退入海岛的孙恩的五斗米道叛军，实力并未受损，公元401年2月，五斗米道军第三次登陆浙东，出浹口（镇海），进攻刘裕把守的句章（宁波），句章城小兵少，刘裕戍守的句章只有数百北府兵。
刘裕披坚执锐，身先士卒，带领守军拼死抵抗，每战摧锋陷阵，把数万五斗米道叛军牢牢的阻挡在句章防线之外，双方对峙苦持，刘裕每每率先发难，频频率守军主动攻击孙恩，孙恩数万大军居然攻不下刘裕区区几百人，刘牢之北府大军临近，孙恩再次退回海上。
孙恩久攻刘裕把守的句章城不下，避开刘裕，率水军北上海盐，刘裕得到消息，率领本部人马急驰海盐，加固城墙，静候孙恩大军来攻。
孙恩率海军进至杭州湾进攻海盐，他不知道刘裕已经在海盐城中，轻率攻城，被刘裕打个措手不及，孙恩军攻城大将姚盛被杀，刘裕又使用“空城计”诱孙恩军入城后，刘裕突然发动猛攻，大破孙恩五斗米道叛军。
面对刘裕的强横，接连两次交手吃了刘裕大亏的孙恩知道，只要刘裕在，海盐城是攻不下了，于是由改向沪渎（上海）进军，刘裕得报，弃了海盐城，追击孙恩。
浙东豪强，海盐令鲍陋的儿子鲍嗣之想争军功，刘裕得罪不起当地豪强，被迫答应鲍嗣之率领一千吴兵打先锋，追击孙恩军，孙恩对鲍嗣之是不怕的，回军死战，鲍嗣之战死，刘裕接应鲍嗣之也被孙恩追击败军的大军咬住，脱身不得，损失惨重，眼看就要全军覆没。
刘裕指挥军队退到最早的战场后，故示闲暇，命手下捡集战场死亡者的衣服装备，孙恩看得疑惑，刘裕突然大喝一声，带领军队反杀回来，孙恩军恐惧刘裕，掉头撤退，这一役，刘裕虽然安全归来，但损失惨重，部众伤亡众多，无力再战，只得整军休养。
孙恩摆脱刘裕后，北上攻破沪渎，杀守将袁山松，歼灭守军四千，乘胜势，尽起大军十余万，楼船千余艘，由沪渎出发，大江之上，孙恩五斗米道的叛军的战船迤逦数十里，逆江而上，兵锋直指东晋的都城建康（南京）。
东晋朝廷震嚇，司马元显一面派兵修整建康城外诸要塞，一面急令驻守山阴的刘牢之的北府兵入京勤王，北府兵是陆军，大军进发迟缓，没有走水路逆江而上的孙恩叛军速度快。
刘牢之令刘裕收集左右精锐，快速赶往建康，做北府兵大军的先锋，刘裕收到命令，挑选一千精兵，由海盐出发，日夜兼行，长途奔袭，在丹徒追上了孙恩的大军。
正赶上孙恩大军登岸进攻丹徒，孙恩叛军进攻丹徒城西的蒜山，面对孙恩的十万大军，刘裕不顾长途跋涉，马上发动突袭，孙恩军立足未稳，被刘裕一击而溃，投涯落水者不计其数，孙恩逃到船上，放弃夺取丹徒，撇开陆上追击他的刘裕不顾，率领船队继续向建康进军。
不料东风大作，大江内浪高风急，暴雨倾盆，孙恩叛军的战船逆风逆水，从丹徒到白石十几里水路居然走了几天，战船在狂风巨浪中多有受损。
这几天的时间里，各路勤王官军陆续抵达京师，夺下东晋都城建康已经不可能了，孙恩于是放弃建康，北上攻陷广陵（扬州），歼官军三千，接着北上浮海进入郁州（连云港东台山一带）。
东晋朝廷加封屡战屡胜孙恩五斗米道叛军的刘裕，为建武将军，下邳太守，派刘裕进攻郁州，数战数捷，孙恩放弃郁州，登船南下，刘裕率步骑兵沿海岸追击，孙恩叛军总得上岸补给，当年十一月，被刘裕在沪渎、海盐追上，大破之，斩俘数万。
孙恩兵败，被迫退回舟山群岛，从此一蹶不振。
