有！
总公司替分公司支付房租水电等运营费用是很常见的现象。
大家普遍觉得总分公司隶属于一个法律实体，既然所得税汇总纳税，那么成本费用由谁支付都一样。
注册在云南昆明的上市连锁药店企业一心堂药业集团股份有限公司就因为这个问题吃了大亏。
一心堂在全国各地设有很多注册为分公司的零售门店。这些门店在当地独立缴纳增值税。
门店产生的房租等运营费用统一由总公司采购、支付、抵扣、入账。
2023年一心堂接受主管税务机关对企业2020年-2022年期间的税收辅导。在辅导过程中税务机关发现了这个问题。
《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税[2016]36号）第十四条规定：
下列情形视同销售服务、无形资产或者不动产：
（一）单位或者个体工商户向其他单位或者个人无偿提供服务，但用于公益事业或者以社会公众为对象的除外。
因此税务机关认定一心堂总公司为分公司免费提供了房屋租赁等服务，应该视同销售缴纳增值税及附加税。
最终企业缴纳了2.33亿的税金及7千多万滞纳金。虽然没有被处罚，但一次性掏出去3亿多的真金白银对企业的生产经营还是造成了不小的冲击。
可能有人会觉得企业有点冤枉，查总、分公司之间的视同销售问题似乎不太合理。
但如果对连锁药店生意模式多一些了解，大家就能发现企业补税也算理所应当。
各地的门店分公司大多以小规模的身份纳税，不是享受了增值税减税、免税的优惠，就是以核定的方式缴纳很少的税。如果房租等运营费用由门店支付，相应的进项税是无法抵扣的。而总公司都是一般纳税人，取得专用发票可以抵扣进项税。由总公司统一支付房租等运营费用能够降低企业整体缴纳的增值税。
总、分公司之间的业务往来经常是企业税务风险管理的盲区。在以往的税收执法中税务机关也很少关注这类问题。但在目前的征管环境下，总分公司之间的交易定价导致的增值税问题日渐成为税务检查中的重点，企业应及早做好业务模式的梳理及风险排查。
