人体病毒组研究中的十个计算生物学问题 | VS推荐

学术   2024-10-10 17:32   湖北  

中国病毒学英文版

IF:4.3

公众号ID:virologica

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作者 
吴一凡a, 1,彭友松a, *

单位 

a湖南大学生物学院
1第一作者

*通讯作者

摘要 
近年来,针对人体病毒组的多样性以及病毒组在人类健康和疾病中错综复杂的作用方面的研究取得了重大进展。然而,相比宏基因组研究,人体病毒组研究仍处于初期阶段,其中最重要的一个原因是缺乏有效的方法,特别是计算方面的方法。本文系统地概述了病毒组学研究中涉及的十个计算生物学方面的挑战。造成这些挑战的原因多样,包括病毒组的巨大多样性、病毒基因组中缺乏通用标记基因、病毒群体的低丰度、病毒蛋白与已知蛋白的远同源性、病毒组的高度动态和异质性等等。针对每个挑战,我们讨论了其产生原因、当前研究进展以及潜在解决思路。我们认为解决这些挑战需要计算生物学、病毒学和其他多个跨学科研究人员之间的持续合作。总的来说,本论文可以作为人体病毒组研究中的计算生物学研究指南。

图1 人类病毒组研究中的十大计算挑战

  • 如何准确识别病毒序列?

  • 如何衡量病毒组测序的质量?

  • 如何改进病毒基因组的组装?

  • 如何确定病毒序列的分类?

  • 如何注释病毒基因组序列?

  • 如何注释病毒蛋白质?

  • 如何从基因组序列推断病毒的生物学特性?

  • 如何解析病毒、其他微生物与人类细胞之间的相互作用?

  • 如何利用病毒组进行疾病诊断和预后?

  • 如何解析病毒组与人类疾病之间的相互作用?

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期刊简介

《中国病毒学(英文)》Virologica Sinica, 是中国科学院武汉病毒研究所和中国微生物学会共同主办的病毒学领域的专业学术期刊。主要刊载病毒学及分支领域的前沿研究及最新进展。本刊最新影响因子(JCR2023) 4.3, 5年影响因子 4.3, 排位进入病毒学领域Q1区,CiteScore 2023 9.3连续十一年入选“中国最具国际影响力学术期刊” (TOP 5%)期刊于2022年变更为以金色开放获取模式出版的开源期刊 (Open Access Journal),与科爱出版社合作全球出版传播。本刊为中国科技核心期刊,且被SCI、PubMed/Medline、PubMed Central、Scopus等数据库收录。

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