靶向下一代测序诊断耐药结核病：系统综述和荟萃分析
学术
健康
2024-07-31 16:51
北京
快速检测结核分枝杆菌耐药对于患者的治疗选择及耐药结核防控具有重要意义。传统的基于培养的表型药敏是检测结核分枝杆菌耐药的标准方法，但培养时间过长；核酸扩增（NAAT）方法靶标覆盖范围有限；基于菌株全基因组测序（WGS）的方法依赖于培养且对技术和生信解读要求较高 。相比之下，靶向测序技术（tNGS）介于NAAT和WGS之间，可直接在临床样本上进行，并同时预测一线和二线结核病药物耐药，适用于特定卫生系统的基因型药物敏感性测试和耐药性监测。然而，由于靶向NGS检测的应用相对复杂，人们对现有靶向NGS检测在预测结核分枝杆菌耐药性方面的使用和性能缺乏统一的认识。
因此，本研究旨在综合分析靶向NGS检测在预测结核分枝杆菌耐药方面的应用，以客观评估其诊断准确性。
本研究采用系统评价和Meta分析的方法，严格遵循PRISMA指南，并在PROSPERO注册。检索的数据库包括MEDLINE (Ovid)、Embase、Cochrane Library、Web of Science Core Collection、Global Index Medicus、Google Scholar、ClinicalTrials.gov和WHO International Clinical Trials Registry Platform，检索时间范围为2005年1月至2024年2月，筛选靶向NGS检测结核病的各种类型文献。对上述文献进行筛选、数据提取、偏倚评估及统计分析。本研究共筛选2920份篇文章，其中124项符合系统评价条件。包括37篇综述文章和87份收集靶向NGS样本的研究报告。测序主要在美国、西欧、印度和中国进行。（图1）![]()
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图1 采集样本国家（A；79项研究）和进行测序和分析国家（B；68项研究）荟萃分析中，纳入24项测试准确性研究并评估偏倚风险和适用性。其中17项研究使用培养分离菌株进行靶向NGS检测，14项研究使用初筛临床样本，共涉及23种不同的结核病药物或药物组，涵盖一线药物、注射药物和氟喹诺酮类药物。
耐药检测准确性方面：tNGS对耐药结核的总体敏感性为94.1%（95% CrI 90.9–96.3），特异性为98.1%（95% CrI 97.0–98.9）。异烟肼、利福平和乙胺丁醇敏感性点估计值高于95%，利福平耐药的综合敏感性估计值为99.1%。除乙胺丁醇外，所有药物的特异性点估计值均高于95%。个别药物如贝达喹啉因研究样本量过少，95%置信区间较宽，亟待积累更多数据（图2）。
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图2 靶向NGS 参比表型或基因型药敏汇总ROC曲线图样本类型方面：利福平、异烟肼、乙胺丁醇、链霉素和氟喹诺酮在培养分离菌株和直接临床样本的诊断准确性相似，其他药物置信区间重叠且范围宽，暂时无法得出结论。吡嗪酰胺和注射药物（阿米卡星、卡普瑞霉素和卡那霉素），临床样本的敏感性估算值低于培养分离菌株。
研究表明，靶向NGS对检测结核分枝杆菌耐药性具有高度敏感性和特异性，可以直接在临床样本上进行，快速提供几种药物的耐药特征，改善临床管理。未来需要更多的研究来评估新型二线结核病药物的检测性能，并且需要解决靶向NGS检测在结核高发国家中实施所面临的障碍。
原文链接：
https://www.thelancet.com/journals/laninf/article/PIIS1473-3099(24)00263-9/fulltext
供稿：因美纳（中国）科学器材有限公司
编译：结核帮编译组
编辑：王子豪（创新联盟）
