✦
医学科研新动向
✦
GEO介绍
MIMIC (Medical Information Mart for Intensive Care) 数据库是一个公开的临床数据库，包含了上万名在哈佛大学附属贝斯以色列女执事医疗中心（BIDMC）重症监护病房 (ICU) 患者的详细医疗记录。该数据库自发布以来，为全球研究人员提供了宝贵的资源，用于研究重症监护中的疾病管理、医疗决策和治疗效果。
下面整理一个MIMIC-IV v3.0 数据库下载安装的完整代码及流程：
/ TO /
/ TO /
01
软件准备
在安装MIMIC-IV v3.0数据库之前，需要以下软件：
7-zip：用于解压MIMIC数据包。由于MIMIC数据的体积较大，7-zip是一款高效的解压缩工具，安装后需配置其路径至环境变量中，方便命令行调用。
PostgreSQL：这是我们用于存储和操作MIMIC-IV数据的数据库系统。安装后，请将PostgreSQL的
/bin路径添加到环境变量中，确保可以在命令行中运行PostgreSQL命令。Navicat：Navicat是一个可视化的数据库管理工具，用于简化数据库的操作过程，尤其适合进行复杂的查询和数据管理。
02
文件夹准备
为了保证MIMIC数据安装顺利，我们需要将所需文件提前整理好，并配置好安装路径。具体步骤如下：
下载MIMIC-IV v3.0数据：访问PhysioNet下载MIMIC-IV v3.0数据。这些数据是整个安装过程的核心部分。
下载MIMIC-IV安装代码：访问GitHub项目MIT-LCP下载MIMIC-IV的安装代码。该代码包含所有必要的SQL文件，用于将MIMIC数据载入PostgreSQL数据库。
简化安装流程：为了方便操作，将以下文件复制到MIMIC-IV3.0的文件夹中，确保所有SQL文件集中管理：
create.sqlload_7z.sqlindex.sqlfunctions.sqlconcepts_postgres文件夹
注意：MIMIC数据的表结构在create.sql中定义，为避免字符长度不够导致数据加载失败，建议将create.sql中的admissions表的language字段从VARCHAR(10)修改为VARCHAR(100)。
03
开始安装
接下来，需要通过命令行将MIMIC数据导入到PostgreSQL数据库中。具体的操作步骤如下：
Drop database if exists mimiciv3;create database mimiciv3 owner postgres;\c mimiciv3;\set mimic_data_dir '你的MIMIC数据存放路径'\encoding 'utf8'\i 代码存放路径/create.sql\i 代码存放路径/load_7z.sql\i 代码存放路径/index.sql\i 代码存放路径/functions.sql\i 代码存放路径/postgres-make-concepts.sql
删除旧数据库：
Drop database if exists mimiciv3;如果数据库mimiciv3已存在，此命令会删除它，以免数据冲突。创建新数据库：
create database mimiciv3 owner postgres;创建一个名为mimiciv3的新数据库，专门用于存储MIMIC数据。切换数据库：
\c mimiciv3;切换到刚刚创建的mimiciv3数据库，后续的所有操作将在此数据库中进行。设置MIMIC数据路径：
\set mimic_data_dir '你的MIMIC数据存放路径'设置一个路径变量，以便在加载数据时可以直接引用该路径。加载SQL文件：
\i 代码存放路径/create.sql：创建数据库表结构，定义数据库的基本框架。\i 代码存放路径/load_7z.sql：加载7-zip解压后的数据文件到数据库中。\i 代码存放路径/index.sql：为数据库中的表创建索引，加速查询操作。\i 代码存放路径/functions.sql：创建必要的数据库函数，以便后续的数据处理。\i 代码存放路径/postgres-make-concepts.sql：生成概念表，方便后续进行更高级的数据查询与分析。
注意：在运行postgres-make-concepts.sql之前，请确保修改文件中的路径，使其与文件实际存放路径一致，以避免路径错误。
04
单独运行关键脚本
MIMIC数据库提供了多种派生表，例如ICU中的每小时记录、SOFA评分和Sepsis 3定义。这些表需要单独创建，方便分析更细致的数据。
icu_hourly.sql：创建ICU的每小时数据表，为每位患者在ICU停留的每小时生成一行数据。此表可以和其他表联合查询，以便分析ICU的具体时间段数据。
sofa.sql：用于计算SOFA评分，这是用于评估器官衰竭的重要工具。
sepsis3.sql：用于根据Sepsis 3定义识别脓毒症患者。
运行之前请确保将代码修改为以下内容：
-- THIS SCRIPT IS AUTOMATICALLY GENERATED. DO NOT EDIT IT DIRECTLY.DROP TABLE IF EXISTS mimiciv_derived.icustay_hourly;CREATE TABLE mimiciv_derived.icustay_hourly ASWITH all_hours AS (SELECTit.stay_id,CASEWHEN DATE_TRUNC('HOUR', it.intime_hr) = it.intime_hrTHEN it.intime_hrELSE DATE_TRUNC('HOUR', it.intime_hr) + INTERVAL '1 HOUR'END AS endtime,GENERATE_SERIES(-24, CAST(CEIL(EXTRACT(EPOCH FROM it.outtime_hr - it.intime_hr) / 3600.0) AS INT)) AS hrsFROM mimiciv_derived.icustay_times AS it)SELECTstay_id,CAST(hr_unnested AS BIGINT) AS hr,endtime + CAST(hr_unnested AS BIGINT) * INTERVAL '1 HOUR' AS endtimeFROM all_hoursCROSS JOIN UNNEST(ARRAY[all_hours.hrs]) AS _t(hr_unnested);
以上就是MIMIC-IV v3.0数据库安装的详细步骤与每个步骤。如果有任何问题或疑问，欢迎留言讨论~
-END-
文字丨本人编写，如有补充，请随时告诉我
