新抗原疫苗可以诱导或增强高度特异性的抗肿瘤免疫反应，而自身免疫的风险最小。研究者开发了一种新抗原DNA疫苗平台，能够有效地表达HLAI类和II类表位，并在新辅助化疗后手术病理显示未完全缓解的三阴性乳腺癌（TNBC）患者中进行了1期临床试验，该患者群体具有疾病复发的高风险。
研究者通过肿瘤/正常外显子组测序和肿瘤RNA测序鉴定是否表达体细胞突变。使用pVAC工具软件来预测和优先级排序癌症新抗原，促进疫苗设计，以便在学术级GMP设施中生产。所有受试者在第1天、第29±7天和第57±7天接种4mg新抗原DNA疫苗。新抗原DNA疫苗在辅助治疗中通过电穿孔设备肌注给药。通过ELISpot、细胞内细胞因子的流式细胞检测技术以及TCR测序来监测疫苗的安全性和免疫反应。
18名受试者接受了三剂新抗原DNA疫苗，平均每名患者编码11种新抗原（4-20）。疫苗接种耐受性良好，不良事件相对较少。通过ELISpot和流式细胞术检测证实，14/18例患者被成功诱导新抗原特异性T细胞反应。在中位随访36个月时，接种疫苗的患者队列的无复发生存率为87.5%（95%CI：72.7-100%）。
研究表明，新抗原DNA疫苗是安全、可行的，并且能够诱导新抗基因特异性免疫反应。
图1为TNBC患者设计、制造和接种新抗原DNA疫苗.
A：通过全外显子组测序鉴定体细胞突变。通过捕获cDNA捕获进行RNA测序来证实突变表达。根据pVAC工具软件的预测，候选新抗原被优先纳入疫苗设计。使用TriGrid电穿孔装置肌肉注射新抗原DNA疫苗。如A所示，在每个疫苗接种时间点和所有疫苗接种后的选定时间点抽取外周血。
B：35例局部晚期TNBC患者知情同意后进行入组筛选。筛败原因包括：新辅助化疗后达到完全病理缓解、肿瘤组织不足、患者退出和肿瘤复发。最后18例患者入组接受了个性化新抗原DNA疫苗。
表1.患者基线特征以及对新抗原DNA疫苗接种的免疫和临床反应
表1.患者基线特征以及对新抗原DNA疫苗接种的免疫和临床反应
A：所有接种疫苗的患者中不良事件（1级和2级不良反应）的类型和数量
B：与未接种疫苗的历史对照患者相比，接种个性化新抗原DNA疫苗的患者的Kaplan-Meier生存曲线
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