078 研究快报 | 瘤胃宏基因组揭示了不饱和脂肪酸在保持奶牛生产性能的同时缓解甲烷排放的机制

文摘   2024-10-13 12:01   北京  


研究背景

甲烷是一种占全球温室气体排放量比例高且效力强的温室气体。反刍动物产生的甲烷(CH4)主要来源于瘤胃。因此,反刍动物CH4排放量的减少主要是通过减少瘤胃CH4产量来实现的。
通过营养手段增加膳食脂肪含量是减少反刍动物CH4排放的最有效营养策略之一。然而,脂肪对瘤胃中CH4的抑制作用与脂肪酸(FA)组成之间的关系仍有争议。
脂肪在瘤胃中CH4产量的减少与脂肪酸的不饱和度呈正相关的一些研究表明,随着日粮脂肪含量的增加,奶牛的CH4产量会降低。还有一些研究表明,日粮中FA成分和不饱和脂肪酸(UFA)比例的变化会显著降低瘤胃中产生的CH4量。
然而这些研究主要关注UFA对奶牛产奶量、瘤胃发酵、CH4产量等的影响。缺乏阐明UFA对瘤胃微生物、瘤胃功能的影响以及脂肪含量相似的CH4产量减少背后的机制的体内研究。
因此,本研究的旨在确定UFA是否可以在不影响奶牛生产性能的情况下减少瘤胃中的CH4产量,并探索UFA减少CH4产量的潜在机制,为探索奶牛CH4减排提供理论依据。

图示:不饱和脂肪酸

材料与方法

选取泌乳期、体重相近的荷斯坦奶牛10头,随机均分为两个组。两组喂食两种不同UFA百分比的日粮。

UFA:LUFA=35.5%±0.21%n=5

UFA:HUFA=80.60%±0.50%n=5

两组脂肪含量相似,其中脂肪粉用TMR中挤出的亚麻籽中等量的脂肪代替。通过减少HUFA组总混合日粮(TMR)中的豆粕、玉米粉和大豆皮使两种日粮的能量水平和粗蛋白(CP)水平相同。

试验共26天,其中最后5天在呼吸室测量气体排放。
试验期间,每天07:3014:30为奶牛提供两次全混合日粮(TMR),供其随意采食,07:0014:0019:00挤奶后可自由饮水。在呼吸室中,每天07:0018:00为奶牛提供两次TMR供其随意采食,06:3017:30挤奶后可自由饮水。
试验期间每日记录饲料摄入量,每周采集两次饲料样本并在55℃的烘箱中干燥72 h,以计算每头奶牛干物质摄入量DMI 。将干燥的TMR样品1mm研磨过筛,测定各营养成分,包括干物质(DM)、有机物(OM)、粗蛋白(CP)、粗脂肪(EE)、中性洗涤纤维(NDF)和酸性洗涤纤维(ADF)。日粮中的饱和脂肪酸(FA)含量通过从饲料中提取FA甲酯进行测定。

试验期间每天记录牛奶产量,在第19-21天连续挤奶三天后采集牛奶样本,计算能量校正乳和3.5%脂肪校正乳。将子样本储存在4℃的条件下,用于分析牛奶成分(包括牛奶蛋白质、乳脂、牛奶乳糖和牛奶尿素氮)。使用Mojonnier技术分析FA含量。
试验最后五天,将奶牛转移至两个单独的开路呼吸室,以测量CH4CO2排放量。其中前三天让奶牛适应环境,最后两天收集气体排放数据。
在第19-21天早晨喂食前,采集瘤胃液样本,冷冻储存在80℃下,并对第21天获得的瘤胃液进行宏基因组测定分析,使用GC测定瘤胃液中挥发性脂肪酸(VFA),并使用分光光度法测量瘤胃液中的氨态氮。

从瘤胃内容物中提取总DNA,通过1%琼脂糖凝胶电泳分析DNA纯度和完整性,并使用分光光度计进行测量。

使用Covaris超声波破碎机将合格DNA样本的基因组DNA破碎成300bp的片段,并通过末端修复、a尾、测序连接、纯化和PCR扩增制备文库宏基因组文库在中国北京有限公司Allwegene技术有限公司的Illumina NovaSeq平台上测序。

