研究背景
材料与方法
试验结果
在三组奶牛瘤胃液中，共鉴定出2115个OTU。其中，各组均有1548个OTU，占总OTU的73.19%。
根据PCoA图，来自三组的云彼此分离。基于Sobs、ACE、Chao、Simpson、Shannon和Coverage，所有组均无显著差异。
在瘤胃液中鉴定出6个细菌门（拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、髌骨细菌门和螺旋体门），丰度相对较高（>1%）。此外，在属水平上共鉴定出247个细菌类群。Prevotella、Succinivibrionaceae_UCG-001、norank_f_Muribaculaceae、NK4A214_group、Succiniclasticum、Lachnospiraceae_NK3A20_group、Ruminococcus、norank_f_norank_o_Clostridia_UCG-014、Rikenellaceae_RC9_gut_group和Christensenellaceae_R-7_group是该属水平上最丰富的十大细菌。
三组共鉴定出30个生物标志物，其中9个在C组，17个在H组，4个在L组。
C组鉴定出的9个分支包括拟杆菌门（Prevotellaceae_UCG_003、Prevotellaceae_UCG_004、norank_f_251_o5和Rikenellaceae_U29_B03）的4个属，2个属（琥珀单胞菌属和厌氧螺旋体），以及1个属的Elusimicrobiobiota（内切菌门）、Actinobacteriota（棒状杆菌门）和Desulfobacterota（Mailhella）。
H组鉴定出的17个分支包括拟杆菌门2个属（Rikenellaceae_SP3_e08和unclassified_o_Bacteroidales），厚壁菌门14个属（Lachnoclostridium、Shuttleworthia、Syntrophococcus、unclassified_f_Lachnospiraceae、Ruminococcus_gauvreauii_group、Eubacterium_ruminantium_group、norank_f _Selenomonadaceae、 Dialister、Eubacterium_eligens_group、Coprococcus、Monoglobus、Lactobacillus、Catonella 和 Lachnospiraceae_XPB1014_group）和一个属于Desulfobacterota （Desulfovibrio）的属。
L组鉴定出的4个分支包括3个属于厚壁菌门的属（Saccharofermentans、unclassified_p_Firmicutes和Lachnospiraceae_FE2018_group）和1个属（unclassified_f_Atopobiaceae）。
细菌群落主要与瘤胃丙酸盐浓度和乙丙比相关。
Ruminococcus、norank_f_Bacteroidales_RF16_group、NK4A214_group、Prevotellaceae_UCG-003 和 Rikenellaceae_RC9_gut_group 与乙丙比呈显著正相关 。
而Shuttleworthia、Erysipelotrichaceae_UCG-002、Syntrophococcus、norank_f_norank_o_Clostridia_UCG-014、Eubacterium_ruminantium_group、unclassified_f_Lachnospiraceae、Ruminococcus_gauvreauii_group 和 Succinivibrionaceae_UCG-001 与乙丙比值呈显著负相关 。
此外，Succinivibrionaceae_UCG-001、norank_f_norank_o_Clostridia_UCG-014、Erysipelotrichaceae_UCG-002、Shuttleworthia、unclassified_f_Lachnospiraceae、Ruminococcus_gauvreauii_group、Eubacterium_ruminantium_group和Syntrophococcus与丙酸盐呈显著正相关，Rikenellaceae_RC9_gut_group、norank_f_Bacteroidales_RF16_group和Prevotellaceae_UCG-003与丙酸盐呈显著负相关。
相关性分析表明，Succinivibrionaceae_UCG-001与丙酸水平呈正相关。这解释了瘤胃丙酸含量和饲料效率的提高的原因。
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