“合治内府”首见于《灵枢·邪气藏府病形》：“荥输治外经，合治内府”。
“荥输治外经，合治内府”是古人长期临床实践的经验总结，这里的“合”指六腑之气下合于足三阳经的的六个腧穴，即下合穴。
“和治内府”是说六合穴主要治疗“六腑病”。也就是说，大凡六腑疾病均可取其下合穴刺而治之。
具体内容是“胃合于三里，大肠合入于巨虚上廉，小肠合入于巨虚下廉，三焦合入于委阳，膀胱合入于委中，胆合入于阳陵泉”。“内腑”即胃、大肠、小肠、三焦、膀胱、胆六腑。
其中胃、膀胱、胆之下合穴均出自足三阳经，同时又为五输穴之合穴，而大肠、小肠、三焦之合穴则上出于手三阳经，同时又下合于足三阳经。
“合治内府”之合非五腧穴之合
《灵枢·九针十二原》曰：“经脉十二，络脉十五，凡二十七气以上下，所出为井，所溜为荥，所注为输，所出为经，所入为合”，此处所论就是后世的五输穴理论，而“荥输治外经，合治内府”中的“荥输”正是指五输穴中的荥穴与输穴，所谓“荥输治外经”意即五输穴中的荥穴与输穴可治疗外经病。
然而从《灵枢·邪气藏府病形》接下来的论述来看，此处“合治内府”之“合”，却非五腧穴之合，而是而是指足三里、上巨虚、下巨虚、委阳、委中、阳陵泉六个分布在下肢膝关节附近的下合穴。
足三里、上巨虚、下巨虚、委阳、委中、阳陵泉这六个分布在下肢膝关节附近的下合穴，常常与五输穴之“合”相混。《灵枢·九针十二原》所论的五输穴“所入为合”的合穴，指经气由此深入，进而会合入于脏腑的部位。
六府皆出足之三阳
为何六腑的下合穴要设在足三阳经的下肢部?
可以从经脉循行和六腑功能来解释。
足三阳经本部的经气，除了作用于头面、躯干在体表循行所过的部位外，其部分经气由合穴处别入内府，与六腑贯通，所以足三阳经是治疗六腑病的主要经脉。并明确提出六腑的经气都起于足三阳经。《灵枢·邪气脏腑病形》篇称下合穴：“此阳脉之别，入于内，属于内腑也。”是说明手足阳经经脉的经气是从六腑的下合穴处别入于内而分属于六腑。
胃、胆、膀胱三经经气，除作用于头面、躯干及下肢循行所过部位外，其部分经气由合穴处别入内腑，而和本腑贯通。
大肠、小肠、三焦三经之经气，皆自立于足三阳经的穴位上别入本腑，然后上合于手部所属经脉，故《灵枢·本输》篇中叙述手三阳经的五俞穴时，皆有“上合于”三字，如“三焦者上合手少阳，……手太阳小肠者，上合于手太阳，……大肠上合于手阳明……”。
手三阳经经气主要作用于头面、上肢和体表循行所过之处，至于它们同本腑的联系则是分别通过它们在足三阳经的下合穴处、别入本腑来实现的。所以手三阳经的穴位主要用于治疗头面、上肢及其体表循行部位所过之处的病症，很少用于本腑病的治疗。
其实下合穴中，治疗该腑病却不在本腑所属阳经上的，也只有大肠、小肠、三焦。
至于原因，《灵枢·本输》中讲道:“胃出于厉兑，厉兑者，足大指内次指之端也，为井金……复下三里三寸，为巨虚上廉，复下上廉三寸，为巨虚下廉也，大肠属上，小肠属下，足阳明胃脉也。大肠、小肠皆属于胃，是足阳明也。三焦者，上合手少阳，出于关冲，关冲者，手小指次指之端也，为井金……三焦下腧，在于足太阳之前，少阳之后，出于腘中外廉，名曰委阳，是太阳络也。手少阳经也。三焦者，足少阳太阴之所将，太阳之别也，上踝五寸，别入贯腨肠，出于委阳，并太阳之正，入络膀胱，约下焦，实则闭癃，虚则遗溺。遗溺则补之，闭癃则泻之。”
治脏者治其俞
《灵枢·经脉》言:“肺手太阴之脉……是主肺所生病者……大肠手阳明之脉……是主津所生病者……胃足阳明之脉……是主血所生病者……脾足太阴之脉……是主脾所生病者……心手少阴之脉……是主心所生病者……小肠手太阳之脉……是主液所生病者……膀胱足太阳之脉……是主筋所生病者……肾足少阴之脉……是主肾所生病者……心主手厥阴心包络之脉……是主脉所生病者……三焦手少阳之脉……是主气所生病者……胆足少阳之脉……是主骨所生病者……肝足厥阴之脉……是主肝所生病者。”
篇中的“是主所生病”关于六阴经的描述，分别对本经所属五脏所生疾病的描述。
六阳经腧穴主津、血、液、筋、气、骨的疾病，而不能治疗六腑的疾病
而对六阳经的描述，大肠、胃、小肠、膀胱、三焦、胆六经分别为津、血、液、筋、气、骨的所生疾病及治疗方法，而没有谈及六腑“所生病”的症状及何经何穴主之。
《内经》中六阴经的五输穴，可以治疗本经的脏病，即所谓“治脏者治其俞”，而对于六阳经所主的却不是六腑，而所主的分别是津、血、液、筋、气、骨，也就是说，选取六阳经的五输穴，多用来用来治疗津、血、液、筋、气、骨的疾病，而不能治疗六腑的疾病。
