脱Boc反应的公认副产物是二氧化碳和异丁烯气体，一般不会对目标物的质量产生影响，但是有些副产物会影响API的杂质谱。
脱Boc试剂和溶剂发生反应，产生潜在致突变杂质（PMI），这些杂质限度低，挑战分析方法。
脱Boc产生的叔丁基碳正离子和体系中的试剂或溶剂反应，产生中低沸点的杂质，甚至可能和底物反应，产生杂质。
酸性脱N-Boc杂质谱分析
酸性脱Boc的机理如下图：酸性条件下，叔丁氧羰基质子化，释放二氧化碳，得到产物胺和叔丁基碳正离子（1），叔丁基碳正离子会转化成异丁烯（2）。
根据机理，叔丁基碳正离子被谁捕获，就会产生相应的杂质，捕获试剂决定了杂质谱信息。
体系有水会产生叔丁醇。
体系有甲醇会产生甲基叔丁基醚。
盐酸会产生氯代叔丁烷（有毒性限度数据）。
用其他试剂有目的地捕获叔丁基碳正离子，会减少挥发物异丁烯排放，减少环境污染，产生对应杂质（3a,b,c）。
注意胺捕获就会产生叔丁胺杂质
案例
BMS公司，制备化合物26时，产生醚化杂质27，底物羟基和叔丁基碳正离子反应，抑制杂质27的最好办法是加入水，水更多参与捕获叔丁基碳正离子。
TMSI脱Boc杂质谱分析
中性脱Boc条件一般采用路易斯酸，以TMSI为例，机理如下：
根据机理，杂质谱包括：碘代叔丁烷（100度）、异丁烯、二氧化碳。
甲醇处理会产生MeOTMS（58度）；
如果TMSI过量，用甲醇处理还会产生碘甲烷（有毒性限度数据）和三甲基硅醇（100度）。
乙腈做溶剂会产生TMSOTMS（100度）。
碱性脱Boc杂质
叔丁醇钠脱除伯胺Boc杂质谱推测
机理如下：
根据机理，推测会产生脲杂质，脱Boc产物胺和中间态异氰酸酯反应成脲（小编工作中，遇到过类似的工艺杂质）。
潜在致突变的杂质（PMI）分析
采用氯化氢，如用醇做溶剂，需要研究卤代烃（氯化氢和醇反应）杂质。
此时优选甲醇和乙醇，因为氯代甲烷，氯代乙烷有公开的限度数据。
一般情况下，氯化氢气体相比盐酸更容易和醇反应，含水越多越不利于反应。
采用甲基磺酸，对甲苯磺酸，硫酸，如用醇做溶剂，需要研究磺酸酯（磺酸和醇反应）杂质。
有时候，采用醚做溶剂，例如甲基叔丁基醚或者四氢呋喃，采用强酸，要评估醚键断裂形成的潜在致突变杂质，与其评估不如不用。
参考文献
Organic Process Research & Development 2005, 9, 39-44
J. Org. Chem. 2014, 79, 11792−11796
J. Org. Chem. 2009, 74, 4068–4079
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