扎叶巴寺以传说中的108个修行洞窟群而著称，但实际上仅有80个，这些洞窟群分布在不同的年代。从山脚向上仰望时，发现整个山形宛如一尊庄严的度母。
西藏的民间谚语： 西藏的灵地在拉萨，拉萨的灵地在叶巴；到拉萨不到叶巴，等于做件新衣忘做领。
▲远眺天葬台。
据史料记载，扎叶巴寺兴建于公元 7 世纪，吐蕃赞普松赞干布（སྲོང་བཙན་སྒམ་པོ་）为他的5个王妃分别修建5座寺院，其余4座寺院分别为大昭寺、小昭寺、鲁普岩寺、帕邦喀。
松赞干布的王妃芒妃赤江（藏文 མོང་བཟའ་ཁྲི་ལྕམ།）生下了他唯一的儿子共日共赞（藏文 གང་རི་གང་བཙན་）后，“在一块岩石上修建了一座神殿和一座佛塔，以供奉这对母子的护法神。这座山类似于扎叶巴地区的度母坐像”。
起初，扎叶巴寺是一座小神殿，后来历经多次扩建和修缮，逐渐发展成为现在的这座紧密嵌在崖缝壁间的扎叶巴寺。
松赞干布、莲师、帕当巴桑杰、拉隆贝吉多吉、阿底峡等先后在扎叶巴寺进行闭关修行。
▲月亮洞的入口。
月亮洞，相传莲师（藏文 གུ་རུ་རིན་པོ་ཆེ།）曾在这个修行洞禅修了 7 个月。洞内藏有一块石头，上面留有莲师用神通踩出的脚印。此外，关于月亮洞名字的由来，有2种传说。一种是说赤松德赞（藏文ཁྲོ་སྲོང་ལྡེ་བརྩན། ཁྲི་སྲོང་ལྡེ་བཙན）的一位大臣在这个修行洞证得成就，乘着月光飞到天上，因此得名；另一种说法则是莲师用神通打穿石壁，形成了月亮形状的天窗，从而得名。
除了这些修行神圣的修行洞穴外，扎叶巴寺还拥有其他很多重要的修行场所。比如十日洞，这是集众举办会供法会；太阳洞和密洞，是莲师的修行洞穴；铃洞，则是因为修持胜乐金刚（藏文 འཁོར་ལོ་བདེ་མཆོག།）的高阶上师用神通将铃挂在虚空中而得名。这些洞穴和殿堂共同构成了扎叶巴寺丰富的宗教文化景观。
自格鲁派（藏文 དགེ་ལུགས་པ་）的创始人宗喀巴（藏文 ཙོང་ཁ་པ་།）启动了一系列教派改革，使得扎叶巴寺从原本的噶当派（藏文 བཀའ་གདམས་པ་）改信为格鲁派。
公元 1618 年，第 4 世拉萨活佛（藏文 ཡོན་ཏན་རྒྱ་མཚོ་）圆寂后，格鲁派的色拉寺（藏文 སེ་ར་དགོན་པ）和哲蚌寺（藏文 འབྲས་སྤུངས་དགོན་པ）的僧人们，在拉萨对藏巴汗（藏文 བདེ་སྲིད་གཙང་པ）的势力进行了抵抗。那些幸存的僧人逃到达隆避难，待风波平息后，扎叶巴寺的财产被剥夺，转而归属于达隆寺（藏文 སྟག་ལུང་དགོན་པ）管辖。
▲扎叶巴遗址，摄于1993年。
扎叶巴寺钟，又被称为叶尔巴寺钟，曾是寺内的重要文物。从钟上的铭文及塑造风格判断，这是吐蕃时期的遗物。然而，遗憾的是，扎叶巴寺钟已丢失。
藏学家王尧先生翻译的钟铭（括号内也是王尧先生所加）：
持诸胜者（佛）之圣教正法，奉一切普通行，净治善行诸端，获未来一切劫中受用。
1987 年 10 月，为了维持宗教活动的正常秩序，西藏自治区政府在扎叶巴的寺院大门上张贴了告示，明确告诫所有僧人不得参与任何非法活动，这一举措旨在确保宗教活动的合法性和纯洁性。
1998 年，西藏自治区政府为了进一步规范宗教活动场所的建设和管理，依法拆除了一些未经批准擅自修建的教堂，这一行动有效遏制了非法建设活动，维护了宗教活动场所的秩序和规范。
2008 年，扎叶巴寺的僧人数量依然受到严格的控制，这是为了保持宗教活动的有序进行，确保宗教资源的合理分配和有效利用。
2011 年，扎叶巴寺大约有 60 多名僧人，同时，在寺内各修行洞闭关的尼师大约有 70 多名。