在质量控制后过滤读取长度小于150bp的片段。使用MEGAHIT对每个样品的过滤读数进行重新组装,过滤出500 bp以下的重叠片段。使用Prodigal软件对Contigs进行注释,以预测开放阅读框,并使用CD-HIT软件构建非冗余基因集。

确定不同样本中基因的丰度。获得了界、门、纲、目、科、属和种的分类剖面,并计算了相对丰度,并对重叠片段进行注释。使用USEARCH对碳水化合物活性酶(CAZymes)数据库进行注释。

使用R软件的“ggplot”生成微生物差异直方图和KEGG通路差异的气泡图。使用Spearman秩相关对优势属、种和不同KEGG通路进行了相关性分析。使用R软件“corrplot”包计算相关系数、P值,并将相关热图可视化。

试验结果

采食量、产奶量、牛奶成分和牛奶FA含量

HUFADMIOM、粗蛋白摄入量(CPI)、中性洗涤纤维摄入量(NDFI)、和酸性洗涤纤维摄入量(ADFI)均低于LUFA组(P < 0.05),两组产奶量、饲料转化率无显著性差异。

LUFA组相比,HUFAECM3.5%FCM显著降低,乳脂与乳脂产量显著降低。而UFA含量对牛奶蛋白质、牛奶乳糖、牛奶乳糖产量没有影响>0.05

LUFA组相比,HUFAC160C161C203n6含量升高,并且在LUFA组中ω-6与ω-3多不饱和脂肪酸(PUFA)比例更高< 0.05

LUFA组相比,HUFA组的C13:0C18:0C18:1n9cC18:2n6cC18:3n3CLA-c9t11CLA-t10c12C20:0C20:1、ΣUFA、ΣCLA、Σω-3 PUFA、Σω-6 PUFA的浓度高于LUFA< 0.05

甲烷与二氧化碳排放

LUFA组相比,HUFA组的CH4CO2排放量分别下降了21.60%12.48%,差异显著(P < 0.05)。此外,HUFA组每千克DMIOMICH4产量分别下降了15.17%15.65%P < 0.05)。

然而,在LUFAHUFA组之间,每kg DMICO2产量、每kg OMICO2产量以及每kg ECMCH4CO2产量没有差异>0.05

瘤胃发酵指数

日粮中UFA浓度的增加不会影响瘤胃中总挥发性脂肪酸(TVFA)、乙酸盐、丙酸盐、丁酸盐和戊酸盐的浓度(P > 0.05);

LUFA组相比,HUFA组中乙酸与丙酸的比例降低。同时,HUFA组中异丁酸、异戊酸和NH3-N的浓度降低(P < 0.05)。

瘤胃微生物

HUFA组的Shannon指数低于LUFA组。主要的细菌门包括Bacteroidetes , Firmicutes , Proteobacteria , Fibrobacteres。主要的细菌属是Prevotella,其次是 Succiniclasticum, Clostridium, Bacteroides,Butyrivibrio, Ruminococcus, Fibrobacter。优势细菌种类包括Succiniclasticum_ruminis,Prevotella_ruminicola,Prevotella_sp_tc2-28,Prevotella_sp_tf2-5,Prevotella_sp_ne3005, Clostridiales_bacterium

LUFA组相比,HUFA组奶牛的拟杆菌丰度较高,而LUFA组奶牛则富含螺旋菌门和12个念珠菌门。Parabacteroides genusHUFA组中富集,而g_Clostridium, g_Butyrivibrio , Treponema, Coprobacillus, Bacillus, AcholeplasmaLUFA组中富集。

LUFA组奶牛中有39种菌属富集:17种梭菌属、7种密螺旋体属、4种丁酸杆菌属、3种支原体属、2种硬壁菌属和6种其他菌属。HUFA组奶牛中有9种菌属富集:7种普氏菌属、1种瘤胃球菌属和1种硒单胞菌属。

LUFA组奶牛中优势古菌门Euryarchaeota的丰度较高(P < 0.05),而HUFA组奶牛中Candidatus sp.Crenarchaeota丰度较高(P < 0.05)。LUFA组奶牛中优势古菌属甲烷短杆菌(Methanobrevibacter)的丰度较高。在不同的古细菌种类中,LUFA组奶牛的Methanobrevibacter_sp_YE315丰度较高(P < 0.05),而HUFA组奶牛另外四种古细菌的丰度较高(P < 0.05)。

