有关卫气之说，在《素问》与《灵枢》中论述较多，然而各篇对卫气的循行之方式及线路，却有不尽相同的论述。
1、月周期模式
《素问·疟论》：
其作日晏与其日早者，何气使然？
岐伯曰：邪气客于风府，循膂而下，卫气一日一夜大会于风府，其明日，日下一节，故其作也晏。此先客于脊背也，每至于风府则腠理开，腠理开则邪气入，邪气入则病作，以此日作稍益晏也。其出于风府，日下一节，二十五日下至骶骨，二十六日入于脊内，注于伏膂之脉，其气上行，九日出于缺盆之中，其气日高，故作日益早也。其间日发者，由邪气内薄于五脏，横连募原也。其道远，其气深，其行迟，不能与卫气俱行，不得皆出，故间日乃作也。
杨上善注：“因卫气从风府日下，故作也晏，晚也……邪与卫气下二十一椎，日日作晚，至二十二日，邪与卫气注于督脉上行，气上高行，故其作也早。”
本文虽言疟病发作之日晏与日早，但所论病机，则涉于卫气行。也就是说疟病之邪，其发作之日晏与日早，与卫气之循膂日下二节及循腹内上行之行期有关。
《灵枢·岁露论》：
黄帝问于岐伯曰：《经》言：夏日伤暑，秋病疟。疟之发以时，其故何也？
岐伯对曰：邪客于风府，病循膂而下，卫气一日一夜，常大会于风府，其明日，日下一节，故其日作晏，此其先客于脊背也。故每至于风府则腠理开，腠理开则邪气入，邪气入则病作，此所以日作尚晏也。卫气之行风府，日下一节，二十一日下至尾底，二十二日入脊内，注于伏冲之脉，其行九日，出于缺盆之中，其气上行，故其病稍益至。其内搏于五脏，横连募原，其道远，其气深，其行迟，不能日作，故次日乃蓄积而作焉。
黄帝曰：卫气每至于风府，腠理乃发，发则邪入焉。其卫气日下一节，则不当风府，奈何？
岐伯曰：风府无常，卫气之所应，必开其腠理，气之所舍节，则其府也。
以上《素问》与《灵枢》两篇内容所论基本相同，可互证，就其内容之实质而言而下，均为腹背前后运行，沿椎节日下一节，二十一日至尾底，后九日，系循腹而上行，九日，出于缺盆之中，每运行一个周期，需三十日，故可谓之月周期。
此模式下，卫气循膺而下，沿椎节日下一节，二十一日至尾底，复人腹上行九日，人缺盆。故其循行方式，主要是循背腹周行。
2.日行五十周
《灵枢·卫气行》：
卫气之行，一日一夜五十周于身，昼日行于阳二十五周。夜行于阴二十五周，周于五脏。是故平旦阴尽，阳气出于目，目张则气上行于头，循项下足太阳，循背下至小指之端；其散者，别于目锐背，下手太阳，下至小指之间外侧；其散者，别于目锐背，下足少阳，注小指次指之间，以上循手少阳之分侧，下至小指之间；别者以上至耳前，合于颔脉，注足阳明，以下行至跗上，人五指之间；其散者，从耳下下手阳明，人大指之间，人掌中；其至于足也，人足心，出内踝，下行阴分，复合于目，故为一周，是故日行一舍，人气行一周与十分身之八，日行十四舍，人气二十五周于身，有奇分与十分身之二，阳尽于阴，阴受气矣。其始人于阴，常从足少阴注于肾，肾注于心，心注于肺，肺注于肝，肝注于脾，脾复注于肾为周。是故夜行一舍，人气行于阴脏一周，与十分脏之八，亦如阳行之二十五周，而复合于目。
《灵枢·营卫生会》
人受气于谷，谷人于胃，以传于肺，五脏六腑，皆以受气。其清者为营，浊者为卫，营在脉中，卫在脉外，营周不休，五十而复大会，阴阳相贯，如环无端。卫气行于阴二十五度，行于阳二十五度，分为昼夜。
