单细胞测序技术在 2013 年和 2019 年被 Nature Methods 评选为年度技术，2018 年被 Science 评选为 10 大科学突破。如果说单细胞技术是热门技术，空间转录组就是黑马，10x Visium 技术一经问世，便备受瞩目。空间转录组保留了组织中细胞位置信息，可以观测到组织不同区域细胞构成和原始基因表达。如果 09~19 年是单细胞技术黄金十年，2020~2030可能是空间转录组的黄金十年，起码是近些年的热门技术。
链接：doi: 10.3389/fonc.2021.636681
因为绝大多数空间转录组做不到真实水平的单个细胞分辨率，所以多会和单细胞测序联合分析。单细胞用于异质性分析，并辅助对空间转录组spots/clusters进行细胞类型注释。空间转录组数据进行免疫浸润等和位置相关分析。一般分析内容包括：①利用单细胞数据对空转进行细胞类型注释；②确定spot细胞类型后，结合HE染色的结果确定各类细胞空间位置和占比，推断不同细胞在疾病或表型发生中所起到的作用；③差异分析、富集分析和互作分析等功能探究。最近Science Advance杂志上发表了不少单细胞＋空转的文章。这些文章数据公开，代码开源，简直是最好的单细胞＋空转联合分析的教程。我们以2024年9月发表的，题为Spatial transcriptomic characterization of pathologic niches in IPF的研究文章。第二步。根据空间位置和占比，推断不同细胞在疾病中所起到的作用。第三步。细胞通讯，互作分析。这篇文章大量地使用了CellChat进行细胞通讯分析！
第四步，免疫细胞浸润层面，细胞通讯。找到了关键的细胞类群。更重要的是，数据公开，代码开源。
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代码网址：https://github.com/christophhmayr/2023_Mayr