瘤胃功能概况、差异以及瘤胃微生物组与功能之间的相关性

LUFA组的4CAZymeCBM57CBM58GT45GT66)水平较高,而HUFA组的18CAZymeGH43_5GH43_2GH66GH43GH43_29GH43_19GH26GH105GH35GH73GH115GH51GH43_10GH28)水平较高(P < 0.05)。

KEGG分析得出LUFA组主要富集在一条三级通路(ko00680)中,而HUFA组中富集于12条三级通路(ko00910ko00790ko00770ko00541ko00525ko00520ko00400ko00330ko00311ko00130ko00052ko00040)中。

在属水平上,g_Clostridiumg_Butyrivibrio的丰度与CH4代谢通路呈正相关(P < 0.05)。此外,g_Methanobrevibacter g_Methanosphaera的丰度与CH4代谢呈正相关(P < 0.05),但相关性较弱(P >0.05)。g_Prevotellag_Bacteroides丰度与HUFA组富集的通路呈正相关(P < 0.05)。

相比之下, g_Clostridium, g_Methanobrevibacter, g_Methanosphaera, g_Methanobacterium的丰度与HUFA组中富集的通路呈负相关(P < 0.05),其中

g_Methanobrevibacter g_Methanobacterium的丰度与大多数通路相关(P < 0.05)。在物种水平上,s_Clostridiales_bacterium, s_bacterium_F083, s_Mycoplasma_sp_CAG877, s_Lachnospiraceae_bacterium_G41的丰度与CH4代谢呈正相关(P < 0.05)。

6 s_Prevotella sp.的丰度与HUFA组中富集的一些通路呈正相关(P < 0.05),s_Methanobribacter_milleraes_MethanoBribacter_spYE315丰度与这些通路呈负相关(P < 0.05)。此外,s_bacterium_P201的丰度与这些通路大多数呈正相关,而s_Ruminococcus _sp_HUN007的丰度与大多数通路呈负相关(P < 0.05)。

产甲烷过程中相关酶的基因丰度

LUFA组相比,HUFA组中参与将CO2还原为5-甲基-H4MPT的氢营养途径的酶的基因丰度(EC:1.2.7.12EC:2.3.1.101EC:3.5.4.27EC:1.5.98.1EC:1.5998.2)较低(P < 0.05)。

LUFA组相比,HUFA组中催化乙酸转化为5-甲基-H4MPT的酶(EC:6.2.1.1)水平较低(P < 0.05)。然而,两组中催化甲醇转化为5-甲基-H4MPT的酶水平没有变化。

LUFA组参与产甲烷核心步骤的酶水平(EC:2.1.1.86EC:2.8.4.1)高于HUFA组(P < 0.05)。

结果与展望

增加日粮中UFA的含量在降低奶牛瘤胃CH4产量方面起着重要作用。高通量测序分析表明,UFA抑制了瘤胃中的甲烷短杆菌,从而降低了产甲烷过程中多种酶的相对丰度。因此,瘤胃中的CH4代谢途径减少,最终导致瘤胃中CH4的产生减少。

此外,UFA含量的增加不会影响牛奶产量。虽然乳脂减少,但HUFA组的牛奶脂肪的分布更符合现代人类的营养需求。

该研究有助于提高奶牛的能量利用效率,促进拟杆菌对碳水化合物和氮的利用,增加瘤胃中碳水化合物和氮代谢的同时有助于减少CH4的产量,为探索奶牛CH4减排措施提供了新的依据。

了解更多请阅读原文献:

https://doi.org/10.1016/j.aninu.2024.06.003
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作者 | 张  歆
编辑 | 原  昊

草食幼畜in反刍动物饲料创新团队
中国农业科学院饲料研究所反刍动物营养与饲料创新团队,专注(幼龄)草食动物营养与健康研究。以此公众号传播团队和行业动态,搭建与同行们交流平台,推广牛羊兔鹅马驴鹿等健康饲养和营养技术。
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