手术操作分类与疾病分类一样，同样有主要操作与次要操作之分，即也有主要编码与次要编码。医师应对患者所施的所有手术操作都有详细记录，编码人员对主要手术操作的选择，要根据医师对主要操作的记录及病案中的手术记录，确定手术操作分类的主要编码与次要编码。参考以下规则进行:
1.主要手术操作是指在本次医疗过程中，医疗资源消耗最多的手术或操作，它的医疗风险、难度一般也高于本次医疗事件中的其他手术或操作，通常与主要疾病诊断相关。
2.选择主要手术操作时，只重规则，不考虑它与出院科别的关系。当主要手术操作与主要疾病不相关时，在医疗付款中可能会被认为不影响医疗费用，即不给予更多的赔偿。
3.在手术与操作之间，主要编码一般是选择与主要疾病相关的手术作为主要编码；在治疗与检查之间，一般要采用治疗作为主要编码。
例如：消化系统主要操作选择，消化道手术普遍存在着吻合术的情况，在许多类目或亚目下都有提示，需要另外编码任何同时进行的操作。例如：42.41部分食管切除术，亚目下指出需要另编码同时进行的操作：
非端对端的吻合术(42.5-42.69)
食管造口术(42.10-42.19)
胃造口术(43.11-43.19)
如果食管部分切除术伴胸内食管胃造口，其编码应是42.41和42.52，其主要编码的选择应是手术的目的，即切除术42.41。
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