依据LSIL病变中上皮是否呈现乳头状生长将其分为以下两种病变。
扁平湿疣(flat condyloma):这一病变上皮不形成乳头状增生，仅显示病变处鳞状上皮增厚，主要由缺乏糖原的鳞状上皮组成，棘层肥厚，可伴有角化不全及角化过度。增生的上皮中常可见到特征性的挖空细胞，绝大部分宫颈LSIL病变都呈现这一表现。
尖锐湿疣(condyloma acuminatum):其与扁平湿疣最大的不同是病变呈现外生性生长，在宫颈表面呈无蒂的突起，这一病变通常与低危型HPV6、11感染相关，多数病例在治疗后消退，有其独特临床病理特点，
故有学者建议应单独诊断，但也有人认为其为LSIL病变的特殊亚型。
基底层细胞/副基底层细胞增殖
低度SIL(LSIL)包括HPV感染导致的细胞改变(挖空细胞)和(或)鳞状上皮下1/3层细胞轻至中度异常。
基底层细胞/副基底层细胞增殖，可以是很轻微的增殖，最多不超过上皮的下 1/3 层。
下1/3层细胞核的极性轻度紊乱，大小不等，有轻度的异型性，
下1/3可见细胞轻至中度改变，包括基底层细胞栅栏样排列消失和轻至中度细胞异型性---细胞核增大、核大小形态各异。可见染色质变化和核分裂象。这些病例一般在中、表层可出现挖空细胞
