《印度佛教史》认为，佛教密宗的起源可以确定为公元六世纪，与大乘佛教一样产生于印度南部，现在的安德拉邦一带。
《宗教大辞典》中说：“传说大日如来授法金刚萨埵，释迦逝世后八百年时，龙树开南天铁塔亲从金刚萨埵授法，后传龙智，龙智传金刚智和善无畏。现在一般认为是七世纪以后印度大乘佛教一部分派别与婆罗门（应该加上坦陀罗教）相结合的产物，盛行于今德干高原。”
佛教密宗起源的确切时间、地点、教主等等，都难于考证确定，像大乘佛教的起源的说法一样，密宗经书均为佛陀在世时亲授存于南印度~待智者降临时才开启传承。
《印度佛教史》一书认为，这完全是一种编造的神话。
印度把神话、历史、宗教混淆一起的特点，使得密宗确切的起源难以考证，何况佛教是被印度早已摒弃的教派，印度学者对这个话题普遍不感兴趣。
宗教和真实的历史不同，宗教作为一种信仰，也就没有必要去深究其历史的真实，这是研究宗教史见仁见智的问题，密宗佛教在此时已经违反佛陀主张的人人平等的原则，密宗推出人的智慧有低劣，在佛教内树立起一批与婆罗门无异的“班智达”~精神贵族出来。
《印度密宗佛教》一书中说，印度佛教的密教化，是中世纪领主地方分治和相互战争的产物，书中认为，笈多王朝以后，包括戒日王时期，即从公元500年到公元十二世纪末穆斯林突袭人入侵前，约700年的时间之内，印度进入了一个割据时期。
领主互相军事征伐，政治和宗教地域化和领主化，经济不稳定，人口变迁，不同出身的地方统治者纳入不同的种姓，副种姓增加，种姓制度日益突出和重要，对部族和原始民的同化和兼并加剧。
领主们纷纷争当“王中之王”，寺院和僧侣为了服务于领主，不得不使领主“神灵化”，使神灵“领主化”，领主们为了巩固政治，一方面加强军事统治，同时宣扬君权神授的合法性，借用地方宗教，民间信仰（坦陀罗教）于是因此复活。
地方语言在宗教中得到更广泛的应用，民间存在秘密传授的“密教”发展起来。
由于阿拉伯人的兴起，当时印度海上和陆地商路不及过去顺畅，国际赠款减少，佛教寺院也被领主控制，他们使寺院日益经院化，把本体论讨论作为教授的主要课题，出家的女尼也迅速减少。
密宗兴起的原因是一系列中世纪领主势力、佛教僧伽内部和外部不可抵御的力量综合作用的结果。
公元七至八世纪，印度各种宗教的宽容精神已经不再存在，这一倾向是从印度的南部开始的，各种宗教教派相安无事时，可以和平共处，但是，在危机出现，影响到各自生存时，就会出现你死我活的斗争。
当印度进入各地方势力割据的军事争斗时期，社会动荡，各地方势力出现了被彻底消灭的危机，各教派争宠于宫廷，和为取悦街市百姓，不惜互相抄袭僭取，以免被消灭，各宗教派别间的敌对远远大于彼此间的宽容。
英国学者斯坦因评论这时期的历史说：“七世纪到八世纪南方的宗教宽容终结，印度教两大派（湿婆教和毗湿奴派）由于君主的态度而互相争斗，佛教、耆那教也受迫害，常遭杀戮，玩弄保持（各派）平衡手段的君主鲜有存在。”
《印度密宗佛教》作者戴维森分析说：佛教密宗当时采取婆罗门或民间宗教（坦陀罗教）仪轨，充分反映了服务当时地方领主的目的，比如佛教密宗的“灌顶”源自印度国王“登基”时洒圣水仪式一词，显示密宗首先服务的是将地方领主迎入法门。
曼陀罗（坛城、轮圆具足）是印度古代大多数宗教所使用的一种神秘祭拜方式，它是利用绘画或以实物，由神像、图案、象征物、种子字形，象征神灵存在的图符“央陀罗”等模拟一个多圆的神宇天地，进行祭拜，相信可以得到一种奇异的神秘力量。
其实，曼陀罗是一个印度政治图景的缩影，依照印度古代政治学说，一个王国依地理位置远近的不同，大略把邻近王国归入一个个以这个王国为中心的同心环，称为“曼陀罗”。
统治一国的君主依据这个环形关系结构，对其它国家采取不同的政治、外交、军事策略，曼陀罗实际上是地方领主和周边藩属的地位排序或战略布阵图，曼陀罗被佛教密宗纳入，其实是出于密宗为君主服务的目的。
婆罗门教，特别是湿婆教掀起的强劲的宗教复兴运动，迫使佛教不得不与印度社会生活环境合拍，坦陀罗密教仪轨逐渐侵入佛教，进而发展成“金刚乘”佛教，也就是“密宗”。
金刚乘佛教（密宗）成为佛教在印度次大陆灭亡之前，在其的发源地比哈尔和孟加拉一带，最后一个支持佛教的王朝~“波罗王朝”时期的主要佛教形式而存在。
中世纪以后的印度，婆罗门教改革成为印度教，婆罗门教古代繁琐的祭祀礼仪大幅的减少，被印度教抛弃出去的这些琐碎的东西，被佛教密宗所承袭，当时的印度教把佛教密宗统称为秘密仪轨~绘画请神~咒术一类密教。
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