这样做违反党章，报告毛泽东。此事不了了之。
汪东兴请黄永胜、吴法宪、李作鹏、邱会作到家里聊天，说：江青做了妇科手术后就很少和主席在一起，后来就根本不在一起了，江青经常气主席，主席几次外出都是掉着眼泪离开北京的。不过主席也有不方便之处，所以江青有些要求、有些提议，主席有些是反对的，有些也只好默认了。比如反四条汉子本是江青的私心，主席还是同意了。
文革期间，人民大会堂有个提供冰激凌的地方。政治局会间休息，吴法宪和姚文元抢着去。虽胖，但往往速度比姚文元快。吴法宪捷足先登，邱会作等人就跟过去吃冰激凌，江青、张春桥就不去了。如果姚文元先到，江青、张春桥就跟过去，其他政治局委员就不去了，伸伸懒腰，原地休息。
1979年初，胡耀邦在吴仲秋来信上批示：“此件请研究。老子是大坏蛋，对他们的子女也害怕。弄得远远的。我看是对我们自己缺乏信心的表现，是神经衰弱的表现。这种心理状态不纠正，党的政策根本贯彻不了。”这个批示，改善了吴法宪女儿吴仲秋、儿子吴新潮、李作鹏儿子李冰天等人的工作安排。
