大满贯!张泽民团队绘制了肿瘤微环境各类细胞的单细胞图谱!汇总版,欢迎收藏!

学术   健康   2024-10-03 08:00   上海  

张泽民实验室致力于用前沿的基因组学和生物信息学技术来解决癌生物学中的重要问题,用单细胞测序技术来研究肿瘤微环境,特别是浸润肿瘤免疫细胞的精确组成和功能状态,应用单细胞测序技术来研究肿瘤的异质性以及各种异质性对癌细胞的功能和药敏的影响从2020年至今,张泽民团队就围绕肿瘤微环境做一系列工作,绘制 T 细胞、髓系细胞、中性粒细胞,到 NK细胞、B 细胞、内皮细胞和成纤维细胞的单细胞图谱篇篇经典!

我们按照 T 细胞、B 细胞、NK 细胞、髓系细胞和中性粒细胞(免疫细胞);内皮细胞和成纤维细胞(非免疫细胞)的顺序来分享。这样的顺序更符合认识逻辑,便于理解!如果对泛癌单细胞图谱进行总结,我们会发现,张泽民团队的单细胞图谱绘制始终围绕异质性来展开,而不是其他!

J Cell Sci. 2012 Dec 1;125(Pt 23):5591-6。肿瘤微环境的各类细胞,单细胞测序技术刚问世不久(2009年开始,汤富酬教授发表了第一篇单细胞mRNA测序文章)。有了单细胞测序技术,这张图完全可以被赋予全新的含义。

Cell Mol Immunol 17, 807–821 (2020)。起承转合,意义重大!在写作这篇综述时候,张泽民教授可能也没有想到单细胞图谱绘制,除了免疫细胞,还有非免疫细胞吧!

Cell. 2017 Jun 15;169(7):1342-1356.e16。肝癌微环境 T 细胞图谱绘制!一切美好,似乎从这篇单细胞图谱文章就开始了。

Nature. 2018 Dec;564(7735):268-272。结直肠癌微环境 T 细胞,单细胞图谱!

Science. 2021 Dec 17;374(6574):abe6474。泛癌 T 细胞,单细胞谱图,侧重于异质性和亚群功能的探究;王凌华团队的泛癌 T 细胞主要是基于功能状态来分析的!

Cell. 2024 Aug 22;187(17):4790-4811。泛癌 B 细胞,单细胞图谱,侧重于肿瘤浸润 B 细胞异质性及其功能;高强团队的泛癌 B 细胞图谱主要基于肿瘤浸润 B 细胞的应答模式及其对抗肿瘤免疫的影响;王凌华团队的 B 细胞图谱则集中于LUAD,不属于泛癌。

Cell. 2023 Sep 14;186(19):4235-4251.e20。泛癌 NK细胞,图谱绘制。NK细胞在肿瘤微环境的丰度相对低,侧重于肿瘤浸润 NK 细胞的异质性、功能及其与DC互作的探究。这里结合了空间转录组测序。

Cell. 2021 Feb 4;184(3):792-809.e23。泛癌髓系细胞图谱。出发点是肿瘤微环境髓系细胞异质性,落脚点是各个髓系细胞亚型的功能。功能探究主要基于数据分析,湿实验的力度稍显薄弱。

Cell. 2019 Oct 31;179(4):829-845.e20。肝癌微环境,髓系细胞图谱绘制。

Nature. 2022 Dec;612(7938):141-147。肝癌微环境,中性粒细胞图谱绘制。

Natl Sci Rev. 2024 Jul 11;11(9):nwae231。泛癌内皮细胞,单细胞图谱,围绕异质性。这篇文章内容停留在数据分析上,或许是因为已经发表了单细胞图谱文章。

Nature. 2024 Aug;632(8024):429-436。显然,重庆大学印明柱团队的文章更胜一筹。

Cancer Cell. 2024 Sep 17:S1535-6108(24)00319-2。人类成纤维细胞,单细胞图谱,侧重于成纤维细胞异质性及其亚型的功能。

Science. 2022 May 13;376(6594):695-696。这篇文章是张泽民团队针对题为Cross-tissue immune cell analysis reveals tissue-specific features in humans的文章写的评论。其中两个方向值得关注:一、单细胞注释的基础是器官或组织中的细胞存在表达谱差异,这是胚胎从一个受精卵到一个成熟个体的必然过程,是单细胞测序技术的立足点;其次,肿瘤单细胞图谱绘制的功能已经接近尾声,但是非肿瘤疾病(包括生理条件下)和不同条件下的单细胞图谱还远没有结束。路漫漫其修远兮,科研人将继续求索!

芒果师兄
1.生信技能和基因编辑。2.论文发表和基金写作。3. 健康管理和医学科研资讯。4.幸福之路,读书,音乐和娱乐。
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