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应用DNA捕获策略检测HBV感染不同肝脏疾病阶段患者血浆游离DNA中HBV DNA的整合 | VS推荐

学术   2024-07-04 17:30   湖北  

中国病毒学英文版

IF:4.3

公众号ID：virologica

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作者 

羊泽锐，曾警燕，陈粤粤，王梦春，罗红春，黄爱龙，邓海君，胡源


单位 

重庆医科大学感染性疾病分子生物学教育部重点实验室

摘要 

在乙型肝炎病毒（HBV）感染的不同肝病阶段（慢性乙型肝炎CHB、肝硬化LC或肝癌HCC）患者血浆游离细胞DNA（cfDNA）中病毒DNA整合的特征尚不清楚。在本文，我们优化并建立了一种基于DNA探针捕获和下一代测序技术的策略来检测血浆cfDNA中HBV DNA整合。采用这种优化的策略，我们检测到合成的嵌合DNA序列和HBV感染HepG2-NTCP细胞后第一天的HBV整合事件，具有较高的灵敏度和准确性。我们进一步研究了HBV感染的HepG2-NTCP细胞和临床病例（CHB、LC和HCC）血浆cfDNA中HBV整合事件的特征。在HepG2- NTCP细胞和25个临床样本中分别检测到112个和333个整合断点。临床样本结果表明HCC患者的标准化支持唯一序列数（nnsus）显著高于CHB或LC患者（P < 0.05）。所有整合断点随机分布在人类染色体上，并在HBV基因组中nt1800附近富集。大多数整合断点（61.86%）位于基因编码区。在这三个阶段中，我们观察到非同源末端连接和微同源介导的末端连接。我们的研究表明：使用这种优化策略，可以在HBV感染不同阶段患者（CHB、LC或HCC）的血浆cfDNA中检测到HBV DNA整合。

图1 鉴定HBV DNA整合序列的生物信息学工作流程

图2 在HBV感染细胞模型中，HBV整合发生在早期阶段


图3 HBV DNA整合断裂点在HepG2 - NTCP细胞中的分布特征


图4 不同肝病阶段捕获测序数据的比较

图5 鉴定了HBV感染不同肝病阶段患者HBV整合的分布特征


图6 HBV感染不同肝病阶段患者HBV整合位点的注释分析


图7 cf DNA中HBV DNA整合的鉴定和验证


表1 HBV感染患者的特点


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期刊简介

《中国病毒学（英文）》Virologica Sinica, 是中国科学院武汉病毒研究所和中国微生物学会共同主办的病毒学领域的专业学术期刊。主要刊载病毒学及分支领域的前沿研究及最新进展。本刊最新影响因子（JCR2023）4.3, CiteScore 2023 9.3, 排位进入病毒学领域Q1区，并连续十一年入选“中国最具国际影响力学术期刊”（TOP 5%）。期刊于2022年变更为以金色开放获取模式出版的开源期刊（Open Access Journal），与科爱出版社合作全球出版传播。本刊为中国科技核心期刊，且被SCI、PubMed/Medline、PubMed Central、Scopus等数据库收录。


 http://mp.weixin.qq.com/s?__biz=MzIyODIxMDg2Ng==&mid=2651857215&idx=1&sn=dfed77d7ad9a29d135ba715adac0abc4
中国病毒学英文版
《中国病毒学英文版》已被SCI、PubMed等核心数据库收录。本公众号致力于服务病毒学科研人员、病毒学科普。定期发布病毒学领域最新资讯、科研实用干货和招聘信息。欢迎关注！
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