高分文章和国自然创新的一个思维模式:从A到非A

学术   2024-11-17 11:59   上海  

昨天我们梳理的“炎症”相关的主题推文(国自然申请|研究“炎症”,有哪些“科研热点”或者方向?)中,有一项研究大家可能也关注到了:

达格列净以SGLT2非依赖方式抑制巨噬细胞介导的炎症反应抑制慢性心力衰竭。

达格列净作为SGLT2的抑制剂可改善慢性心衰,而靶点SGLT2被抑制后则不能改善心衰,这就引出来一个药物与靶点的作用不完全一致的问题,从而成为这项研究的一个亮点。从另外一个角度来说,这也是国自然(特别是高分文章)的一个创新性模式的“套路”或者经典思维方式——挑战经典,反向而行

稍微拓展一下:在报国自然的时候为什么要把挽救(回复)实验放到预实验中?

我们可以延续上面这篇文章的思路:当我们看到达格列净改善心衰的作用后,是不是会从潜意识里默认“达格列净= SGLT2抑制(沉默)”?然后从SGLT2表达的细胞、细胞的表型和相关机制进行探索,然后就会发现:怎么SGLT2沉默后没作用啊?下游的机制也说不通啊?然后就会陷入自我怀疑中,后续不同人就有不同的选择了。可能很多人不会思考“一开始默认的达格列净= SGLT2抑制(沉默),在我的研究中一定成立吗?”

这个思维方式的核心逻辑是:之前大家对某个事情的认识是A我偏偏挑战A并尝试找到A的反例——“非A,即证明“非A”存在、有价值以及说明非A的原因,从而提出突破性的发现。

这也是很多发表在顶刊研究文章的Figure 1最重要的原因——因为Figure1直接抛出了“非A”的存在的多重证据,而后续的Figure则围绕Figure1的发现展开。

这样的例子非常多,比如糖基化RNA glycoRNA2021Cell研究:

研究团队在摘要里面就说:糖链可以修饰脂质和蛋白质,以介导生命各个领域中的细胞间和细胞内分子相互作用。人们并不认为RNA是糖基化的主要靶标。在这里,我们用证据挑战这一观点,表明哺乳动物使用RNA作为第三个糖基化的支架。

那这个思维方式对我们实际开展研究的时候有什么参考呢?个人观点是:结合实验结果的思考和质疑,让我能更全面的看数据所呈现出来的结果,特别是组学数据。

这样的例子我通过文献分享的方式说过很多。比如大家非常熟悉的:

  • 先前大家认为LncRNA/CircRNA是非编码RNA不能翻译为蛋白A),研究发现有特例能编码蛋白A);

  • 先前大家认为PKM2是糖酵解的代谢酶A),研究发现PKM2还能作为RNA结合蛋白A)发挥作用

  • 先前大家认为细胞膜和细胞外分泌性的PDL1是经典的免疫检查点A),研究发现细胞核定位的PDL1nPDL1)发挥转录调控作用A);

  • 我们默认多巴胺通过受体发挥作用A),研究发现多巴胺直接参与蛋白翻译后修饰发挥作用与受体无关A)……

所以对很多新开展课题或者要报项目的同学来说,可以思考这个问题:将课题组一直以来做的药物、分子或者基因1所形成的认知圈设定为A,是否有跨出这个认知圈A的非A 

比如:课题组一直做E3蛋白泛素修饰酶,课题组的认知是E3通过诱导底物蛋白泛素化降解发挥功能A),那E3是否不通过这个方式发挥作用呢?比如E3介导组蛋白单泛素化修饰从而调控基因转录A1),甚至E3以非泛素化相关方式结合另外一个蛋白P,从而调控P所参与的信号通路和功能A2)等等。

最后,形成这种思维不难,大家看好的研究多了自然会形成,我想更难的地方在于:是否能遇到认可和欣赏这种思维的导师、老板和专家,以及能否给出关键扎实的实验证据支持这种创新想法。

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