微生物污染：这是细胞培养中最常见的问题之一，包括细菌、真菌、支原体等污染。细菌污染会使培养液变浑浊，真菌污染可在培养液表面或细胞上形成白色或有色的漂浮物，支原体污染较难发现，但会影响细胞的生长特性和功能。
解决办法：严格遵守无菌操作规范，包括使用无菌的培养基、耗材和在无菌环境下操作。定期对培养环境、仪器设备进行消毒和检测。对于怀疑有支原体污染的细胞，可以使用专门的支原体检测试剂盒进行检测，若存在污染，可使用抗生素处理（如对于支原体污染，可用环丙沙星等，但要注意抗生素对细胞可能的副作用）或直接丢弃污染的细胞。
生长缓慢或不生长：可能是由于培养基成分不合适、培养条件不佳（如温度、pH、氧气含量等）、细胞老化等原因。
解决办法：检查培养基配方是否正确，包括营养成分、生长因子等的浓度。确保培养箱温度、二氧化碳浓度和湿度的准确性，对于贴壁细胞，还要检查培养器皿的表面处理是否适合细胞贴附。若细胞老化，可考虑复苏新的细胞株。
细胞凋亡或坏死增加：可能是由于有毒物质的存在、培养过程中的机械损伤、应激反应等。
解决办法：避免使用含有内毒素的培养基和试剂，减少细胞操作过程中的物理损伤，如轻柔吹打。优化培养条件以降低细胞应激，例如控制温度变化速率和减少培养液的更换频率（如果频繁更换培养液对细胞产生应激的话）。
原因：蛋白酶的存在是导致蛋白降解的主要原因，这些蛋白酶可能来自于宿主细胞本身或者在生产过程中引入。
解决办法：在纯化过程中添加蛋白酶抑制剂，如 PMSF（苯甲基磺酰氟）、EDTA 等。优化纯化流程，尽量缩短操作时间，降低蛋白在不利于稳定的环境中的暴露时间。同时，确保低温操作，因为低温可以降低蛋白酶的活性。
杂质过多：可能是由于细胞裂解不完全，导致目标蛋白没有充分释放，同时有大量的细胞碎片和其他杂质残留；或者在纯化过程中，选用的纯化方法对目标蛋白的特异性不强，使得其他杂蛋白与目标蛋白一起被纯化出来。
解决办法：优化细胞裂解方法，如调整裂解液的成分、增加裂解时间或强度。对于纯化方法，可以尝试多种不同的层析技术组合，如离子交换层析、亲和层析、凝胶过滤层析等，以提高目标蛋白的纯度。同时，在每一步纯化后进行纯度检测，如 SDS - PAGE 电泳，以便及时调整纯化策略。
物理稳定性：在制剂过程中，药物可能出现沉淀、聚集、分层等现象，影响药物的质量和疗效。例如，蛋白类药物在高浓度下容易发生聚集。
解决办法：优化制剂配方，添加合适的稳定剂，如糖类（蔗糖、甘露醇等）、表面活性剂（吐温 80 等）。控制制剂过程中的环境条件，如温度、pH 和离子强度，确保这些条件在药物稳定的范围内。对于易聚集的蛋白药物，可以通过优化制剂工艺，如采用温和的搅拌方式、避免剧烈震荡等。
化学稳定性：药物可能发生氧化、水解等化学反应，导致药物活性降低。例如，一些含有巯基的蛋白药物容易被氧化。
解决办法：添加抗氧化剂，如抗坏血酸、谷胱甘肽等，防止药物氧化。对于易水解的药物，可以调整制剂的 pH 值至药物最稳定的范围，同时避免制剂中存在可能促进水解的成分。
例如对于注射剂，如果药物的粒径不合适，可能会导致注射部位疼痛、炎症或者药物吸收不良。
解决办法：对于注射剂，严格控制药物的粒径和分散度。通过微粉化技术、纳米技术等手段调整药物粒径，同时优化制剂的黏度和渗透压，提高药物的可注射性和患者的顺应性。对于其他给药途径，如口服制剂，要考虑药物在胃肠道的稳定性和吸收问题，可采用包衣、脂质体包裹等技术来保护药物并促进吸收。
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