说到“Exosomes”，大家第一印象是外泌体；不过如果是“Exosome”，则是外切体的意思，实际上Exosome完整称呼是RNA Exosome Complex，即RNA外切体复合物。关于RNA外切体，我们在先前推文中说到了，是导致RNA表达变化的原因之一(国自然思路|疾病中“基因高（低）表达”原因的3个维度和14种可能性……)。
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今天我们就介绍一篇仁济医院最近发表在肝脏领域顶刊Hepatology上的研究，看看如何把“RNA外切体”与“肿瘤免疫”结合起来。
该研究揭示了UBXN9通过抑制RNA外切体功能，激活RIG-I-IFN信号轴，从而促进T细胞对肝癌发生发展的控制。研究的作用信号轴为：UBXN9通过抑制RNA外切体激活RIG-I-IFN信号轴，增强T细胞介导的抗肿瘤免疫应答。
研究团队首先通过分析UBXN9在肝癌样本中的表达情况，确定了其与患者预后的相关性。接着通过体外实验和动物模型，研究了UBXN9对肝癌细胞增殖和肿瘤生长的影响。进一步团队探究了UBXN9对RNA外切体功能的调控作用，以及这种调控如何通过RIG-I-IFN信号轴影响T细胞的免疫应答。最后通过基因编辑技术如CRISPR/Cas9，研究了RIG-I信号在UBXN9介导的抗肿瘤免疫中的必要性。
下面我们还是通过问题梳理研究逻辑：
1）研究团队如何确定UBXN9作为主要研究分子的？
研究团队通过shRNA筛选UBXN家族成员在小鼠LPC HRas细胞中的作用，发现除了Ubxn10和Ubxn11外，大多数UBXNs的沉默导致细胞增殖减少。进一步的体内外实验显示，Ubxn9的沉默并未抑制肿瘤细胞在小鼠中的增殖，反而增加了肿瘤形成，提示UBXN9可能通过调节宿主条件发挥抑癌作用。此外，通过分析多组小鼠肝脏肿瘤模型和人类肝癌样本，团队发现UBXN9在肿瘤中的表达显著降低，并与患者的预后相关，从而确定UBXN9作为主要研究分子。
2）RNA外切体是什么？对RNA的影响是什么？
RNA外切体（RNA exosome）是一个进化上保守的复合体，具有3′-5′外核糖核酸酶活性，主要负责控制RNA的降解过程。它涉及多种RNA代谢过程，包括mRNA的降解、rRNA和snRNA的加工，以及非编码RNA的分解。RNA外切体通过其外核糖核酸酶活性，可以识别并降解那些不再需要的或异常的RNA分子，从而维持细胞内RNA的稳态。当RNA外切体功能受损时，可能导致RNA代谢失调，影响基因表达的调控，进而对细胞功能和生物体的健康产生影响。在该研究中，RNA外切体的功能障碍导致免疫刺激性RNA的积累，激活了RIG-I样受体（RLRs）信号通路，从而促进了抗肿瘤免疫反应。
3) RNA外切体对RNA的影响如何进一步影响RIG-I-IFN信号以及T细胞免疫应答？
RNA外切体的功能障碍在该研究中导致了免疫刺激性RNAs的积累，这些RNAs作为内源性的双链RNA（dsRNAs），能够激活RIG-I（Retinoic Acid-Inducible Gene I）这一胞质RNA感受器。RIG-I的激活进一步促进了I型干扰素（IFN-I）信号通路的激活，增强了肿瘤细胞内的IFN-β表达。这种增强的IFN-I信号不仅增强了肿瘤细胞内的免疫监视，还通过促进特定趋化因子的表达，如CXCL9、CXCL10和CXCL11，吸引了更多的CD8+ T细胞浸润到肿瘤微环境中。因此，UBXN9通过抑制RNA外切体的功能，间接激活了RIG-I-IFN信号轴，进而促进了T细胞介导的抗肿瘤免疫应答，对肝癌的发展起到了抑制作用。
4) 研究为何选择RNA外切体作为UBXN9的调控作用？如何验证UBXN9对RNA外切体的调控作用的？
研究选择RNA外切体作为UBXN9的调控对象，是因为RNA外切体在RNA代谢和免疫刺激性RNA的降解中起着关键作用，而UBXN9在肝癌中的表达与预后相关，提示其可能通过影响RNA代谢参与肿瘤免疫逃逸。为了验证UBXN9对RNA外切体的调控作用，研究团队首先通过RNA测序分析发现UBXN9过表达的肿瘤细胞中RNA外切体亚基基因的表达下调。接着，通过检测UBXN9过表达或敲除细胞中RNA外切体关键组分的蛋白水平，以及利用报告基因和免疫沉淀实验来评估RNA外切体活性的变化，从而证实了UBXN9能够负向调控RNA外切体的功能。此外，研究还观察到UBXN9过表达导致内源性dsRNA的积累和RIG-I介导的IFN-Ⅰ信号通路的激活，进一步证实了UBXN9通过影响RNA外切体来调控免疫反应。
如果大家有基金申请或者课题思路上的疑问，
