“细胞-细胞间交互”是国自然项目中大家经常涉及的思路，当然现在细胞器之间的通讯也是新的方向（国自然思路|“细胞间交互”创新性不好？那看看“细胞器间交互”吧！），虽然“细胞-细胞间交互”这个问题理解起来很容易，实际上在国自然申请和研究执行过程中的问题非常多，而这些问题只是通过看文章是看不出来的。
说明：之前我们也发过另外一期“研究细胞死亡的坑”的推文：研究细胞死亡的注意了：如果这个问题考虑不到，基金很大概率被毙！其实绝大多数方向都有很多坑，大家粗看起来都是平坦大道，实际走起来问题都非常非常多，一不小心就会掉进坑里，本子被毙……
因此我们本期重点说“细胞-细胞间交互”这个主题下大家比较常用的一种思路——基于“配体-受体互作”的细胞间交互（当然还有很多其它方式）。基于“配体-受体互作”的细胞间交互是大家接触最多的一种方式，即“细胞1上的配体A通过与细胞2上的受体B结合，从而调控细胞2的信号通路以及下游的表型”。
比如巨噬细胞（细胞1）分泌TGFβ（配体A）后结合上皮细胞（细胞2）上的TGFβ的受体TGFβR，从而激活上皮细胞TGFβR下游通路（比如SMAD通路），然后导致上皮细胞转录谱变化、EMT等等表型。
当然反过来说，上皮细胞也可以用类似的方式影响巨噬细胞，从而形成“巨噬细胞-上皮细胞”通讯的反馈回路，最终“共同选择和进化”。
进行这种方式研究的细节问题非常多，我们大致说四点：
1.大部分申请人这么设计基于的是单细胞测序中CellChat等细胞通讯的分析方法，但关键在于“基于CellChat分析得到的配体和受体并不一定是有差异的”，所以很多人看到分析结果显示TGFβ-TGFβR的配体-受体对在疾病组与对照组差异很大，但没有留意到TGFβ和TGFβR在两个细胞的表达上根本就没有显著差异，那后续怎么能验证出来？
2. 由于这些算法的大部分是基于“经验总结”，即根据之前文献报道归纳的配体-受体互作关系对，因此通常鉴定到的配体与受体都是“老基因”，像TGFβ-受体TGFβR等报道了很多的基因，因此如果想发现新的配体-受体对关系实际上是不太可能的；
3）大部分的配体与受体关系对是多对多的，即配体有好几个，受体也有好几个，而由于配体与受体在功能上有冗余，即配体1和配体2的作用基本相似，而受体1与受体2的作用也相似，但是细胞2最后的表型是受到受体1和受体2激活/抑制后的综合体现。即受体2是被激活了，但是受体1被抑制了，那"加和效应"未必是申请人说的受体2激活所体现出来的结果；而且即使受体2的激活是由于配体1增加导致的，那同样为受体2配体的配体2表达如何呢？这就会导致研究设计的问题非常多。
所以很多项目里面假说里面是这样的：
但实际全貌是这样的：
所以问题在于“以偏概全”，如果你没有考虑到这些可能性并提供关键的预实验，研究设计是不是就不严谨？
4) 这也是很致命的问题：配体与受体的表达并不只是在一种细胞上，比如前面我们说的TGFβ只表达在巨噬细胞上，而不能由T细胞或者其它细胞表达吗？好，你说我只关注巨噬细胞上的TGFβ，那TGFβ的受体TGFβR就只在上皮细胞上么？所以这里又有一个很重要的“贡献量化”的问题：证明巨噬细胞来源的TGFβ是上皮细胞上受体TGFβR激活的必要和主要方式，所以也要提供关键的预实验证据。