人受气于谷，谷入于胃，以传与肺，五脏六腑，皆以受气，其清者为营，浊者为卫，营在脉中，卫在脉外，营周不休，五十度而复大会，阴阳相贯，如环无端。卫气行于阴二十五度，行于阳二十五度，分为昼夜，故气至阳而起，至阴而止。故曰日中而阳陇为重阳，夜半而阴陇为重阴。故太阴主内，太阳主外，各行二十五度，分为昼夜。夜半为阴陇，夜半后而为阴衰，平旦阴尽而阳受气矣。日中而阳陇，日西而阳衰，日入阳尽而阴受气矣。夜半而大会，万民皆卧，命曰合阴，平旦阴尽而阳受气，如是无已，与天地同纪。
上焦出于胃上口，并咽以上，贯膈，而布胸中，走腋，循太阴之分而行，还至（手）阳明，上至舌，下（注）足阳明，常与营俱行于阳二十五度，行于阴亦二十五度，一周也。故五十度而复大会于手太阴矣。
《灵枢·卫气行》与《灵枢·营卫生会》两篇关于卫气的内容，均明确提出卫气的运行，一昼夜为五十周。具体来说为昼行于阳二十五周，夜行于阴二十五周。篇中此所言行于阳者，行于六腑之阳经，行于阴者，行于五脏之间。此所谓卫气行五十周，最为大家所习用。
具体来说，《灵枢·卫气行》所言昼夜五十周的循行方式，即昼行于阳二十五周次为始于目，分别由足三阳经循脉而至于足，另有散行者，分别别出而由手三阳经循脉而至于手，散出而不复还。
其循足三阳之至于足者，入于足心，循足少阴之别，上行复合于目，此为一周。恰如《灵枢·脉度》云：“跷脉者，少阴之别，起于然骨之后。上内踝之上，直上循阴股，入阴，上循胸里，入缺盆，上出人迎之前，入頄，属目内眦，合于太阳、阳跷而上行，气并相还则为濡目，气不荣则目不合。”亦为互证。
此一卫气循行的模式，若简言之，即：
始于目，分别经足三阳经至于足，入足心，复经足少阴之别阴跃脉上行，复合于目，为日行一周次。
夜行于阴二十五周次为始于足少阴脉注于肾，肾注于心，心注于肺，肺注于肝，肝注于脾，脾复注于肾，是为夜行五脏一周次。其在五脏间循行序次，是以脏气五行属性相克者为序。
其行二十五周之后，当由足少阴脉，复经阴跷脉上行合于目而外行于阳。
3.日行二十五周
《灵枢·卫气行》：
水下一刻，人气在太阳，水下二刻，人气在少阳；水下三刻，人气在阳明，水下四刻，人气在阴分；水下五刻，人气在太阳，水下六刻，人气在少阳，水下七刻，人气在阳明，水下八刻，人气在阴分；水下九刻，人气在太阳，水下十刻，人气在少阳，水下十一刻，人气在阳明，水下十二刻，人气在阴分；水下十三刻，人气在太阳，水下十四刻，人气在少阳，水下十五刻，人气在阳明，水下十六刻，人气在阴分；水下十七刻，人气在太阳，水下十八刻，人气在少阳，水下十九刻，人气在阳明，水下二十刻，人气在阴分；水下二十一刻，人气在太阳，水下二十二刻，人气在少阳，水下二十王刻，人气在阳明，水下二十四刻，人气在阴分；水下二十五刻，人气在太阳。此半日之度也。
从《灵枢·卫气行》所载的水下之刻数，卫气每运行于太阳、少阳、阳明及阴分一周次，需时水下四刻，水下一百刻，则卫气运行二十五周次。亦即一昼夜，卫气运行于三阳及阴分，适当二十五周次。
《卫气行》虽未详细论述卫气在三阳及阴分运行和具体线路，但从时间分配方面，则与前文卫气日行五十周次的方式，显然有别。《卫气行》前五十周说与后二十五周说不相契合，故历来注家多有疑之者。亦有学者认为这本来就是不同学说，不得强合为一。
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