干湿结合范文:SIGLEC15表达与肿瘤免疫浸润、分子亚型和乳腺癌进展相关

学术   2024-12-07 00:06   四川  

2024年11月,《PLOS ONE》(IF:3.7)杂志上发表了题为《Expression of SIGLEC15 correlates with tumor immune infiltration, molecular subtypes, and breast cancer progression》的研究。
这篇文章的思路简单又经典,开头直接引出这个分子是一种免疫靶点,在乳腺癌中的相关作用并不清楚,是典型干湿结合的生信文章。值得学习的点是,这是一个在肿瘤组织中高表达但是预后好,接下来重点通过不同临床分型进行亚组生存分析找出SIGLEC15预后的预测作用以及免疫浸润分析其中可能的作用。其次是不是用细胞中验证SIGLEC15的表达,而是使用了两组的临床样本,这有利于临床的老师们直接利用自己收集的样本学习借鉴,而不是用实验室的细胞或者动物实验。       

 

研究背景
乳腺癌是全球女性中最常见的癌症之一,其发病率和死亡率均居高不下。近年来,免疫疗法作为癌症治疗的新方向,展现出巨大的潜力。在这一背景下,SIGLEC15作为一种新型免疫靶,其在乳腺癌中的作用成为了研究的热点。             

 

样本与方法
一、数据集1:TCGA-乳腺癌 RNA-seq数据、乳腺癌分子分类学国际联盟(METABRIC)测序数据
1.SIGLEC15表达与临床信息(ER状态、PR状态、HER2状态、PAM50分子亚型、TNM分期、病理分期和组织学类型)——TNMplot、KMplot在线数据库。
2.SIGLEC15免疫浸润——TISCH2在线数据库。
3.基因集富集分析(GSEA)、基因本体(GO)富集分析和 KEGG 通路分析——LinkedOmics 在线数据库。
二、数据集2:组织芯片——免疫组化(IHC)和多重免疫组化染色(mIHC)检测 SIGLEC15 蛋白表达
三 、数据集3:临床病理切片(10例福尔马林固定石蜡包埋(FFPE)乳腺癌细胞块的切片)——多重免疫组化mIHC染色        

 

研究结果         

 

Fig1. SIGLEC15 mRNA 表达
多个数据库分析显示,SIGLEC15 mRNA 在乳腺癌肿瘤组织中表达升高,且主要表达于恶性细胞和单核细胞 / 巨噬细胞。   
         

 

Fig2.SIGLEC15 mRNA 表达与多种临床参数相关
如与 ER、PR 受体相关,在 luminal 亚型中表达最高,在 basal - like 亚型中表达最低,且与 T1 和 T2 分期、病理分期、组织学类型等相关。
SIGLEC15 mRNA 的诊断意义:ROC 曲线分析表明,SIGLEC15 对分子亚型有一定诊断价值,如对 ER 阳性和阴性、PR 阳性和阴性、LumA & LumB 和 Her2 & Basal 等亚型的预测具有一定准确性。   

补充材料Fig——SIGLEC15 mRNA 与预后关系:
2个公共数据集(TCGA、METABRIC)显示,SIGLEC15 mRNA 高表达与较好的总生存期(OS)相关,在不同临床亚组分析中,如 T1 - T2 期、年龄≤60 岁、无放疗、M0 期、I - II 期和 II 期等亚组中,SIGLEC15 mRNA 高表达也与生存期延长有关。
生存分析表明,SIGLEC15 mRNA 高表达在一些免疫细胞亚群中(如 CD8 + T 细胞减少、1 型 T 辅助细胞、2 型 T 辅助细胞、嗜酸性粒细胞、巨噬细胞减少和 NK 细胞富集亚群等)与改善预后相关。   
Fig3. SIGLEC15 mRNA 与肿瘤免疫关系
SIGLEC15 mRNA 表达与多种免疫细胞浸润水平相关,如与肥大细胞、NK 细胞、未成熟树突状细胞、嗜酸性粒细胞等呈正相关,与 Th2 细胞、活化树突状细胞和 Th1 细胞呈负相关,提示其在免疫微环境中起调节作用。
SIGLEC15 与已知免疫检查点(如 CD274/PD - L1、HAVCR2、LAG3 等)存在相关性。   
补充材料Fig—— SIGLEC15 基因功能富集分析:
LinkedOmics 数据库分析显示,SIGLEC15 相关基因参与多种生物学过程和通路,如细胞器分裂、核分裂、染色体分离等。
GSEA 通路富集分析表明,SIGLEC15 主要涉及 E2F - targets、G2M checkpoint、胰腺 β 细胞、myc - target - V1、KRAS - SIGNALING - DN 和精子发生等生物学过程和通路。
SIGLEC15 蛋白表达  ;
         

 

临床样本验证(FIG4+5)
Fig4-组织芯片人BRCA组织中Siglec-15蛋白表达的代表性显微照片。
IHC 结果显示,SIGLEC15 蛋白在乳腺癌组织中的表达明显高于癌旁组织,且主要定位于癌细胞和免疫细胞的细胞质,偶尔在癌细胞的细胞质和细胞核中均有表达。SIGLEC15 蛋白表达与病理亚型和分级相关,在浸润性导管癌和低级别乳腺癌中高表达,但与患者预后的关系未达统计学显著水平。

 

    
 

 

Fig5. mIHC检测人BRCA组织中的CK、Siglec-15、CD8和CD68蛋白。结果证实 SIGLEC15 与 CK、CD68 和 CD8 共表达。   
         

 

研究结论
SIGLEC15 mRNA 在乳腺癌中高表达,与多种临床病理特征相关,可预测 luminal 亚型和低级别乳腺癌,尤其是浸润性导管亚型,且是乳腺癌患者的保护性因素。
证实 SIGLEC15 在乳腺癌肿瘤微环境中的 T 细胞和巨噬细胞中表达,具有免疫调节功能,但 SIGLEC15 在乳腺癌进展中的作用仍需进一步研究证实。

芒果师兄
1.生信技能和基因编辑。2.论文发表和基金写作。3. 健康管理和医学科研资讯。4.幸福之路,读书,音乐和娱乐。
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