在孙恩五斗米道叛军逆江而上逼近东晋都城建康时，各路官军纷纷入京勤王，梦想篡晋代立的荆州桓氏家族桓温的世子桓氏家族的掌门人桓玄，向朝廷上表，想要发兵勤王，东晋朝廷掌权的司马道子、司马元显哪敢让桓玄带荆兵入京，一再阻止，于是桓玄封锁长江漕运，断了都城建康的补给，大骂司马元显乱国。
孙恩败逃海上，仅仅一个多月后，晋元兴元年，公元402年初，骠骑大将军司马元显下令讨伐桓玄，自任征讨大都督，以北府兵镇北将军刘牢之为先锋，宗室谯王司马尚之为后部，自率中军，进攻桓玄盘据的荆州。
庶族出身的北府兵统帅刘牢之，隔岸观火，坐看司马尚之兵败被俘后，桓玄派人劝降，刘牢之左右再三，投靠了桓玄，桓玄荆州军攻入建康，斩司马元显、司马尚之、张法顺诸人，废黜相王司马道子，晋帝下诏，桓玄都督中外军事、进丞相、录尚书事，假黄钺，桓玄大封桓氏子弟、亲信主政地方，为他死去的老爹桓温没做成的，桓氏篡晋代立铺平了路。
投靠桓玄的北府兵统帅刘牢之并没得到好下场，初掌大权的桓玄任命刘牢之为会稽内史（被孙恩灭门的王羲之的儿子王凝之那官职），离开北府，削了他的兵权。
刘牢之人缘不好，加上平孙恩时在浙东纵兵抢掠，名声也坏了，刘牢之聚集北府兵将领商讨反叛桓玄时，北府兵诸将一哄而散，刘牢之进退失倨，上吊自杀。
刘牢之死后，刘裕弃官回了老家京口务农，逃过了桓玄对北府兵将领的清洗，东晋第一精锐北府兵就此不复存在。
同年三月，退入舟山群岛的五斗米道教主孙恩，困守海岛，人多地少，远离大陆，补给全断，海岛上饿殍遍地，瘟疫流行，孙恩被迫再次登陆浙东，被官军击破，数万叛军只剩下几千残军，孙恩走投无路，投海自尽，孙恩残暴，投海前，迫数百妻妾儿女投水同殉，曰：“长生水仙。”。
孙恩投海自尽后，东晋五斗米道之乱并未结束，孙恩的妹夫卢循接任了孙恩五斗米道大天师、教主的名号，开始第二轮的五斗米道叛乱。
以平定孙恩五斗米道起家的，不世名将战神刘裕也没闲着，很快被桓玄再度起用，平定卢循叛乱，机会从来都与危险共存，不久桓玄废晋帝，篡晋建楚，大乱再起，不世战神刘裕再挥长刀……
南方东晋战乱不止，北方一代雄主前代国国主什翼犍的外孙鲜卑人拓跋珪，淝水之战后，前秦天王符坚被羌人姚苌勒死，前秦灭亡，拓跋珪以十六岁的年纪起兵，天纵之才，统一漠北，进占中原，灭燕，短短十几年在河北、河南大部建立起“魏”国，史称“北魏”，是为“南北朝”北朝的开始。
北魏崇佛灭佛，儒、释、道三家第一次的争斗就此白热化。
“印手菩萨”道光在襄阳被前秦天王符坚虏获后，道安的入室弟子慧远由襄阳远走庐山，江州刺史桓伊为其建造“东林寺”，慧远广招天下名士，道教天师道首位非龙虎山的道教天师陆修静，加入了由慧远主持的“白莲社”，开创了中土道教的新天地，奠定了南派天师教的主流~“灵宝派”。
这时候，被奉为道教创始天师家族的龙虎山，老张家的掌门人是第七代天师张回，看着山外的热闹，眼热心不甘，尤其是北派天师道大天师寇谦之来龙虎山拜山后，张回差点发作，破了道家清静之说。
他不知道，权倾北魏的国师寇谦之由北魏入南朝朝拜龙虎山，是因为他那不靠谱儿的老爹，不知所终的第六代天师张椒，寇天师，是他老爹的徒弟。
而中土第一次灭佛，也正是他这位寇师弟联合儒家世族崔氏北方门阀做出的。
（未完待续）