下合穴治六腑
“合治内府”是指腑之下合穴可以治疗腑病，即胃之下合穴足三里可治疗胃病，大肠之下合穴上巨虚可治疗大肠病，小肠之下合穴下巨虚可治疗小肠病，三焦之下合穴委阳可治疗三焦病，膀胱之下合穴委中可治疗膀胱病，胆之下合穴阳陵泉可治疗胆病。
六腑病主要取足三阳经，《灵枢·本输》:“六府皆出足之三阳，上合于手者也。”
“上合于手”则在说明大肠、小肠、三焦都上合于手三阳经，因为《本输》在三焦、小肠、大肠条下指出:“三焦上合手少阳……小肠上合手太阳……大肠上合手阳明”;而在胃、胆、膀胱条下则无“上合”一说。此处的“合”，可以理解为与六腑相合、相应之意，所以说下合穴只有六腑才有。
《灵枢·经脉》言:“胃足阳明之脉……其支者，起于胃口，下循腹里，下至气街中而合。”而胃、大肠、小肠就位于腹里。
《灵枢·本输》曰:“胃出于厉兑……复下三里三寸为巨虚上廉，复下上廉三寸为巨虚下廉也，大肠属上，小肠属下，足阳明胃脉也。大肠小肠，皆属于胃，是足阳明也。”故将大肠、小肠的下合穴设在足阳明胃经下肢部的巨虚上下廉。
《灵枢·本输》:“三焦者，足少阳太阴之所将，太阳之别也，上踝五寸……出于委阳，并太阳之正，入络膀胱。”故将三焦的下合穴设在足太阳膀胱经下肢部的委阳。
这是下合穴善于治疗腑病的理论基础。
另外，从六腑功能来看，六腑以通为用，以降为顺。下合穴定位在足三阳经的下肢部膝关节及以下，位于六腑之下，有利于引导六腑之气向下，使六腑之气顺降和调。
《素问·灵兰秘典论》:“三焦者，决渎之官，水道出焉。膀胱者，州都之官，津液藏焉，气化则能出矣。”这是说三焦主通调水道，膀胱为水液聚会之处，下焦气化正常则水道通利。
《灵枢·营卫生会》:“下焦者，别回肠，注于膀胱，而渗入焉”，说明下焦可将糟粕输送回肠，将水液注入膀胱。三焦和膀胱共同作用于水液代谢，二者在生理病理上相互影响，临床上小便不利、水液代谢失调常责之于三焦。委阳穴是足太阳经别行之络的起点，为三焦下腧，三焦脉气上行出于腘中外侧，合于足太阳经脉。
《灵枢·本输》:“大肠小肠，皆属于胃，是足阳明也。”胃与大肠、小肠同属消化系统，在生理功能上联系密切，在病理情况下必然互相影响。故其下合于胃经的上巨虚和下巨虚。
三焦与水液代谢、膀胧气化机能密切相关，为“中读之府……属膀胱”(《灵枢·本输》)，故下合于膀胱经的委阳。
下合穴为腑之下合穴还是经之下合穴？
既然“合治内府”之“合”为下合穴，那么其为腑之下合穴还是经之下合穴？
《灵枢·邪气藏府病形》曰：“胃合于三里，大肠合入于巨虚上廉，小肠合入于巨虚下廉，三焦合入于委阳，膀胱合入于委中央，胆合入于阳陵泉”，非常明确地提出“合”为腑之下合穴。
《灵枢·本输》曰：“六腑皆出足之三阳，上合于手者也”，可见下合穴是六腑之气下合于足三阳经的合穴，也证明了“合治内府”之“合”为腑之下合穴而非经之下合穴。
故足三里为胃之下合穴而非胃经之下合穴；上巨虚为大肠之下合穴而非大肠经之下合穴；下巨虚为小肠之下合穴而非小肠经之下合穴；委阳为三焦之下合穴而非三焦经之下合穴；委中为膀胱之下合穴而非膀胱经之下合穴；阳陵泉为胆之下合穴而非胆经之下合穴。
关于足三里、下巨虚、上巨虚的顺序
《灵枢·邪气脏腑病形》记载六腑下合穴之“足三里”、“上巨虚”、“下巨虚”三穴分别为胃、大肠、小肠的下合穴，在足阳明胃经小腿部自上而下依次排列。现代医学消化道正常生理功能顺序为胃、小肠、大肠，则三穴下合顺序应该为足三里、下巨虚、上巨虚。古人为什么要以足三里、上巨虚、下巨虚的顺序排列呢？
杨上善注解《灵枢》时提出：“回肠，大肠也。小肠附脊而在后，大肠近脐而在前，故大肠俞在上，小肠俞在下也。”他以《内经》所说的大小肠的解剖位置关系来认识大肠俞和小肠俞的位置关系，即大肠因近脐在前而其背俞在上，小肠因附脊在后而其背俞在下。据此我们也可以大胆做出推断：上巨虚、下巨虚的排列顺序也可按照古人对大肠俞、小肠俞与解剖位置的对应关系予以解释，即上巨虚对应大肠近脐在前而排列在上，下巨虚对应小肠附脊在后而排列在下。因此，足三里、上巨虚、下巨虚的下合排序及主治特异性，与其所对应腑的解剖位置呈现相关性，这使我们认识到，古人对腧穴主治的认识是存在着基于解剖认知的具象思维的。
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