我的学生是博导!张泽民院士的2024!

学术   健康   2025-01-18 00:06   上海  

梅开二度,更上层楼!王福俤教授的2024!

2025-01-02

专注肿瘤三大方向!生信大牛王凌华的2024!关于肺腺癌上皮细胞图谱,尤其出彩!

2024-12-30

肿瘤异质性(Tumor Heterogeneity)肿瘤个体之间,或者瘤内各个区域之间的遗传变异性及其表型相关特征的差异。肿瘤异质性表现为肿瘤细胞之间存在遗传异质性、表型异质性、分子异质性及其它基因表达差异等。在肿瘤微环境异质性方面,张泽民院士团队的研究最受瞩目。作为导师,最开心的一是科研成果,二是学生出息!

张泽民团队致力于用生物信息和基因组学来解决癌生物学中的核心问题,专注于研究肿瘤微环境的底层特征,发现肿瘤在微环境水平的异质性和潜在规律,推进其在药物疗效预测和靶点发现的应用。主要研究方向包括:(1)研究肿瘤微环境特别是肿瘤浸润免疫细胞的精确组成、相互作用以及功能状态,并鉴定影响这些细胞功能的调控基因;(2)研究肿瘤微环境的异质性及其对癌症病人治疗的影响;(3)开发原创的生物信息学工具和数据库。

文献解读 | 图谱经典之作,北大张泽民院士泛癌 T 细胞图谱

张泽民院士团队这项泛癌 T 细胞图谱可以说是单细胞图谱领域的经典文献,利用北大肿瘤医院的癌症样本,配对进行单细胞转录组与基因组测序,公共数据与自测数据双管齐下,通过极具创新性与应用价值的整合策略,使用包括Monocle3,STARTRAC,SCENIC,NicheNet等单细胞算法,结合TCGA预后分析与免疫治疗队列将鉴定出的细胞亚群推广到临床应用层面,绘制了一份现象级的泛癌 T 细胞图谱,图谱领域研究者必读!

2024年7月,张泽民院士团队在Cell期刊发表题为Pan-cancer single-cell dissection reveals phenotypically distinct B cell subtypes的研究论文。本研究利用大量公开的数据集,并将其与新生成的scRNA-seq数据相结合,构建一个全面的人类 B 细胞图谱。此外,团队在计算机中重建了 B 细胞受体库,并进行免疫组化染色,阐明肿瘤浸润 B 细胞 (TIB)的空间分布模式;同时,鉴定了与预后相关的TIB亚群,是单细胞干湿结合的典范。

再度封神,Cell大作!张泽民团队全面揭示泛癌种NK细胞的异质性!

2023年9月,张泽民课题组联合中国科学技术大学彭慧课题组,在Cell上发表题为A Pan-Cancer Single Cell Panorama of Human Natural Killer Cells的研究论文。该研究以生信数据整合为支撑,通过收集24种肿瘤类型的700多名患者的单细胞转录组测序数据,系统描绘了NK细胞的异质性,发现肿瘤微环境特异富集、杀伤功能异常的NK细胞亚类,并发现NK细胞与微环境中其他组分的潜在调控关系。

2021年2月,张泽民课题组联合北京大学肿瘤医院步召德课题组和季加孚课题组,在Cell杂志发表题为A Pan-Cancer Single-Cell Transcriptional Atlas of Tumor Infiltrating Myeloid Cells的研究论文。该研究在单细胞水平对15个癌种内肿瘤浸润髓系细胞进行了系统性刻画,比较了肥大细胞、树突状细胞以及肿瘤相关巨噬细胞在不同癌种内的特性,发现在成熟态树突状细胞(LAMP3+ cDC)亚群广泛存在于15个癌种。

中性粒细胞如何进入肝癌微环境的?张泽民教授的Nature文章!

2022年11月,张宁团队与张泽民团队、朱继业团队联合在Nature杂志发表题为Liver tumor immune microenvironment subtypes and neutrophil heterogeneity的研究论文,首次在单细胞层面定义肝癌中的五种免疫微环境亚型(TIMELASER),同时探究了细胞组成、空间分布、基因组特征和趋化因子受体-配体网络,揭示中性粒细胞表型和功能异质性,发现CCL4+TANs、PD-L1+ TANs两个关键亚群的促肿瘤机制。最后,在小鼠肝细胞癌模型中验证了肿瘤相关中性粒细胞(TANs)的促肿瘤表型和功能,表明TANs有望成为新的治疗肝癌的靶点。

2024年7月,张泽民院士团队在National Science Review杂志发表题为Pan-cancer integrative analyses dissect the remodeling of endothelial cells in human cancers的研究论文。该项研究整合了来自19种癌症类型的575名患者的公共单细胞转录组测序数据,系统揭示了肿瘤内皮细胞的组成、功能异质性及其在肿瘤中的功能状态转变,发现了CXCR4+ tip cell和SELE+ veins分别具有促血管生成和促炎表型。

2024年9月, 张泽民院士团队在Cancer Cell杂志发表题为Cross-tissue human fibroblast atlas reveals myofibroblast subtypes with distinct roles in immune modulation的研究论文。这项研究整合了来自517个人类样本的单细胞数据,构建了健康和疾病状态下的人类成纤维细胞图谱还确定了尚未得到充分描述的成纤维细胞簇,包括具有不同表型的HOPX肌成纤维细胞、SFRP2肌成纤维细胞和MMP1成纤维细胞。

如果大家注意对比过,大概会发现张院士团队的图文摘要很喜欢外方、内圆、四个象限。感觉这个习惯或者说这种偏好是从2020年题为The history and advances in cancer immunotherapy: understanding the characteristics of tumor-infiltrating immune cells and their therapeutic implications的综述文章开始的。大家品一品。

http://pumc.teacher.360eol.com/teacherBasic/preview?teacherId=26604

可喜的是,这篇综述文章的第一作者,张园园博士于2024年1月加入协和医院,任中国医学科学院肿瘤医院分子肿瘤学国家重点实验室研究员,课题组长,博士生导师。

芒果师兄
1.生信技能和基因编辑。2.论文发表和基金写作。3. 健康管理和医学科研资讯。4.幸福之路,读书,音乐和娱乐。
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