在左宗棠抵达西安之前，同治回乱已肆虐西北地区长达数年之久。这场动乱始于1862年的陕西，随后迅速蔓延。至1864年，局势更是急转直下，东乡人妥得璘在库车揭竿而起，不仅攻陷了迪化，还率领回军席卷整个北疆，自封“清真王”，使得中国整个西北地区面临着前所未有的分裂危机。
在这样的背景下，左宗棠肩负起了平定陕甘、进而收复新疆的重任。倘若他无法成功平定陕甘地区的叛乱，那么收复新疆的宏伟目标也就无从谈起。
同治七年（1868年）八月，左宗棠进京觐见。
这次进京对于左宗棠而言意义非凡，因为他不仅需要向朝廷汇报前期平叛的成果，还要争取更多的支持来完成接下来的任务。左宗棠深知，要想彻底平定西北的叛乱，不仅需要军事力量的支持，还需要中央政府在财政、物资等方面给予充分保障。
在进京期间，左宗棠与朝廷高层进行了深入的交流。他向皇帝和太后详细汇报了西北局势的发展情况，并提出了具体的应对策略：
“甘肃回多于汉，兰州虽为省会，形势孑然孤立，非驻重兵不能守。驻重兵则由东分剿，各路之兵又以分见单……将来巨军入甘，应先分为两支，由东路廓清，各路分别剿抚矣。”
“是故进兵陕西，先清关外之贼；进兵甘肃，先清陕西之贼；驻兵兰州，先清各路之贼。然后饷路常通，师行无梗，得以一意进剿。”
清政府对他的平乱策略表示支持，并赋予他更大的权力和资源，以确保平乱行动的成功。
同治七年九月十三日（1868年10月28日），左宗棠抵达西安。
左宗棠抵达西安后，迅速采取行动，制定了一套有效的战略和政策，以期扭转西北战场的不利局面。
左宗棠首先对西北地区的军事部署进行了调整，他提出了“三路平回”的战略。
北路由刘松山率领，从绥远、花马池出发，一路推进至灵州、金积；南路则由周开锡指挥，绕过陇南，从秦州出发，经过巩昌（今陇西）进攻河州、狄道；中路军则由左宗棠亲自与刘典督军，沿着陕甘大路进入甘肃。
这一战略的实施，让回军顾此失彼，只能困守孤城，为清军的进攻创造了有利条件。
同治八年二月二十七日，清军在左宗棠的指挥下，成功攻占了回军占领的陕西最后重镇董志塬。
“统计是役杀毙饥毙之贼及坠崖而死者实不下二三万人。……积年数穴扫荡一空，贼之悍精骑党，销亡殆半，该逆由环县、固原两路窜至下马关，复由下马关窜金积堡一带”。
又经过四年苦战，同治十二年（1873年）九月初十，清军攻克了甘肃的最后一个城市肃州。
九月二十三日，左宗棠下令将逆首马四（即马文禄）等罪犯押至军前，历数其罪恶后予以处决。同时，金顺、宋庆、刘锦棠等将领也将各自擒获的回军共计一千五百七十三人全部处决。
至此，历时十三年的同治回乱终于被左宗棠成功平定。这一历史性的胜利，不仅为西北地区带来了久违的安宁，更为后续的新疆收复奠定了坚实的基础。
